| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 118,321 | C→T | R26C (CGC→TGC) | unknown → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 118,321 | 0 | C | T | 100.0% | 110.9 / NA | 43 | R26C (CGC→TGC) | unknown | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (20/23); total (20/23) | |||||||||||
CACTAATATCCACTATTTGGAGAAAAAATTAGGTATGCACGAATAAGCCGCATATTTAGCCTTAACTTAATTTAATAAAGTGCGGTCAGAAAAAACAAAGTTTTTCAATGTGTTAAAGAACGTTTTAGGGATAGGTAAGCAAAGAAATGAGCTTATGAATAAAATATTCCGGTTTTTTTTCGCACTTTTATTAATTTTCAATAAACGTATTTTGTTTATTGTGTTAAACCGCCCAAGCAGTTTATGCGATTACGTCCACTTAAAAATTTCAAGCAGTTATAAAATTTAGTGGGATTATTAATTAAATATTAGACTATTACTTTAATTTCTAAGGAGTTTTTTTATGAGTAATTTTAAACACTCAATTTCAAAATTGAGTCTTATTGTATTAACATCATTAACCGTTACAGCTTGCGGAAGTGGCGGCGGTGGTTCCGGTACTCCGACACCTGTAGTTAATACTGGCG > 1/118092‑118558 | cACTAATATCCACTATTTGGAGAAAAAATTAGGTATGCACGAATAAGCCGCATATTTAGCCTTAACTTAATTTAATAAAGTGCGGTCAGAAAAAACAAAGTTTTTCAATGTGTTAAAGAACGTTTTAGGGATAGGTAAGCAAAGAAATGAGCTTATGAATAAAATATTCTGGTTTTTTTTCGCACTTTTATTAATTTTCAATAAACGTATTTTGTTTATTGTGTTAAACTGCCCAAGCAGTTTATg < 1:520228/246‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cAATAAACGTATTTTGTTTATTGTGTTAAACTGCCCAAGCAGTTTATGCGATTACGTCCACTTAAAAATTTCAAGCAGTTATAAAATTTAGTGGGATTATTAATTAAATATTAGACTATTACTTTAATTTCTAAGGAGTTTTTTTATGAGTAATTTTAAACACTCAATTTCAAAATTGAGTCTTATTGTATTAAca < 1:101350/196‑1 (MQ=255) aaCGTATTTTGTTTATTGTGTTAAACTGCCCAAGCAGTTTATGCGATTACGTCCACTTAAAAATTTCAAGCAGTTATaaaa > 1:517907/1‑81 (MQ=255) tATTTTGTTTATTGTGTTAAACTGCCCAAGCAGTTTATGCGATTACGTCCACTTAAAAATTTCAAGCAGTTATAAAATTTAGTGGGATTATTAATTAAATATTAGACTATTACTTTAATTTCTAAGGAGTTTTTTTATGAGTAATTTTAAACACTCAATTTCAAAATTGAGTCTTATTGTATTAACATCATTAACCGTTACAGCTTGCGGAAGTGGCGGCGGTGGTTCCGGTACTCCGACACCTGTAGtt < 1:786108/250‑1 (MQ=255) ttttGTTTATTGTGTTAAACTGCCCAAGCAGTTTATGCGATTACGTCCACTTAAAAATTTCAAGCAGTTATAAAATTTAGTgg < 1:355329/83‑1 (MQ=255) tGTTTATTGTGTTAAACTGCCCAAGCAGTTTATGCGATTACGTCCACTTAAAAATTTCAAGCAGTTATAAAATTTAGTGGGATTATTAATTAAATATTAGACTATTACTTTAATTTCTAAGGAGTTTTTTTATGAGTAATTTTAAACACTCAATTTCAAAATTGAGTCTTATTGTATTAACATCATTAACCGTTACAGCTTGCGGAAGTGGCGGCGGTGGTTCCGGTACTCCGACACCTGTAGTTAATAc > 1:669688/1‑250 (MQ=255) gtgtTAAACTGCCCAAGCAGTTTATGCGATTACGTCCACTTAAAAATTTCAAGCAGTTATaaaa < 1:569440/64‑1 (MQ=255) gtgtTAAACTGCCCAAGCAGTTTATGCGATTACGTCCACTTAAAAATTTCAAGCAGTTATAAAATTTAGTGGGATTATTACTTAAATA‑TAGACTATTACTTTAATTTCTAAGGAGTTTTTTTATGAGTCATTTTAAACACTCAATTTCAAAATTGAGTCTTATTGTATTAACATCATTAACCGTTACAGCTTGCGGAAGTGGCGGCGGTGGTTCCGGTACTCCGACACCCGTAGTTAATAc > 1:313928/1‑241 (MQ=255) gtgtTAAACTGCCCAAGCAGTTTATGCGATTACGTCCACTTAAAAATTTCAAGCAGTTATAAAATTTAGTGGGATTATTAATTAAATATTAg > 1:591148/1‑92 (MQ=255) gtgtTAAACTGCCCAAGCAGTTTATGCGATTACGTCCACTTAAAAATTTCAAGCAGTTATAAAATTTAGTGGGATTATTAATTAAATATTAGAc < 1:74490/94‑1 (MQ=255) gtgtTAAACTGCCCAAGCAGTTTATGCGATTACGTCCACTTAAAAATTTCAAGCAGTTATAAAATTTAGTGGGATTATTAATTAAATATTAGACTATTAc < 1:139008/100‑1 (MQ=255) gtgtTAAACTGCCCAAGCAGTTTATGCGATTACGTCCACTTAAAAATTTCAAGCAGTTATAAAATTTAGTGGGATTATTAATTAAATATTAGACTATTACTTTAATTTCTAAGGAGTTTTTTTATGAGTAATTTTAAACACTCAATTTCAAAATTGAGTCTTATTg > 1:508258/1‑166 (MQ=255) 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CACTAATATCCACTATTTGGAGAAAAAATTAGGTATGCACGAATAAGCCGCATATTTAGCCTTAACTTAATTTAATAAAGTGCGGTCAGAAAAAACAAAGTTTTTCAATGTGTTAAAGAACGTTTTAGGGATAGGTAAGCAAAGAAATGAGCTTATGAATAAAATATTCCGGTTTTTTTTCGCACTTTTATTAATTTTCAATAAACGTATTTTGTTTATTGTGTTAAACCGCCCAAGCAGTTTATGCGATTACGTCCACTTAAAAATTTCAAGCAGTTATAAAATTTAGTGGGATTATTAATTAAATATTAGACTATTACTTTAATTTCTAAGGAGTTTTTTTATGAGTAATTTTAAACACTCAATTTCAAAATTGAGTCTTATTGTATTAACATCATTAACCGTTACAGCTTGCGGAAGTGGCGGCGGTGGTTCCGGTACTCCGACACCTGTAGTTAATACTGGCG > 1/118092‑118558 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |