Predicted mutation
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RA	1	1,134,098	C→T	A533A (GCG→GCA)	unknown ←	Type IV secretion system protein VirD4

Read alignment evidence...
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*	1	1,134,098	0	C	T	100.0%	64.7 / NA	25	A533A (GCG→GCA)	unknown	Type IV secretion system protein VirD4
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (13/12);  total (13/12)

TGGTCGGCATAAGGATCGTTGTAGTACACCGCCTTATTACACAGTATCGGTTTACTGTTGTTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCTCCGATTAGTCTAAATTCCTGTGGTAAAAGCAACGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGACGTTTTTCCGCGACTATGGCTTAATTTATCTACAGTACGATTGCCCAGCACTTTTGAATATTCTTCCGCGTCCTCCTGATTGTCGGGGGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATCCA  >  1/1134069‑1134339                              |                                                                                                                                                                                                                                                  tctataaaaTAAGGATCGTTGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAAt                      <  1:420535/243‑1 (MQ=255)  ctataaaaTAAGGATCGTTGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTAc                                                                                        <  1:200735/177‑1 (MQ=255)    ataaaaTAAGGATCGTTGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAat                                                              <  1:659792/203‑1 (MQ=255)     taaaaTAAGGATCGTTGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGttttacct                                                                                                               >  1:114465/5‑154 (MQ=255)             ggATCGTTGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGat          >  1:769815/1‑251 (MQ=255)                  gTTGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGAtattat     >  1:530609/1‑251 (MQ=255)                  gTTGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGAtattat     >  1:848076/1‑251 (MQ=255)                   ttGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATAc                                                                                                                                   >  1:760081/1‑124 (MQ=255)                   ttGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTAt                                                                                                        <  1:185440/151‑1 (MQ=255)                   ttGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTAc                                                                                        <  1:790102/167‑1 (MQ=255)                   ttGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATAttcttctg                                                     <  1:464836/202‑3 (MQ=255)                   ttGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTggtt                                        >  1:684656/1‑212 (MQ=255)                   ttGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAg                         >  1:858786/1‑230 (MQ=255)                   ttGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGAtattat     >  1:718894/1‑250 (MQ=255)                   ttGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGAtattat     >  1:749766/1‑250 (MQ=255)                   ttGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGAtattat     >  1:103576/1‑250 (MQ=255)                   ttGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGAtattat     >  1:37047/1‑250 (MQ=255)                    tGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATcc   <  1:197858/251‑1 (MQ=255)                    tGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATcc   <  1:369443/251‑1 (MQ=255)                    tGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATcc   <  1:624122/251‑1 (MQ=255)                    tGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATcc   <  1:155298/251‑1 (MQ=255)                     gtaataCACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTGCCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAAt                      <  1:287737/227‑1 (MQ=255)                     gtaataCACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTAc                                                                                        >  1:795909/5‑165 (MQ=255)                     gtaataCACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTgg                                          <  1:79394/207‑2 (MQ=255)                     gtaataCACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATCCa  >  1:371636/5‑251 (MQ=255)                              |                                                                                                                                                                                                                                                  TGGTCGGCATAAGGATCGTTGTAGTACACCGCCTTATTACACAGTATCGGTTTACTGTTGTTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCTCCGATTAGTCTAAATTCCTGTGGTAAAAGCAACGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGACGTTTTTCCGCGACTATGGCTTAATTTATCTACAGTACGATTGCCCAGCACTTTTGAATATTCTTCCGCGTCCTCCTGATTGTCGGGGGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATCCA  >  1/1134069‑1134339

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑