| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,333,500 | 0 | C | T | 47.1% | 28.5 / 96.3 | 102 | intergenic (+12/‑63) | unknown/unknown | tRNA‑Lys‑TTT/Chromosome partitioning ATPase in PFGI‑1‑like cluster, ParA‑like |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/30); new base T (24/24); total (48/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.99e-03 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GGTGGAATCGGTAGACACAAGGGATTTAAAATCCCTCGCCTTTCGAGGCGTGCCAGTTCAAGTCTGGCCTCGGGCACCATTTAATAATACCTTTCTTATTAAATAGTTACCCTCCAAAGAAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCTTAACGTTAATCTTCTGTTAAGTGAGTAAAATATGTGCATTAACCACACTTCTAAAAAACCTTACATTATTACAATCGCCTGTACCAAAGGTGGTTCTGCCAAAAGCACTAATGCTGCTAATATCGGTGCATTTTGTGCAGACCATGGTTTAAGAACCTTACTGATTGATACAGATACACATTGATGACCATTATTAGATAAGCC > 1/1333282‑1333735 | ttcactaatcgtgtgcacaAGGGATTTAAAATCCCTCGCCTTTCGAGGCGTGCCAGTTCAAGTCTGGCCTCGGGCACCATTTAATAATACCTTTCTTATTAAATAGTTACCCTCCAAAGAAAAATGCACACGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA‑‑AAAAGTTAAAGCTC‑CGGACCGGTTGCCCAAAGTCGATACTCCtt < 1:879011/236‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |