| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 991,761 | C→T | intergenic (‑394/+467) | unknown ← / ← unknown | hypothetical protein/Thiol:disulfide oxidoreductase associated with MetSO reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 991,761 | 0 | C | T | 97.2% | 88.7 / ‑5.9 | 36 | intergenic (‑394/+467) | unknown/unknown | hypothetical protein/Thiol:disulfide oxidoreductase associated with MetSO reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (18/17); total (19/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGACTTGCTGACCGCTAAATAATAGCCAACTGGCTAAGCAGTTTAAATCCTTATAACTATCAAATAGTTCGATTTCTTTGGATGGTTTTCAAGGCACTATAACCATATGTACAATTACTGTCAAAAATGATTTTAAGGTTATCGGCACAAGTGCACTGGTAAGTAAGTAAAACTACAATACAGAGATCTGTAAACAGATCGCTTATCAAAATTTGATAAATTGTGATAGCTAGAGGAGCATTTATTAAAACAGCGTATTTATGAACAATGTGACTAAAAAGTTATTCTACGCAAGGTTGGTTTATTTACTTAAGCCGATTTTGCAAAATATTAACTGTTGAAGATAATATGATAATGAGTTATCTAACTATATGATGATATACCAAAATGGTTTATTTTATTTTGATGTAGAAATTGAATTTGATATAGTGCGTAGA > 1/991523‑991959 | cGACTTGCTGACCGCTAAATAATAGCCAACTGGCTAAGCAGTTTAAATCCTTATAACTATCAAATAGTTCGATTTCTTTGGATGGTTTTCAAGGCACTATAACTATATGTACAATTACTGTCAAAAATGATTTTAAGGTTATCGGCACAAGTGCACTGGTAAGTAAGTAAAACTACAATACAGAGATCTGTAAACAGATCGCTTATCAAAATTTGATAAATTGTGATAGCTAGAGGAGTATTTATTAAAAc < 1:137036/251‑1 (MQ=255) ggCTAAGCAGTTTAAATCCTTATAACTATCAAATAGTTCGATTTCTTTGGATGGTTTTCAAGGCACTATAACTATATGTACAATTACTGTCAAAAATGATTTTAAGGTTATCGGCACAAGTGCACTGGTAAGTAAGTAAAACTACAATACAGAGATCTGTAAACAGATCGCTTATCAAAATTTGATAAATTGTGATAGCTAGAGGAGTATTTATTAAAAc < 1:593446/220‑1 (MQ=255) 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CGACTTGCTGACCGCTAAATAATAGCCAACTGGCTAAGCAGTTTAAATCCTTATAACTATCAAATAGTTCGATTTCTTTGGATGGTTTTCAAGGCACTATAACCATATGTACAATTACTGTCAAAAATGATTTTAAGGTTATCGGCACAAGTGCACTGGTAAGTAAGTAAAACTACAATACAGAGATCTGTAAACAGATCGCTTATCAAAATTTGATAAATTGTGATAGCTAGAGGAGCATTTATTAAAACAGCGTATTTATGAACAATGTGACTAAAAAGTTATTCTACGCAAGGTTGGTTTATTTACTTAAGCCGATTTTGCAAAATATTAACTGTTGAAGATAATATGATAATGAGTTATCTAACTATATGATGATATACCAAAATGGTTTATTTTATTTTGATGTAGAAATTGAATTTGATATAGTGCGTAGA > 1/991523‑991959 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |