| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 99,274 | G→T | intergenic (+52/‑27) | unknown → / → unknown | Glutamyl‑tRNA synthetase (EC 6.1.1.17)/tRNA‑Ala‑GGC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 99,274 | 0 | G | T | 98.2% | 148.7 / NA | 54 | intergenic (+52/‑27) | unknown/unknown | Glutamyl‑tRNA synthetase (EC 6.1.1.17)/tRNA‑Ala‑GGC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (21/32); total (21/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTCATGAAGCCATTGAACAAACCGCCGCCGAATTAGAGGTCGGCATGGGCAAAGTGGGGATGCCTTTGCGTGTTGCCGTTACCGGTGCGGGACAATCGCCGTCAATGGATGTCACCCTGGTCGGCATCGGACGCGAACGCGTATTAAACCGCATTCAACGTGCCATTGATTTTATTAAAGCGCAAAACGCTTAATATTTAATCTGATAACATTGAATTGAAAATTTAATATTGACAGACAAAGGGGCGGAATCTATTATAGCCGCCACCTACGGGGATATAGCTCAGTTGGGAGAGCGCTTGAATGGCATTCAAGAGGTCGTCGGTTCGATCCCGATTATCTCCACCAAATTCCAAAATCCTATCAATAAAAATTGATAGGATTTTTTTCGTTTTAACCGAAAGCTGATTAGACAAGCATGTAAATTCAATAAAATAGATTGTTTTCATTTCCCGGGTGTGTTCTAATGCGCTCCACGCTAGACAATCAC > 1/99029‑99518 | cTCATGAAGCCATTGAACAAACCGCCGCCGAATTAGAGGTCGGCATGGGCAAAGTGGGGATGCCTTTGCGTGTTGCCGTTACCGGTGCGGGACAATCGCCGTCAATGGATGTCACCCTGGTCGGCATCGGACGCGAACGCGTATTAAACCGCATTCAACGTGCCATTGATTTTATTAAAGCGCAAAACGCTTAATATTTAATCTGATAACATTGAATTGAAAATTTAATATTGACAGACAAAGGGTCGGaa > 1:771785/1‑251 (MQ=255) ccATTGAACAAACCGCCGCCGAATTAGAGGTCGGCATGGGCAAAGTGGGGATGCCTTTGCGTGTTGCCGTTACCGGTGCGGGACAATCGCCGTCAATGGATGTCACCCTGGTCGGCATCGGACGCGAACGCGTATTAAACCGCATTCAACGTGCCATTGATTTTATTAAAGCGCAAAACGCTTAATATTTAATCTGATAACATTGAATTGAAAATTTAATATTGACAGACAAAGGGTCGGAATCtattat < 1:281955/250‑1 (MQ=255) ccgccgAATTAGAGGTCGGCATGGGCAAAGTGGGGATGCCTTTGCGTGTTGCCGTTACCGGTGCGGGACAATCGCCGTCAATGGATGTCACCCTGGTCGGCATCGGACGCGAACGCGTATTAAACCGCATTCAACGTGCCATTGATTTTATTAAAGCGCAAAACGCTTAATATTTAATCTGATAACATTGAATTGAAAATTTAATATTGACAGACAAAGGGTCGGAATCTATTATAGCCGCCACCTACggg < 1:19249/251‑1 (MQ=255) gAATTAGAGGTCGGCATGGGCAAAGTGGGGATGCCTTTGCGTGTTGCCGTTACCGGTGCGGGACAATCGCCGTCAATGGATGTCACCCTGGTCGGCATCGGACGCGAACGCGTATTAAACCGCATTCAACGTGCCATTGATTTTATTAAAGCGCAAAACGCTTAATATTTAATCTGATAACATTGAATTGAAAATTTAATATTGACAGACAAAGGGTCGGAATCTATTATAg < 1:757380/232‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gCCTTTGCGTGTTGCCGTTACCGGTGCGGGACAATCGCCGTCAATGGATGTCACCCTGGTCGGCATCGGACGCGAACGCGTATTAAACCGCATTCAACGTGCCATTGATTTTATTAAAGCGCAAAACGCTTAATATTTAATCTGATAACATTGAATTGAAAATTTAATATTGACAGACAAAGGGTCGGAATCTATTATAGCCGCCACCTACGGGGATATAGCTCAGTTGGGAGAGCGCTTGAATGGCAtt > 1:329620/1‑250 (MQ=255) tttGCGTGTTGCCGTTACCGGTGCGGGACAATCGCCGTCAATGGATGTCACCCTGGTCGGCATCGGACGCGAACGCGTATTAAACCGCATTCAACGTGCCATTGATTTTATTAAAGCGCAAAACGCTTAATATTTAATCTGATAACATTGAATTGAAAATTTAATATTGACAGACAAAGGGTCGGAATCTATTATAGCCGCCACCTACGGGGATATAGCTCAGTTGGGAGAGCGCTTGAATGGCATTCAag < 1:80422/251‑1 (MQ=255) gCCGTTACCGGTGCGGGACAATCGCCGTCAATGGATGTCACCCTGGTCGGCATCGGACGCGAACGCGTATTAAACCGCATTCAACGTGCCATTGATTTTATTAAAGCGCAAAACGCTTAATATTTAATCTGATAACATTGAATTGAAAATTTAATATTGACAGACAAAGGGTCGGAATCTATTATAGCCGCCACCTACgggg > 1:216422/1‑202 (MQ=255) 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cgcAAAACGCTTAATATTTAATCTGATAACATTGAATTGAAAATTTAATATTGACAGACAAAGGGTCGGAATCTATTATAGCCGCCACCTACGGGGATATAGCTCAGTTGGGAGAGCGCTTGAATGGCATTCAAGAGGTCGTCGGTTCGATCCCGATTATCTCCACCAAATTCCAAAATCCTATCAATAAAAATTGATAGGATTTTTTTCGTTTTAACCGAAAGCTGATTAGACAAGCATGTAAATTCAAt < 1:865656/251‑1 (MQ=255) aaCGCTTAATATTTAATCTGATAACATTGAATTGAAAATTTAATATTGACAGACAAAGGGTCGGAATCTATTATAGCCGCCACCTACGGGGATATAGCTCAGTTGGGAGAGCGCTTGAATGGCATTCAAGAGGTCGTCGGTTCGATCCCGATTATCTCCACCAAATTCCAAAATCCTATCAATAAAAATTGATAGGATTTTTTTCGTTTTAACCGAAAGCTGATTAGACAAGCATGTAAATTCAATAAAAt < 1:187009/251‑1 (MQ=255) aaCGCTTAATATTTAATCTGATAACATTGAATTGAAAATTTAATATTGACAGACAAAGGGTCGGAATCTATTATAGCCGCCACCTACGGGGATATAGCTCAGTTGGGAGAGCGCTTGAATGGCATTCAAGAGGTCGTCGGTTCGATCCCGATTATCTCCACCAAATTCCAAAATCCTATCAATAAAAATTGATAGGATTTTTTTCGTTTTAACCGAAAGCTGATTAGACAAGCATGTAAATTCAATAAAAt < 1:434038/251‑1 (MQ=255) 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1:795419/1‑189 (MQ=255) gATAACATTGAATTGAAAATTTAATATTGACAGACAAAGGGTCGGAATCTATTATAGCCGCCACCTACGGGGATATAGCTCAGTTGGGAGAGCGCTTGAATGGCATTCAAGAGGTCGTCGGTTCGATCCCGATTATCTCCACCAAATTCCAAAATCCTATCAATAAAAATTGATAGGATTTTTTTCGTTTTAACCGAAAGc < 1:845824/201‑1 (MQ=255) aCATTGAATTGAAAATTTAATATTGACAGACAAAGGGTCGGAATCTATTATAGCCGCCACCTACGGGGATATAGCTCAGTTGGGAGAGCGCTTGAATGGCATTCAAGAGGTCGTCGGTTCGATCCCGATTATCTCCACCAAATTCCAAAATCCTATCAATAAAAATTGATAGGATTTTTTTCGTTTTAACCGAAAGCTGATTAGACAAGCATGTAAATTCAATAAAATAGATTGTTTTCATTTCCCGGgtg < 1:657262/251‑1 (MQ=255) aCATTGAATTGAAAATTTAATATTGACAGACAAAGGGTCGGAATCTATTATAGCCGCCACCTACGGGGATATAGCTCAGTTGGGAGAGCGCTTGAATGGCATTCAAGAGGTCGTCGGTTCGATCCCGATTATCTCCACCAAATTCCAAAATCCTATCAATAAAAATTGATAGGATTTTTTTCGTTTTAACCGAAAGCTGATTAGACAAGCATGTAAATTCAATAAAATAGATTGTTTTCATTTCCCGGgtg < 1:876865/251‑1 (MQ=255) ttgaaAATTTAATATTGACAGACAAAGGGTCGGAATCTATTATAGCCGCCACCTACGGGGATATAGCTCAGTTGGGAGAGCGCTTGAATGGCATTCAAGAGGTCGTCGGTTCGATCCCGATTATCTCCACCAAATTCCAAAATCCTATCAATAAAAATTGATAGGATTTTTTTCGTTTTAACCGAAAGCTGATTAGACAAGCATGTAAATTCAATAAAATAGATTGTTTTCATTTCCCGGGTGTGTTCTaa < 1:609536/251‑1 (MQ=255) aaaaTTTAATATTGACAGACAAAGGGTCGGAATCTATTATAGCCGCCACCTACGGGGATATAGCTCAGTTGGGAGAGCGCTTGAATGGCATTCAAGAGGTCGTCGGTTCGATCCCGATTATCTCCACCAAATTCCAAAATCCTATCAATAAAAATTGATAGGATTTTTTTCGTTTTAACCGAAAGCTGATTAGACAAGCATGTAAATTCAATAAAATAGATTGTTTTCATTTCCCGGGTGTGTTCTAATg < 1:566276/250‑1 (MQ=255) aaaaTTTAATATTGACAGACAAAGGGTCGGAATCTATTATAGCCGCCACCTACGGGGATATAGCTCAGTTGGGAGAGCGCTTGAATGGCATTCAAGAGGTCGTCGGTTCGATCCCGATTATCTCCACCAAATTCCAAAATCCTATCAATAAAAATTGATAGGATTTTTTTCGTTTTAACCGAAAGCTGATTAGACAAGCATGTAAATTCAATAAAATAGATTGTTTTCATTTCCCGGGTGTGTTCTAATg < 1:478340/250‑1 (MQ=255) aaaaTTTAATATTGACAGACAAAGGGTCGGAATCTATTATAGCCGCCACCTACGGGGATATAGCTCAGTTGGGAGAGCGCTTGAATGGCATTCAAGAGGTCGTCGGTTCGATCCCGATTATCTCCACCAAATTCCAAAATCCTATCAATAAAAATTGATAGGATTTTTTTCGTTTTAACCGAAAGCTGATTAGACAAGCATGTAAATTCAATAAAATAGATTGTTTTCATTTCCCGGGTGTGTTCTAATg < 1:575607/250‑1 (MQ=255) aaaaTTTAATATTGACAGACAAAGGGTCGGAATCTATTATAGCCGCCACCTACGGGGATATAGCTCAGTTGGGAGAGCGCTTGAATGGCATTCAAGAGGTCGTCGGTTCGATCCCGATTATCTCCACCAAATTCCAAAATCCTATCAATAAAAATTGATAGGATTTTTTTCGTTTTAACCGAAAGCTGATTAGACAAGCATGTAAATTCAATAAAATAGATTGTTTTCATTTCCCGGGTGTGTTCTAATg < 1:893037/250‑1 (MQ=255) aTTTAATATTGACAGACAAAGGGTCGGAATCTATTATAGCCGCCACCTACGGGGATATAGCTCAGTTGGGAGAGCGCTTGAATGGCATTCAAGAGGTCGTCGGTTCGATCCCGATTATCTCCACCAAATTCCAAAATCCTATCAATAAAAATTGATAGGATTTTTTTCGTTTTAACCGAAAGCTGAt < 1:571384/187‑1 (MQ=255) aTTTAATATTGACAGACAAAGGGTCGGAATCTATTATAGCCGCCACCTACGGGGATATAGCTCAGTTGGGAGAGCGCTTGAATGGCATTCAAGAGGTCGTCGGTTCGATCCCGATTATCTCCACCAAATTCCAAAATCCTATCAATAAAAATTGATAGGATTTTTTTCGTTTTAACCGAAAGCTGATTAGACAAGCATGTAAATTCAATAAAATAGATTGTTTTCATTTCCCGGGTGTGTTCTAATgcg > 1:31418/1‑249 (MQ=255) gacaAAGGGTCGGAATCTATTATAGCCGCCACCTACGGGGATATAGCTCAGTTGGGAGAGCGCTTGAATGGCATTCAAGAGGTCGTCGGTTCGATCCCGATTATCTCCACCAAATTCCAAAATCCTATCAATAAAAATTGATAGGATTTTTTTCGTTTTAACCGAAAGCTGATTAGACAAGCATGTAAATTCAATAAAATAGATTGTTTTCATTTCCCGGGTGTGTTCTAATGCGCTCCACGCTAGACAAt > 1:782025/1‑251 (MQ=255) acaAAGGGTCGGAATCTATTATAGCCGCCACCTACGGGGATATAGCTCAGTTGGGAGAGCGCTTGAATGGCATTCAAGAGGTCGTCGGTTCGATCCCGATTATCTCCACCAAATTCCAAAATCCTATCAATAAAAATTGATAGGATTTTTTTCGTTTTAACCGAAAGCTGATTAGACAAGCATGTAAATTCAATAAAATAGATTGTTTTCATTTCCCGGGTGTGTTCTAATGCGCTCCACGCTAGAc < 1:203347/247‑1 (MQ=255) aaaGGGTCGGAATCTATTATAGCCGCCACCTACGGGGATATAGCTCAGTTGGGAGAGCGCTTGAATGGCATTCAAGAGGTCGTCGGTTCGATCCCGATTATCTCCACCAAATTCCAAAATCCTATCAATAAAAATTGATAGGATTTTTTTCGTTTTAACCGAAAGCTGATTAGACAAGCATGTAAATTCAATAAAATAGATTGTTTTCATTTCCCGGGTGTGTTCTAATGCGCTCCACGCTAGACAATCAc < 1:675165/251‑1 (MQ=255) | CTCATGAAGCCATTGAACAAACCGCCGCCGAATTAGAGGTCGGCATGGGCAAAGTGGGGATGCCTTTGCGTGTTGCCGTTACCGGTGCGGGACAATCGCCGTCAATGGATGTCACCCTGGTCGGCATCGGACGCGAACGCGTATTAAACCGCATTCAACGTGCCATTGATTTTATTAAAGCGCAAAACGCTTAATATTTAATCTGATAACATTGAATTGAAAATTTAATATTGACAGACAAAGGGGCGGAATCTATTATAGCCGCCACCTACGGGGATATAGCTCAGTTGGGAGAGCGCTTGAATGGCATTCAAGAGGTCGTCGGTTCGATCCCGATTATCTCCACCAAATTCCAAAATCCTATCAATAAAAATTGATAGGATTTTTTTCGTTTTAACCGAAAGCTGATTAGACAAGCATGTAAATTCAATAAAATAGATTGTTTTCATTTCCCGGGTGTGTTCTAATGCGCTCCACGCTAGACAATCAC > 1/99029‑99518 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |