| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,333,627 | 0 | C | A | 60.0% | 32.4 / 54.0 | 50 | S22Y (TCT→TAT) | unknown | Chromosome partitioning ATPase in PFGI‑1‑like cluster, ParA‑like |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (10/10); new base A (13/17); total (23/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AGTTACCCTCCAAAGAAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTCTGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATCGGTGCATTTTGTGCAGACCATGGTTTAAGAACCTTACTGATTGATACAGATACACATTGATGACCATTATTAGATAAGCC > 1/1333386‑1333735 | aGTTACCCTCCAAAGAAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAg > 1:884226/1‑251 (MQ=255) aaaGAAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAGCACTAAtg > 1:161538/1‑248 (MQ=255) aaaaaTGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTACCAAAGGTGGTTCTGCTAAAAGTACGAAtgcag > 1:615392/1‑248 (MQ=21) cacaCGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTACCAAAGGTGGTTCTGCTAAAAGTACGAATGCAGCAAatatg < 1:795556/251‑2 (MQ=21) cacGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTACCAAAGGTGGTTCTGCTAAAAGTACGAATGCAGCAAatatggg < 1:401209/251‑4 (MQ=21) cGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGA‑CAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTACCAAAGGTGGTTCTGCTAAAAGTACGAATGCAGCAAATATGGGTg > 1:490331/1‑250 (MQ=16) cGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATCGGTGCAt < 1:481153/251‑1 (MQ=255) gTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATCGGTGCAttt < 1:588786/250‑1 (MQ=255) 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gACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTACCAAAGGTGGTTCTGCTAAAAGTACGAATGCAGCAAATATGGGTGCATTCTGTGCAGATCATGGCTTAAGAAc > 1:787174/1‑249 (MQ=255) aCTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATCGGTGCATTTTGTGCAGACCATGGTTTAAGAACCTTAc < 1:769802/250‑1 (MQ=255) cTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTACCAAAGGTGGTTc > 1:246303/1‑187 (MQ=21) 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cTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATCGGTGCATTTTGTGCAGACCATGGTTTAAGAACCTTa > 1:201676/1‑248 (MQ=255) ttttAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAGCCTTACATTGTTACGATTGCCTGTTCCAAAGGTGGTTCTGCTAAAAGTACGAATGCAGCAAATATGGGTGCATTCTGTGCAGATCATGGCTTAAGAACCTTAc < 1:502219/251‑1 (MQ=255) ccGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATCGGTGCATTTTGTGCAGACCATGGTTTAAGAACCTTACTGATTgatac < 1:137453/251‑1 (MQ=255) 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gTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATCGGTGCATTTTGTGCAGACCATGGTTTAAGAACCTTACTGATTGATACAGATacac < 1:62672/191‑1 (MQ=255) gTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTACCAAAGGTGGTTCTGCTAAAAGTACGAATGCAGCAAata > 1:110521/1‑134 (MQ=255) cGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTACCAAAGGTGGTTCTGCTAAAAGTACGAATGCAGCAAata > 1:512658/1‑132 (MQ=255) ccTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATCGGTGCATTTTGTGCAGACCATGGTTTAAGAACCTTACTGATTgatacagatac > 1:339521/1‑180 (MQ=255) ccTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATCGGTGCATTTTGTGCAGACCATGGTTTAAGAACCTTACTGATTGATACAGATAcacaaccgacac < 1:612814/191‑9 (MQ=255) 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cATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATc > 1:18882/1‑61 (MQ=255) tACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATCGGTGc < 1:167347/48‑1 (MQ=255) ggtggtTATGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATCGGTGCATTTTGTGCAGACCATGGTTTAAGAACCTTACTGATTgatacag < 1:885046/85‑1 (MQ=255) | AGTTACCCTCCAAAGAAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTCTGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATCGGTGCATTTTGTGCAGACCATGGTTTAAGAACCTTACTGATTGATACAGATACACATTGATGACCATTATTAGATAAGCC > 1/1333386‑1333735 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |