| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,067,537 | A→C | intergenic (+12/‑236) | unknown → / → unknown | Exodeoxyribonuclease I (EC 3.1.11.1)/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,067,537 | 0 | A | C | 85.7% | 145.4 / 16.1 | 64 | intergenic (+12/‑236) | unknown/unknown | Exodeoxyribonuclease I (EC 3.1.11.1)/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/7); new base C (25/29); total (28/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.27e-01 | |||||||||||
AATTGCTGTTCCATTATCGTGCCAGACATTTCTATCGTACATTGAACCGTGCGGAACAAATTAAATGGCAAAAATACTGCCGTAAAAAATTAGATGCCGAGGCTTTGCAATTTGAACAACGTCTTCAAGAATTAGCCGAACAATATTCCAACAATGAAGAAAATCTTATGTTATTGCAAAAGGTCTATGAATATGGAACGAAAATAATCGGTTAAAAGTGCTCTG‑‑CACCCCAAAACCTGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTAAAAAACTATCAAACAGGTCACCGAGCAGAATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCTAAATTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTAATGGCGTAAAATCCCCTTATATAAACCCTCAACGCCCTAAAATAGTGA > 1/1067311‑1067764 | aaTTGCTGTTCCATTATCGTGCCAGACATTTCTATCGTACATTGAACCGTGCGGAACAAATTAAATGGCAAAAATACTGCCGTAAAAAATTAGATGCCGAGGCTTTGCAATTTGAACAACGTCTTCAAGAATTAGCCGAACAATATTCCAACAATGAAGAAAATCTTATGTTATTGCAAAAGGTCTATGAATATGGAACGAAAATAATCGGTTAAAAGTGATCTG‑‑CCCCCCAAAACCTGGACACCTAAtt < 1:46209/250‑1 (MQ=255) 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cgctttccgaaacaaaaaaGTGATCTG‑‑CACCCCAAAACCTGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAGAAATTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCTGAACTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTAATGGCGTAAAATCCCCTTATATAAACCCTCAACGCCCTAAAAt < 1:456693/236‑1 (MQ=11) cGAAAATAATCGGTTAAAAGTGATCTG‑‑CCCCCCAAAACCTGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTAAAAAACTATCAAACAGGTCACCGAGCAGAATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCTAAATTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTAATGGCGTAAAATCCCCTTATATAAACCCTCAACGCCCTAAAAt < 1:22249/251‑1 (MQ=255) ctttccgaaacaaaaaaGTGATCTG‑‑CACCCCAAAACCTGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAGAAATTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCTGAACTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTAATGGCGTAAAATCCCCTTATATAAACCCTCAACGCCCTAAAATAg < 1:731158/238‑1 (MQ=11) ctttccgaaacaaaaaaGTGATCTG‑‑CACCCCAAAACCTGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAGAAATTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCTGAACTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTAATGGCGTAAAATCCCCTTATATAAACCCTCAACGCCCTAAAATAg < 1:327616/238‑1 (MQ=11) ataatCGGTTAAAAGTGATCTG‑‑CCCCCCAAAACCTGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTAAAAAACTATCAAACAGGTCACCGAGCAGAATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCTAAATTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTAATGGCGTAAAATCCCCTTATATAAACCCTCAACGCCCTAAAATAGTGa < 1:235117/251‑1 (MQ=25) ggTTAAAAGTGATCTG‑‑CCCCCCAAAACCTGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTAAAAAACTATCAAACAGGTCACCGAGCAGAATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCTAAATTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTAATgg > 1:303474/1‑201 (MQ=18) acaaaaaaGTGATCTG‑‑CACCCCAAAACCTGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAGAAATTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCTGAACTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTAATGGCGTAAAATCCCCTTATATAAACCCTCAAc < 1:73785/226‑1 (MQ=11) gTTAAAAGTGATCTG‑‑CCCCCCAAAACCTGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTAAAAAACTATCAAACAGGTCACCGAGCAGAATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCTAAATTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTAATGGCGTAAAATCCCCTTATATAAAcc < 1:728771/223‑1 (MQ=18) | AATTGCTGTTCCATTATCGTGCCAGACATTTCTATCGTACATTGAACCGTGCGGAACAAATTAAATGGCAAAAATACTGCCGTAAAAAATTAGATGCCGAGGCTTTGCAATTTGAACAACGTCTTCAAGAATTAGCCGAACAATATTCCAACAATGAAGAAAATCTTATGTTATTGCAAAAGGTCTATGAATATGGAACGAAAATAATCGGTTAAAAGTGCTCTG‑‑CACCCCAAAACCTGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTAAAAAACTATCAAACAGGTCACCGAGCAGAATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCTAAATTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTAATGGCGTAAAATCCCCTTATATAAACCCTCAACGCCCTAAAATAGTGA > 1/1067311‑1067764 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |