| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,057,809 | A→G | V461V (GTA→GTG) | unknown → | Lysophospholipid transporter LplT / 2‑acylglycerophosphoethanolamine acyltransferase (EC 2.3.1.40) / Acyl‑[acyl‑carrier‑protein] synthetase (EC 6.2.1.20) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,057,809 | 0 | A | G | 98.1% | 145.8 / ‑6.4 | 53 | V461V (GTA→GTG) | unknown | Lysophospholipid transporter LplT / 2‑acylglycerophosphoethanolamine acyltransferase (EC 2.3.1.40) / Acyl‑[acyl‑carrier‑protein] synthetase (EC 6.2.1.20) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (27/25); minor base T (0/1); total (27/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGTTAAGTATCGCCTTTGTTTACGCGGATATTTCCACCACAGGCTTATTTATTTTTGTTTCTGTGGTCTGTTTTGTCGGTTCCTTATATGCCATTTTGCAATTGCCGCATTTATTCACCCGCTTATTTTTATTACTTTTCCTAAAAACCGGCTACCGCTTCCATGTGGAAGGCTTAAAAAATTTACCGCAACGTGGCGGTGTATTGTTATTAGGCAATCATATCAGCTGGATCGACTGGTTAGTACTACAAGCCGCCAGCCCGCGCGCCATTAAATTCGTGATGTATCGCGGTATTTACAACAAATGGTATCTCACCTGGATTTTCAAATTCTTCAAGGTAATTCCTATCGGTGTAGGTTCCAGCAAAGAAAGTATCGAAGCCATTCGTCAATATTTGGAAAATGGCGAAGTGGTGGCGCTTTTCCCGGAAGGGCATATCAGCTATAACGGACAAATTAACGAATTTCAACGTGGCTACGAATTAAGTA > 1/1057565‑1058053 | tgttAAGTATCGCCTTTGTTTACGCGGATATTTCCACCACAGGCTTATTTATTTTTGTTTCTGTGGTCTGTTTTGTCGGTTCCTTATATGCCATTTTGCAATTGCCGCATTTATTCACCCGCTTATTTTTATTACTTTTCCTAAAAACCGGCTACCGCTTCCATGTGGAAGGCTTAAAAAATTTACCGCAACGTGGCGGTGTATTGTTATTAGGCAATCATATCAGCTGGATCGACTGGTTAGTGCTACaa < 1:64068/251‑1 (MQ=255) 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TGTTAAGTATCGCCTTTGTTTACGCGGATATTTCCACCACAGGCTTATTTATTTTTGTTTCTGTGGTCTGTTTTGTCGGTTCCTTATATGCCATTTTGCAATTGCCGCATTTATTCACCCGCTTATTTTTATTACTTTTCCTAAAAACCGGCTACCGCTTCCATGTGGAAGGCTTAAAAAATTTACCGCAACGTGGCGGTGTATTGTTATTAGGCAATCATATCAGCTGGATCGACTGGTTAGTACTACAAGCCGCCAGCCCGCGCGCCATTAAATTCGTGATGTATCGCGGTATTTACAACAAATGGTATCTCACCTGGATTTTCAAATTCTTCAAGGTAATTCCTATCGGTGTAGGTTCCAGCAAAGAAAGTATCGAAGCCATTCGTCAATATTTGGAAAATGGCGAAGTGGTGGCGCTTTTCCCGGAAGGGCATATCAGCTATAACGGACAAATTAACGAATTTCAACGTGGCTACGAATTAAGTA > 1/1057565‑1058053 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |