| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,031,478 | C→T | intergenic (‑275/‑136) | unknown ← / → unknown | hypothetical protein/Repressor protein CI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,031,478 | 0 | C | T | 100.0% | 75.5 / NA | 29 | intergenic (‑275/‑136) | unknown/unknown | hypothetical protein/Repressor protein CI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (15/14); total (15/14) | |||||||||||
CCTTCGGATAACTAACTCGCAATGCATTTTTTAATGTGGAGGGAGCCAATCCAGACTTAACTGAAAGCGAATGCAATGTAATGTTTCGCTCATGTAACTCGTAAACAATCCGCTTTCTACTCCAATCCTTTTTTTTCATAGTTCCTCGCTTTTGCATTTGAATAATTTAAAGATTAGGTTAAACTTGGGTGTAAATCTTTAGTCTTACCCCTTAGCGTTAAACTTAGTTTAAACTAAGTTTAAAACCAAAGTCAACAATAGTTTAAATAAAAATTTTGTAAAACTTATGTAAAGAAATTTATTTTTGTTTAAATCAATACGTTAAGAGGTATTGTAAATTAAACTTAGTTTTAATCCTTGGTTTAAAACTAGGAGGTTAGATATGATCCGAGAGTGGCTAGAACTGAAAGACCTTTTGGGAGTAGCTGGACTACCAGAAACTGTTCAAGGGGTAACTAAAAAAGCCAAATTAGAAAACTGGGAAAGACGACTT > 1/1031232‑1031724 | gatccattctcccttcggataactaactcgcaatgcattttttaatgtggagggagccaatccagacttaactgaaagcgaatgcaatgtaatgtttcgctcatgtaactcgtaaacaatccgctttctactccaatccttttttttcatagttcctcgcttttgcatttgaataatttaaagattaggttaaacttgggtgtaaatctttagtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAg > 1:812091‑M2/246‑251 (MQ=255) cccttcggataactaactcgcaatgcattttttaatgtggagggagccaatccagacttaactgaaagcgaatgcaatgtaatgtttcgctcatgtaactcgtaaacaatccgctttctactccaatccttttttttcatagttcctcgcttttgcatttgaataatttaaagattaggttaaacttgggtgtaaatctttagtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGTCAACAAt > 1:601089‑M2/236‑249 (MQ=255) cccttcggataactaactcgcaatgcattttttaatgtggagggagccaatccagacttaactgaaagcgaatgcaatgtaatgtttcgctcatgtaactcgtaaacaatccgctttctactccaatccttttttttcatagttcctcgcttttgcatttgaataatttaaagattaggttaaacttgggtgtaaatctttagtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGTCAACAATAg < 1:107266‑M2/16‑1 (MQ=255) ttcggataactaactcgcaatgcattttttaatgtggagggagccaatccagacttaactgaaagcgaatgcaatgtaatgtttcgctcatgtaactcgtaaacaatccgctttctactccaatccttttttttcatagttcctcgcttttgcatttgaataatttaaagattaggttaaacttgggtgtaaatctttagtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGTCAACAATAGttt < 1:87221‑M2/19‑1 (MQ=255) ttcggataactaactcgcaatgcattttttaatgtggagggagccaatccagacttaactgaaagcgaatgcaatgtaatgtttcgctcatgtaactcgtaaacaatccgctttctactccaatccttttttttcatagttcctcgcttttgcatttgaataatttaaagattaggttaaacttgggtgtaaatctttagtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGTCAACAATAGttt < 1:696710‑M2/19‑1 (MQ=255) atgtggagggagccaatccagacttaactgaaagcgaatgcaatgtaatgtttcgctcatgtaactcgtaaacaatccgctttctactccaatccttttttttcatagttcctcgcttttgcatttgaataatttaaagattaggttaaacttgggtgtaaatctttagtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGTCAACAATAGTTTAAATAAAAATTTTGTAAAACTTATGTAAAGa < 1:748594‑M2/50‑1 (MQ=255) atgtggagggagccaatccagacttaactgaaagcgaatgcaatgtaatgtttcgctcatgtaactcgtaaacaatccgctttctactccaatccttttttttcatagttcctcgcttttgcatttgaataatttaaagattaggttaaacttgggtgtaaatctttagtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGTCAACAATAGTTTAAATAAAAATTTTGTAAAACTTATGTAAAGa < 1:654766‑M2/50‑1 (MQ=255) gagccaatccagacttaactgaaagcgaatgcaatgtaatgtttcgctcatgtaactcgtaaacaatccgctttctactccaatccttttttttcatagttcctcgcttttgcatttgaataatttaaagattaggttaaacttgggtgtaaatctttagtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGTCAACAATAGttt > 1:441461‑M2/193‑211 (MQ=255) ctgaaagcgaatgcaatgtaatgtttcgctcatgtaactcgtaaacaatccgctttctactccaatccttttttttcatagttcctcgcttttgcatttgaataatttaaagattaggttaaacttgggtgtaaatctttagtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGTCAACAATAGttt > 1:815028‑M2/175‑193 (MQ=255) atgtaatgtttcgctcatgtaactcgtaaacaatccgctttctactccaatccttttttttcatagttcctcgcttttgcatttgaataatttaaagattaggttaaacttgggtgtaaatctttagtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGTc < 1:366964‑M2/8‑1 (MQ=255) gtaatgtttcgctcatgtaactcgtaaacaatccgctttctactccaatccttttttttcatagttcctcgcttttgcatttgaataatttaaagattaggttaaacttgggtgtaaatctttagtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGTCAACAAt > 1:590361‑M2/158‑171 (MQ=255) gtaatgtttcgctcatgtaactcgtaaacaatccgctttctactccaatccttttttttcatagttcctcgcttttgcatttgaataatttaaagattaggttaaacttgggtgtaaatctttagtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGTCAACAATAGTTTAAATAAAAATTTTGTAAAACTTATGTAAAGAAATTTATTTTTATTTAAATCAATACGTTAATAGGTATTGTAAAt > 1:741275‑M2/158‑251 (MQ=255) catgtaactcgtaaacaatccgctttctactccaatccttttttttcatagttcctcgcttttgcatttgaataatttaaagattaggttaaacttgggtgtaaatctttagtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGTCAACAAt < 1:794361‑M2/14‑1 (MQ=255) catgtaactcgtaaacaatccgctttctactccaatccttttttttcatagttcctcgcttttgcatttgaataatttaaagattaggttaaacttgggtgtaaatctttagtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGTCAACAATAGTTTAAATAAAAATTTTGTAAAACTTATGTAAAGAAATTTATTTTTATTTAAATCAATACg < 1:17737‑M2/76‑1 (MQ=255) ctcgtaaacaatccgctttctactccaatccttttttttcatagttcctcgcttttgcatttgaataatttaaagattaggttaaacttgggtgtaaatctttagtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGt > 1:859599‑M2/138‑144 (MQ=255) atccgctttctactccaatccttttttttcatagttcctcgcttttgcatttgaataatttaaagattaggttaaacttgggtgtaaatctttagtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGTCAACAATAGTTTAAATAAAAATTTTGTAAAACTTATGTAAAGAAATTTATTTTTATTTAAATCAATACGTTAATAGGTATTGTAAATTAAACTTAGTTTTAATCCTTGGTTTAAAAc < 1:142910‑M2/124‑1 (MQ=255) tcatagttcctcgcttttgcatttgaataatttaaagattaggttaaacttgggtgtaaatctttagtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGTCAACAATAGTTTAAATAAAAATTTTGTAAAACTTATGTAAAGAAATTTATTTTTATTTAAATCAATACGTTAATAGGTATTGTAAATTAAACTTAGTTTTAATCCTTGGTTTAAAACTAGGAGGTTAGATATGATCCGagag < 1:258807‑M2/149‑1 (MQ=255) tttgaataatttaaagattaggttaaacttgggtgtaaatctttagtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGTCAACAATAGTTTAAATAAAAATTTTGTAAAACTTATGTAAAGAAATTTATTTTTATTTAAATCAATACGTTAATAGGTATTGTAAATTAAACTTAGTTTTAATCCTTGGTTTAAAACTAGGAGGTTAGATATGATCCGAGAGTGGCTAGAACTGAAAGACCTTTTg > 1:364573‑M2/79‑251 (MQ=255) aggttaaacttgggtgtaaatctttagtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGTCAACAATAGTTTAAATAAAAATTTTGTAAAACTTATGTAAAGAAat > 1:335256‑M2/60‑112 (MQ=255) ggttaaacttgggtgtaaatctttagtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGTCAACAATAg < 1:265028‑M2/16‑1 (MQ=255) ggttaaacttgggtgtaaatctttagtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGTCAACAATAg < 1:406427‑M2/16‑1 (MQ=255) gtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAg > 1:258146‑M2/34‑39 (MQ=255) gtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGTCAACAATAGTTtaaat < 1:546691‑M2/23‑1 (MQ=255) gtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGTCAACAATAGTTTAAATAAAAATTTTGTAAAACTTATGTAAAGAAATTTATTTTTATTTAAATCAATACGTTAATAGGTATTGTaaa > 1:174772‑M2/34‑126 (MQ=255) gtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGTCAACAATAGTTTAAATAAAAATTTTGTAAAACTTATGTAAAGAAATTTATTTTTATTTAAATCAATACGTTAATAGGTATTGTAAATTAAACTTAGttt > 1:900553‑M2/34‑139 (MQ=255) gtcttaccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGTCAACAATAGTTTAAATAAAAATTTTGTAAAACTTATGTAAAGAAATTTATTTTTATTTAAATCAATACGTTAATAGGTATTGTAAATTAAACTTAGTTTTAATCCTTGGTTTAAAACTAGGAGGTTAGATATGATCCGAGAGTGGCTAGAACTGAAAGACCTTTTGGGAGTAGCTGGACTACCAGAAACTGTTCAAGGGGTAACTaaaaaa > 1:299749‑M2/34‑251 (MQ=255) ccccttagcgttaaacttagtttaaacCTAAAGTCAACAATAGTTTAAATAAAAATTTTGTAAAACTTATGTAAAGAAATTTATTTTTATTTAAATCAATACGTTAATAGGTATTGTAAATTAAACTTAGTTTTAATCCTTGGTTTAAAACTAGGAGGTTAGATATGATCCGAGAGTGGCTAGAACTGAAAGACCTTTTGGGAGTAGCTGGACTACCAGAAACTGTTCAAGGGGTAACTAAAAAAGCCaaa > 1:101781‑M2/28‑251 (MQ=255) tagtttaaacCTAAAGTCAACAATAGTTTAAATAAAAATTTTGTAAAACTTATGTAAAGAAATTTATTTTTATTTAAATCAATACGTTAATAGGTATTGTAAATTAAACTTAGTTTTAATCCTTGGTTTAAAACTAGGAGGTTAGATATGATCCGAGAGTGGCTAGAACTGAAAGACCTTTTGGGAGTAGCTGGACTACCAGAAACTGTTCAAGGGGTAACTAAAAAAGCCAAATTAGAAAACTGGGAAAg < 1:117822‑M2/241‑1 (MQ=255) aacCTAAAGTCAACAATAGTTTAAATAAAAATTTTGTAAAACTTATGTAAAGAAATTTATTTTTATTTAAATCAATACGTTAATAGGTATTGTAAATTAAACTTAGTTTTAATCCTTGGTTTAAAACTAGGAGGTTAGATATGATCCGAGAGTGGCTAGAACTGAAAGACCTTTTGGGAGTAGCTGGACTACCAGAAACTGTTCAAGGGGTAACTAAAAAAGCCAAATTAGAAAACTGGGAAAGACGACtt > 1:486843‑M2/4‑251 (MQ=255) | CCTTCGGATAACTAACTCGCAATGCATTTTTTAATGTGGAGGGAGCCAATCCAGACTTAACTGAAAGCGAATGCAATGTAATGTTTCGCTCATGTAACTCGTAAACAATCCGCTTTCTACTCCAATCCTTTTTTTTCATAGTTCCTCGCTTTTGCATTTGAATAATTTAAAGATTAGGTTAAACTTGGGTGTAAATCTTTAGTCTTACCCCTTAGCGTTAAACTTAGTTTAAACTAAGTTTAAAACCAAAGTCAACAATAGTTTAAATAAAAATTTTGTAAAACTTATGTAAAGAAATTTATTTTTGTTTAAATCAATACGTTAAGAGGTATTGTAAATTAAACTTAGTTTTAATCCTTGGTTTAAAACTAGGAGGTTAGATATGATCCGAGAGTGGCTAGAACTGAAAGACCTTTTGGGAGTAGCTGGACTACCAGAAACTGTTCAAGGGGTAACTAAAAAAGCCAAATTAGAAAACTGGGAAAGACGACTT > 1/1031232‑1031724 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |