| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,333,569 | 0 | A | G | 47.1% | 17.4 / 86.9 | 87 | I3V (ATT→GTT) | unknown | Chromosome partitioning ATPase in PFGI‑1‑like cluster, ParA‑like |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/25); new base G (23/18); total (44/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AGGCGTGCCAGTTCAAGTCTGGCCTCGGGCACCATTTAATAATACCTTTCTTATTAAATAGTTACCCTCCAAAGAAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTCTGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATCGGTGCATTTTGTGCAGACCATGGTTTAAGAACCTTACTGATTGATACAGATACACATTGATGACCATTATTAGATAAGCC > 1/1333327‑1333735 | aGGCGTGCCAGTTCAAGTCTGGCCTCGGGCACCATTTAATAATACCTTTCTTATTAAATAGTTACCCTCCAA‑‑AAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACca > 1:312593/1‑251 (MQ=25) gTTCAAGTCTGGCCTCGGGCACCATTTAATAATACCTTTCTTATTAAATAGTTACCCTCCAA‑‑AAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATaaa > 1:692808/1‑251 (MQ=25) ttCAAGTCTGGCCTCGGGCACCATTTAATAATACCTTTCTTATTAAATAGTTACCCTCCAAAGAAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTaaaa < 1:835417/250‑1 (MQ=255) ttCAAGTCTGGCCTCGGGCACCATTTAATAATACCTTTCTTATTAAATAGTTACCCTCCAAAGAAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTaa < 1:64810/248‑1 (MQ=255) ttCAAGTCTGGCCTCGGGCACCATTTAATAATACCTTTCTTATTAAATAGTTACCCTCCAA‑‑AAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATaaaa < 1:177587/251‑1 (MQ=25) cAAGTCTGGCCTCGGGCACCATTTAATAATACCTTTCTTATTAAATAGTTACCCTCCAAAGAAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAAc < 1:45451/251‑1 (MQ=255) aGTCTGGCCTCGGGCACCATTTAATAATACCTTTCTTATTAAATAGTTACCCTCCAA‑‑AAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAAc > 1:751298/1‑250 (MQ=25) ggCCTCGGGCACCATTTAATAATACCTTTCTTATTAAATAGTTACCCTCCAA‑‑AAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAAc < 1:17080/245‑1 (MQ=25) ggCACCATTTAATAATACCTTTCTTATTAAATAGTTACCCTCCAAAGAAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTAc < 1:584772/250‑1 (MQ=255) ccATTTAATAATACCTTTCTTATTAAATAGTTACCCTCCAA‑‑AAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTAcgatt > 1:855697/1‑247 (MQ=25) aTTTAATAATACCTTTCTTATTAAATAGTTACCCTCCAAAGAAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTAc > 1:321915/1‑244 (MQ=255) aTTTAATAATACCTTTCTTATTAAATAGTTACCCTCCAAAGAAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGc > 1:250192/1‑250 (MQ=255) taataaTACCTTTCTTATTAAATAGTTACCCTCCAAAGAAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGc > 1:421518/1‑247 (MQ=255) taataaTACCTTTCTTATTAAATAGTTACCCTCCAA‑‑AAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTAcgattgc > 1:857229/1‑242 (MQ=21) taataaTACCTTTCTTATTAAATAGTTACCCTCCAA‑‑AAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTAcgat < 1:541313/245‑4 (MQ=21) ataataCCTTTCTTATTAAATAGTTACCCTCCAAAGAAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTAc < 1:690912/251‑1 (MQ=255) ccTTTCTTATTAAATAGTTACCCTCCAAAGAAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAgg < 1:647876/251‑1 (MQ=255) cTTTCTTATTAAATAGTTACCCTCCAA‑‑AAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTACCAAAgg < 1:748001/251‑1 (MQ=21) cTTTCTTATTAAATAGTTACCCTCCAA‑‑AAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTACCAAAgg < 1:567452/251‑1 (MQ=21) ttattaAATAGTTACCCTCCAAAGAAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGtta < 1:897382/251‑2 (MQ=255) tattaAATAGTTACCCTCCAA‑‑AAAAATGCACACTGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTACCAAAGGTGGtt > 1:901965/1‑250 (MQ=21) attaAATAGTTACCCTCCAAAGAAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAAcc > 1:314197/1‑197 (MQ=255) attaAATAGTTACCCTCCAAAGAAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACatt < 1:705864/220‑1 (MQ=255) attaAATAGTTACCCTCCAAAGAAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAgg < 1:706658/243‑1 (MQ=255) attaAATAGTTACCCTCCAAAGAAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGttatg > 1:541445/1‑248 (MQ=255) attaAATAGTTACCCTCCAAAGAAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGttatg > 1:406744/1‑248 (MQ=255) attaAATAGTTACCCTCCAAAGAAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTAGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGttatg > 1:549530/1‑248 (MQ=255) attaAATAGTTACCCTCCAA‑‑AAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTACCaa > 1:772073/1‑241 (MQ=21) aTAGTTACCCTCCAA‑‑AAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACat < 1:736363/215‑1 (MQ=21) aGTTACCCTCCAAAGAAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAg > 1:884226/1‑251 (MQ=255) ccAAAGAAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAAc > 1:563138/1‑196 (MQ=255) ccAAAGAAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTCAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACcac > 1:585791/1‑183 (MQ=255) aaaGAAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAGCACTAAtg > 1:161538/1‑248 (MQ=255) aaaaaTGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTACCAAAGGTGGTTCTGCTAAAAGTACGAAtgcag > 1:615392/1‑248 (MQ=21) cacaCGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTACCAAAGGTGGTTCTGCTAAAAGTACGAATGCAGCAAatatg < 1:795556/251‑2 (MQ=21) cacGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTACCAAAGGTGGTTCTGCTAAAAGTACGAATGCAGCAAatatggg < 1:401209/251‑4 (MQ=21) cGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGA‑CAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTACCAAAGGTGGTTCTGCTAAAAGTACGAATGCAGCAAATATGGGTg > 1:490331/1‑250 (MQ=16) cGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATCGGTGCAt < 1:481153/251‑1 (MQ=255) gTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAAcc < 1:671729/164‑1 (MQ=17) gTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATCGGTGCAttt < 1:588786/250‑1 (MQ=255) cGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACAttgtta > 1:557062/1‑189 (MQ=18) cGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATCGGTGCATTTtgt > 1:739791/1‑251 (MQ=255) cGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATCGGTGCATTTtgt > 1:458430/1‑251 (MQ=255) ttAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATCGGTGCATTTTGTGc < 1:195333/251‑1 (MQ=255) aGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTACCAAAGGTGGTTCTGCTAAAAGTACGAATGCAGCAAata < 1:329143/236‑1 (MQ=19) cTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTACCAAAGGTGGTTCTGCTAAAAGTACGAATGCAGCAAATATGGGTGCATTCTGTGc < 1:670839/250‑1 (MQ=19) cAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATTCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAgg < 1:429456/197‑1 (MQ=255) gTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATaaaa > 1:610837/1‑164 (MQ=18) gTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTACCAAAGGTGGTTCTGCTAAAAGTACGAATGCAGCAAATATGGGTGCATTCTGTGCAGat > 1:277665/1‑249 (MQ=19) gTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTaa < 1:241170/159‑1 (MQ=255) gTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCa < 1:688042/206‑1 (MQ=255) tCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTACCAAAGGTGGTTCTGCTAAAAGTACGAATGCAGCAAATATGGGTGCATTCTGTGCAGatc < 1:488634/250‑3 (MQ=19) tCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGGTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTACCAAAGGTGGTTCTGCTAAAAGTACGAATGCAGCAAATATGGGTGCATTCTGTGCAGatc < 1:756047/250‑3 (MQ=19) cGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATaa > 1:578181/1‑160 (MQ=18) cGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTAc > 1:791191/1‑190 (MQ=18) gTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTACCAAAGGTGGTTCTGCTAAAAGTACGAATGCAGCAAATATGGGTGCAttc < 1:692622/237‑2 (MQ=19) tAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATCGGTGCATTTTGTGCAGACCATGGttt < 1:241585/250‑1 (MQ=255) cGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTACCAAAGGTGGTTCTGCTAAAAGTACGAATGCAGCAAATATGGGTGCATTCTGTGCAGATCATGGCTTAAGaa < 1:573316/250‑1 (MQ=255) gACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTACCAAAGGTGGTTCTGCTAAAAGTACGAATGCAGCAAATATGGGTGCATTCTGTGCAGATCATGGCTTAAGAAc > 1:787174/1‑249 (MQ=255) aCTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATCGGTGCATTTTGTGCAGACCATGGTTTAAGAACCTTAc < 1:769802/250‑1 (MQ=255) cTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTACCAAAGGTGGTTc > 1:246303/1‑187 (MQ=21) cTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTACCAAAGGTGGTTCTGCTAAAAGTACGAATGCAGCAAATATGGGTGCATTCTGTGCAGATCATGGCTTAAGAACCTTa > 1:339427/1‑251 (MQ=255) cTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTAc < 1:766391/160‑1 (MQ=255) cTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATCGGTGCATTTTGTGc < 1:2272/226‑1 (MQ=255) cTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATCGGTGCATTTTGTGCAGACCATGGTTTAAGAACCTTa > 1:294972/1‑248 (MQ=255) cTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATCGGTGCATTTTGTGCAGACCATGGTTTAAGAACCTTa > 1:201676/1‑248 (MQ=255) ttttAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAGCCTTACATTGTTACGATTGCCTGTTCCAAAGGTGGTTCTGCTAAAAGTACGAATGCAGCAAATATGGGTGCATTCTGTGCAGATCATGGCTTAAGAACCTTAc < 1:502219/251‑1 (MQ=255) ccGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATCGGTGCATTTTGTGCAGACCATGGTTTAAGAACCTTACTGATTgatac < 1:137453/251‑1 (MQ=255) ggTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTACCAAAGGTGGTTCTGCTAAAAg < 1:543965/183‑1 (MQ=255) gTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATCGGTGCATTTTGTGCAGACCATGGTTTAAGAACCTTACTGATTgatacagata > 1:419964/1‑250 (MQ=255) cGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAAGCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATCGGTGCATTTTGTGCAGACCATGGTTTAAGAACCTTACTGATTGATACAGATacac < 1:439333/251‑1 (MQ=255) cTTCACGACCCACCAAGAAAAGTTAAAGTTCATAGACCAATTACCCAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTACCAAAGGTGGTTCTGCTAAAAGTACGAATGCAGCAAATATGGGTGCATTCTGTGCAGATCATGGCTTAAGAACCTTACTTATTgatacggatacgcaaccaacacta > 1:34945/1‑238 (MQ=255) acca‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATCGGTGCATTTTGTGCAGACCATGGTTTAAGAACCTTACTGATTGATACAGATAcacaaccgacactaagctcttactatag < 1:77484/251‑25 (MQ=255) acccAGAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTACCAAAGGTGGTTCTGCTAAAAGTACGAATGCAGCAAATATGGGTGCATTCTGTGCAGATCATGGCTTCAGAACCTTACTTATTgatacggatacgc > 1:437755/2‑196 (MQ=255) aGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTACCAAAGGTGGTTCTGCTAAAAGTACGAATGCAGCAAATATGGGTGCAt > 1:255755/1‑144 (MQ=255) gTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATCGGTGCATTTTGTGCAGACCATGGTTTAAGAACCTTACTGATTGATACAGATacac < 1:62672/191‑1 (MQ=255) gTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTACCAAAgg > 1:506715/1‑102 (MQ=255) gTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTACCAAAGGTGGTTCTGCTAAAAGTACGAATGCAGCAAata > 1:110521/1‑134 (MQ=255) cGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTACGATTGCCTGTACCAAAGGTGGTTCTGCTAAAAGTACGAATGCAGCAAata > 1:512658/1‑132 (MQ=255) aTACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGCGAGTAAAATATGAGCGTTAACCACACTTATAAAAAACCTTACATTGTTAcgat < 1:616277/83‑4 (MQ=255) ccTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCacac > 1:330572/1‑51 (MQ=255) ccTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATCGGTGCATTTTGTGCAGACCATGGTTTAAGAACCTTACTGATTgatacagatac > 1:339521/1‑180 (MQ=255) ccTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATCGGTGCATTTTGTGCAGACCATGGTTTAAGAACCTTACTGATTGATACAGATAcacaaccgacac < 1:612814/191‑9 (MQ=255) aCGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATCGGTGCATTTTGTGCAGACCATGGTTTAGGAACCTTACTGATTGATACAGATAcacaaccgacactaagct < 1:226779/192‑15 (MQ=255) cttctGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAGCACTaa > 1:639633/1‑101 (MQ=255) cttctGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAatat > 1:252909/1‑113 (MQ=255) gTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTATGCCAAAAGCACt > 1:605543/1‑85 (MQ=255) | AGGCGTGCCAGTTCAAGTCTGGCCTCGGGCACCATTTAATAATACCTTTCTTATTAAATAGTTACCCTCCAAAGAAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTCTGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATCGGTGCATTTTGTGCAGACCATGGTTTAAGAACCTTACTGATTGATACAGATACACATTGATGACCATTATTAGATAAGCC > 1/1333327‑1333735 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |