Predicted mutation
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RA	1	1,134,092	G→A	Y535Y (TAC→TAT)	unknown ←	Type IV secretion system protein VirD4

Read alignment evidence...
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*	1	1,134,092	0	G	A	100.0%	52.8 / NA	21	Y535Y (TAC→TAT)	unknown	Type IV secretion system protein VirD4
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (11/10);  total (11/10)

TGGTCGGCATAAGGATCGTTGTAGTACACCGCCTTATTACACAGTATCGGTTTACTGTTGTTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCTCCGATTAGTCTAAATTCCTGTGGTAAAAGCAACGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGACGTTTTTCCGCGACTATGGCTTAATTTATCTACAGTACGATTGCCCAGCACTTTTGAATATTCTTCCGCGTCCTCCTGATTGTCGGGGGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATCC  >  1/1134069‑1134338                        |                                                                                                                                                                                                                                                       tctataaaaTAAGGATCGTTGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAAt                     <  1:420535/243‑1 (MQ=255)  ctataaaaTAAGGATCGTTGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTAc                                                                                       <  1:200735/177‑1 (MQ=255)    ataaaaTAAGGATCGTTGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAat                                                             <  1:659792/203‑1 (MQ=255)     taaaaTAAGGATCGTTGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGttttacct                                                                                                              >  1:114465/5‑154 (MQ=255)             ggATCGTTGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGat         >  1:769815/1‑251 (MQ=255)                  gTTGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGAtattat    >  1:530609/1‑251 (MQ=255)                  gTTGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGAtattat    >  1:848076/1‑251 (MQ=255)                   ttGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATAc                                                                                                                                  >  1:760081/1‑124 (MQ=255)                   ttGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTAt                                                                                                       <  1:185440/151‑1 (MQ=255)                   ttGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTAc                                                                                       <  1:790102/167‑1 (MQ=255)                   ttGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATAttcttctg                                                    <  1:464836/202‑3 (MQ=255)                   ttGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTggtt                                       >  1:684656/1‑212 (MQ=255)                   ttGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAg                        >  1:858786/1‑230 (MQ=255)                   ttGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGAtattat    >  1:37047/1‑250 (MQ=255)                   ttGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGAtattat    >  1:103576/1‑250 (MQ=255)                   ttGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGAtattat    >  1:718894/1‑250 (MQ=255)                   ttGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGAtattat    >  1:749766/1‑250 (MQ=255)                    tGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATcc  <  1:369443/251‑1 (MQ=255)                    tGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATcc  <  1:624122/251‑1 (MQ=255)                    tGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATcc  <  1:197858/251‑1 (MQ=255)                    tGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATcc  <  1:155298/251‑1 (MQ=255)                        |                                                                                                                                                                                                                                                       TGGTCGGCATAAGGATCGTTGTAGTACACCGCCTTATTACACAGTATCGGTTTACTGTTGTTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCTCCGATTAGTCTAAATTCCTGTGGTAAAAGCAACGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGACGTTTTTCCGCGACTATGGCTTAATTTATCTACAGTACGATTGCCCAGCACTTTTGAATATTCTTCCGCGTCCTCCTGATTGTCGGGGGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATCC  >  1/1134069‑1134338

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑