| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,031,538 | G→A | intergenic (‑335/‑76) | unknown ← / → unknown | hypothetical protein/Repressor protein CI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,031,538 | 0 | G | A | 100.0% | 34.9 / NA | 15 | intergenic (‑335/‑76) | unknown/unknown | hypothetical protein/Repressor protein CI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (10/5); total (10/5) | |||||||||||
CTCATGTAACTCGTAAACAATCCGCTTTCTACTCCAATCCTTTTTTTTCATAGTTCCTCGCTTTTGCATTTGAATAATTTAAAGATTAGGTTAAACTTGGGTGTAAATCTTTAGTCTTACCCCTTAGCGTTAAACTTAGTTTAAACTAAGTTTAAAACCAAAGTCAACAATAGTTTAAATAAAAATTTTGTAAAACTTATGTAAAGAAATTTATTTTTGTTTAAATCAATACGTTAAGAGGTATTGTAAATTAAACTTAGTTTTAATCCTTGGTTTAAAACTAGGAGGTTAGATATGATCCGAGAGTGGCTAGAACTGAAAGACCTTTTGGGAGTAGCTGGACTACCAGAAACTGTTCAAGGGGTAACTAAAAAAGCCAAATTAGAAAACTGGGAAAGACGACTTATAAAAGGAAGAAAAGGGAAAACATACGAATACCA > 1/1031320‑1031759 | gtaatgtttcgctcatgtaactcgtaaacaatccgctttctactccaatccttttttttcatagttcctcgcttttgcatttgaataatttaaagattaggttaaacttgggtgtaaatctttagtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGTCAACAATAGTTTAAATAAAAATTTTGTAAAACTTATGTAAAGAAATTTATTTTTATTTAAATCAATACGTTAATAGGTATTGTAAAt > 1:741275‑M2/158‑251 (MQ=255) catgtaactcgtaaacaatccgctttctactccaatccttttttttcatagttcctcgcttttgcatttgaataatttaaagattaggttaaacttgggtgtaaatctttagtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGTCAACAATAGTTTAAATAAAAATTTTGTAAAACTTATGTAAAGAAATTTATTTTTATTTAAATCAATACg < 1:17737‑M2/76‑1 (MQ=255) atccgctttctactccaatccttttttttcatagttcctcgcttttgcatttgaataatttaaagattaggttaaacttgggtgtaaatctttagtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGTCAACAATAGTTTAAATAAAAATTTTGTAAAACTTATGTAAAGAAATTTATTTTTATTTAAATCAATACGTTAATAGGTATTGTAAATTAAACTTAGTTTTAATCCTTGGTTTAAAAc < 1:142910‑M2/124‑1 (MQ=255) tcatagttcctcgcttttgcatttgaataatttaaagattaggttaaacttgggtgtaaatctttagtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGTCAACAATAGTTTAAATAAAAATTTTGTAAAACTTATGTAAAGAAATTTATTTTTATTTAAATCAATACGTTAATAGGTATTGTAAATTAAACTTAGTTTTAATCCTTGGTTTAAAACTAGGAGGTTAGATATGATCCGagag < 1:258807‑M2/149‑1 (MQ=255) tttgaataatttaaagattaggttaaacttgggtgtaaatctttagtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGTCAACAATAGTTTAAATAAAAATTTTGTAAAACTTATGTAAAGAAATTTATTTTTATTTAAATCAATACGTTAATAGGTATTGTAAATTAAACTTAGTTTTAATCCTTGGTTTAAAACTAGGAGGTTAGATATGATCCGAGAGTGGCTAGAACTGAAAGACCTTTTg > 1:364573‑M2/79‑251 (MQ=255) gtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGTCAACAATAGTTTAAATAAAAATTTTGTAAAACTTATGTAAAGAAATTTATTTTTATTTAAATCAATACGTTAATAGGTATTGTaaa > 1:174772‑M2/34‑126 (MQ=255) gtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGTCAACAATAGTTTAAATAAAAATTTTGTAAAACTTATGTAAAGAAATTTATTTTTATTTAAATCAATACGTTAATAGGTATTGTAAATTAAACTTAGttt > 1:900553‑M2/34‑139 (MQ=255) gtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGTCAACAATAGTTTAAATAAAAATTTTGTAAAACTTATGTAAAGAAATTTATTTTTATTTAAATCAATACGTTAATAGGTATTGTAAATTAAACTTAGTTTTAATCCTTGGTTTAAAACTAGGAGGTTAGATATGATCCGAGAGTGGCTAGAACTGAAAGACCTTTTGGGAGTAGCTGGACTACCAGAAACTGTTCAAGGGGTAACTaaaaaa > 1:299749‑M2/34‑251 (MQ=255) ccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGTCAACAATAGTTTAAATAAAAATTTTGTAAAACTTATGTAAAGAAATTTATTTTTATTTAAATCAATACGTTAATAGGTATTGTAAATTAAACTTAGTTTTAATCCTTGGTTTAAAACTAGGAGGTTAGATATGATCCGAGAGTGGCTAGAACTGAAAGACCTTTTGGGAGTAGCTGGACTACCAGAAACTGTTCAAGGGGTAACTAAAAAAGCCaaa > 1:101781‑M2/28‑251 (MQ=255) tagtttaaacCTAAAGTCAACAATAGTTTAAATAAAAATTTTGTAAAACTTATGTAAAGAAATTTATTTTTATTTAAATCAATACGTTAATAGGTATTGTAAATTAAACTTAGTTTTAATCCTTGGTTTAAAACTAGGAGGTTAGATATGATCCGAGAGTGGCTAGAACTGAAAGACCTTTTGGGAGTAGCTGGACTACCAGAAACTGTTCAAGGGGTAACTAAAAAAGCCAAATTAGAAAACTGGGAAAg < 1:117822‑M2/241‑1 (MQ=255) aacCTAAAGTCAACAATAGTTTAAATAAAAATTTTGTAAAACTTATGTAAAGAAATTTATTTTTATTTAAATCAATACGTTAATAGGTATTGTAAATTAAACTTAGTTTTAATCCTTGGTTTAAAACTAGGAGGTTAGATATGATCCGAGAGTGGCTAGAACTGAAAGACCTTTTGGGAGTAGCTGGACTACCAGAAACTGTTCAAGGGGTAACTAAAAAAGCCAAATTAGAAAACTGGGAAAGACGACtt > 1:486843‑M2/4‑251 (MQ=255) cctaaaGTCAACAATAGTTTAAATAAAAATTTTGTAAAACTTATGTAAAGAAATTTATTTTTATTTAAATCAATACGTTAATAGGTATTGTAAATTAAACTTAGTTTTAATCCTTGGTTTAAAACTAGGAGGTTAGATATGATCCGAGAGTGGCTAGAACTGAAAGACCTTTTGGGAGTAGCTGGACTACCAGAAACTGTTCAAGGGGTAACTAAAAAAGCCAAATTAGAAAACTGGGAAAGACGACTtat > 1:279325/4‑251 (MQ=255) caacaaTAGTTTAAATAAAAATTTTGTAAAACTTATGTAAAGAAATTTATTTTTATTTAAATCAATACGTTAATAgg < 1:136129/77‑1 (MQ=255) caacaaTAGTTTAAATAAAAATTTTGTAAAACTTATGTAAAGAAATTTATTTTTATTTAAATCAATACGTTAATAGGTATTGTAAATTAAACTTAGTTTTAATCCTTGGTTTAAAACTAGGAGGTTAGATATGATCCGAGAGTGGCTAGAACTGAAAGACCTTTTGGGAGTAGCTGGACTACCAGAAAc > 1:553724/1‑189 (MQ=255) gTAAAACTTATGTAAAGAAATTTATTTTTATTTAAATCAATACGTTAATAGGTATTGTAAATTAAACTTAGTTTTAATCCTTGGTTTAAAACTAGGAGGTTAGATATGATCCGAGAGTGGCTAGAACTGAAAGACCTTTTGGGAGTAGCTGGACTACCAGAAACTGTTCAAGGGGTAACTAAAAAAGCCAAATTAGAAAACTGGGAAAGACGACTTATAAAAGGAAGAAAAGGGAAAACATACGAATACCa > 1:543137/1‑251 (MQ=255) | CTCATGTAACTCGTAAACAATCCGCTTTCTACTCCAATCCTTTTTTTTCATAGTTCCTCGCTTTTGCATTTGAATAATTTAAAGATTAGGTTAAACTTGGGTGTAAATCTTTAGTCTTACCCCTTAGCGTTAAACTTAGTTTAAACTAAGTTTAAAACCAAAGTCAACAATAGTTTAAATAAAAATTTTGTAAAACTTATGTAAAGAAATTTATTTTTGTTTAAATCAATACGTTAAGAGGTATTGTAAATTAAACTTAGTTTTAATCCTTGGTTTAAAACTAGGAGGTTAGATATGATCCGAGAGTGGCTAGAACTGAAAGACCTTTTGGGAGTAGCTGGACTACCAGAAACTGTTCAAGGGGTAACTAAAAAAGCCAAATTAGAAAACTGGGAAAGACGACTTATAAAAGGAAGAAAAGGGAAAACATACGAATACCA > 1/1031320‑1031759 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |