| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 1,125,322 | T→C | intergenic (‑277/+230) | unknown ← / ← unknown | Outer membrane receptor for lactoferrin or transferrin, TonB‑dependent protein A/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,125,322 | 0 | T | C | 99.1% | 312.2 / ‑5.7 | 114 | intergenic (‑277/+230) | unknown/unknown | Outer membrane receptor for lactoferrin or transferrin, TonB‑dependent protein A/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (52/61); total (52/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.52e-01 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
CCGAATATTTAAAACTTGCTCACGATTTATCGTTTCAGTTGTTTTTACAACTTTTCCTAATCCGGTCACTTCATTGTCTTTCCGGTCTTTGATTTTTTCTGTAACGACATCGATGGTTTCAAGTTCTTCTTTTTTTGTATCGGCTGTAGCGGCATAGCCGACGTAGCTATAACAAGAAACGAAAAGGTAGGTTATGAGGTTAACACAAAATTTTGTGTTGCTTTTTCATCAATTTTCCCTTTAGTAATGAGCAATAAAAACGGCGCTGTACTGTTTATCAAAAAACGAAATCAACGACGATTTTCATACTCAGCATCTTAAGCAGTATTTGTGTTGTTGATTTGATACCAACAACGAAGAAGCTCAACGCATTTTTAATCTATAAGTATTAATCAGCGAAAGCTATTATCAATAACACCGAATGATAATAGTTATCATTATATATCATTAAAGATACTTATCAAGTAACGTTATGCTTCACCGCACTTT > 1/1125075‑1125563 | ccGAATATTTAAAACTTGCTCACGATTTATCGTTTCAGTTGTTTTTACAACTTTTCCTAATCCGGTCACTTCATTGTCTTTCCGGTCTTTGATTTTTTCTGTAACGACATCGATGGTTTCAAGTTCTTCTTTTTTTGTATCGGCTGTAGCGGCATAGCCGACGTAGCTATAACAAGAAACGAAAAGGTAGGTTATGAGGTTAACACAAAATTTTG‑GTTGCTTTTTCATCAATTTTCCCTTTAGTAACGAGc < 1:896969/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |