| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 99,900 | G→A | intergenic (+22/+76) | unknown → / ← unknown | Cold shock protein of CSP family/Ribokinase (EC 2.7.1.15) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 99,900 | 0 | G | A | 99.0% | 261.0 / NA | 98 | intergenic (+22/+76) | unknown/unknown | Cold shock protein of CSP family/Ribokinase (EC 2.7.1.15) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (53/44); minor base C (0/1); total (53/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAAGAAGGAAGACAACATGTCTAAATTAAACGGCACCGTAAAATGGTTTAACTCCATAAAAGGCTTTGGTTTTATCGCTCCCACGGATGGTTCAAAAGATGTATTCGTACATTTCTCCGGCATCGTCGGTAACAATTTCCGTACTTTAAACGAAGGCGACCATGTGGCGTATAACGTACAGAATTCCCAACGCGGACCGACAGCAATTGAAGTTGAAGTGGTTTAATCCCCATTCCCAATAAAGTGAGCCCTTTGTTTAAAGGGTTCGTTTTTTATCCTTCGATTTTCTACATCTAAAAACGCTGTAAAAAATCACCGCACTTTTATCCCTGCTTTTCAAGAAAATCCAAGGCTTCCGCACGGCTCGGAATTGAGGGCTGCGCACCTTCGCGGGTGACGCTGATTGCCGCCGCTGCGTGGGCGAAGCGAATGGCATTCGTCAATGTTTTTCCTTCCAGTAACGCAACCGCCAAGGCACCATTGAAGGTATCGC > 1/99653‑100145 | tAAGAAGGAAGACAACATGTCTAAATTAAACGGCACCGTAAAATGGTTTAACTCCATAAAAGGCTTTGGTTTTATCGCTCCCACGGATGGTTCAAAAGATGTATTCGTACATTTCTCCGGCATCGTCGGTAACAATTTCCGTACTTTAAACGAAGGCGACCATGTGGCGTATAGCGTACAGAATTCCCAACGCGGACCGACAGCAATTGAAGTTGAAGTGGTTTAATCCCCATTCCCAATAAAGTGAAccc < 1:59437/251‑1 (MQ=255)tAAGAAGGAAGACAACATGTCTAAATTAAACGGCACCGTAAAATGGTTTAACTCCATAAAAGGCTTTGGTTTTATCGCTCCCACGGATGGTTCAAAAGATGTATTCGTACATTTCTCCGGCATCGTCGGTAACAATTTCCGTACTTTAAACGAAGGCGACCATGTGGCGTATAACGTACAGAATTCCCAACGCGGACCGACAGCAATTGAAGTTGAAGTGGTTTAATCCCCATTCCCAATAAAGTGAAccc < 1:648797/251‑1 (MQ=255) gaagACAACATGTCTAAATTAAACGGCACCGTAAAATGGTTTAACTCCATAAAAGGCTTTGGTTTTATCGCTCCCACGGATGGTTCAAAAGATGTATTCGTACATTTCTCCGGCATCGTCGGTAACAATTTCCGTACTTTAAACGAAGGCGACCATGTGGCGTATAACGTACAGAATTCCCAACGCGGACCGACAGCAATTGAAGTTGAAGTGGTTTAATCCCCATTCCCAATAAAGTGAAccc > 1:397872/1‑244 (MQ=255) gaagACAACATGTCTAAATTAAACGGCACCGTAAAATGGTTTAACTCCATAAAAGGCTTTGGTTTTATCGCTCCCACGGATGGTTCAAAAGATGTATTCGTACATTTCTCCGGCATCGTCGGTAACAATTTCCGTACTTTAAACGAAGGCGACCATGTGGCGTATAACGTACAGAATTCCCAACGCGGACCGACAGCAATTGAAGTTGAAGTGGTTTAATCCCCATTCCCAATAAAGTGAACCCTTTGtt < 1:723998/250‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |