| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 693,778 | 0 | T | . | 73.3% | 21.2 / 11.4 | 15 | coding (25/921 nt) | unknown | Glycosyl transferase, family 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/1); new base . (6/5); total (9/6) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TATTATCTCCATCCACCAGAATATAAATGTCTGCATCAATATCTGCAAACATTCTGCGAACGACGGCACCTTTTCCTTGTTTAGGTTCATTGCGTACAATACAATCTAGTTTACTTGCAATTTCAAAAGTTTTATCTGTCGAATTATTATCATAAACGTAGATTTTTGCCAAAGGCAAAGCGGATCTAAATGAGAGAACAGTATCGGATATACTATGTTCTTCATTATAACAAGGAATTAATATTGCAATTGATTGATTGATTGATTGATTCATTCATAATTTACTTAATTAAAAAATCCATATTTATATTCTGTGATCATGTTTCCATCTGTAATTATTTCTAATGGGCGTCCTAAATTTTGGAAATTTATCTCTTCATAACGAATTAGAGGTTTTATAAAAATAGTATTAACGCCTTTCTCTAACTCTTCTTGTGAAT > 1/693529‑693968 | tattatCTCCATCCACCAGAATATAAATGTCTGCATCAATATCTGCAAACATTCTGCGAACGACGGCACCTTTTCCTTGTTTAGGTTCATTGCGTACAATACAATCTAGTTTACTTGCAATTTCAAAAGTTTTATCTGTCGAATTATTATCATAAACGTAGATTTTTGCCAAAGGCAAAGCGGATCTAAATGAGAGAACAGTATCGGATATACTATGTTCTTCATTATAACAAGGAATTAATATTGCAat < 1:725017/250‑1 (MQ=255) tGTCTGCATCAATATCTGCAAACATTCTGCGAACGACGGCACCTTTTCCTTGTTTAGGTTCATTGCGTACAATACAATCTAGTTTACTTGCAATTTCAAAAGTTTTATCTGTCGAATTATTATCATAAACGTAGATTTTTGCCAAAGGCAAAGCGGATCTAAATGAGAGAACAGTATCGGATATACTATGTTCTTCATTATAACAAGGAATTAATATTGCAATTGATTGATTGATTGATtcattcataatt > 1:294694/1‑247 (MQ=255) gCATCAATATCTGCAAACATTCTGCGAACGACGGCACCTTTTCCTTGTTTAGGTTCATTGCGTACAATACAATCTAGTTTACTTGCAATTTCAAAAGTTTTATCTGTCGAATTATTATCATAAACGTAGATTTTTGCCAAAGGCAAAGCGGATCTAAATGAGAGAACAGTATCGGATATACTATGTTCTTCATTATAACAAGGAATTAATATTGCAattgat > 1:515784/1‑222 (MQ=255) cATCAATATCTGCAAACATTCTGCGAACGACGGCACCTTTTCCTTGTTTAGGTTCATTGCGTACAATACAATCTAGTTTACTTGCAATTTCAAAAGTTTTATCTGTCGAATTATTATCATAAACGTAGATTTTTGCCAAAGGCAAAGCGGATCTAAATGAGAGAACAGTATCGGATATACTATGTTCTTCATTATAACAAGGAATTAATATTGCAATTGATTGATTGATTGattcattc > 1:472238/1‑239 (MQ=255) aTTCTGCGAACGACGGCACCTTTTCCTTGTTTAGGTTCATTGCGTACAATACAATCTAGTTTACTTGCAATTTCAAAAGTTTTATCTGTCGAATTATTATCATAAACGTAGATTTTTGCCAAAGGCAAAGCGGATCTAAATGAGAGAACAGTATCGGATATACTATGTTCTTCATTATAACAAGGAATTAATATTGCA‑‑‑‑ATTGATTGATTGATTGATTCATTCATAATTTACTTAATTAAAAAATCCATAtt < 1:473543/251‑1 (MQ=255) ttCTGCGAACGACGGCACCTTTTCCTTGTTTAGGTTCATTGCGTACAATACAATCTAGTTTACTTGCAATTTCAAAAGTTTTATCTGTCGAATTATTATCATAAACGTAGATTTTTGCCAAAGGCAAAGCGGATCTAAATGAGAGAACAGTATCGGATATACTATGTTCTTCATTATAACAAGGAATTAATATTGCAattgattgattgattgat > 1:324060/1‑215 (MQ=255) cGAACGACGGCACCTTTTCCTTGTTTAGGTTCATTGCGTACAATACAATCTAGTTTACTTGCAATTTCAAAAGTTTTATCTGTCGAATTATTATCATAAACGTAGATTTTTGCCAAAGGCAAAGCGGATCTAAATGAGAGAACAGTATCGGATATACTATGTTCTTCATTATAACAAGGAATTAATATTGCA‑‑‑‑ATTGATTGATTGATTGATTCATTCATAATTTACTTAATTAAAAAATCCATATTTatat < 1:154853/250‑1 (MQ=255) cGAACGACGGCACCTTTTCCTTGTTTAGGTTCATTGCGTACAATACAATCTAGTTTACTTGCAATTTCAAAAGTTTTATCTGTCGAATTATTATCATAAACGTAGATTTTTGCCAAAGGCAAAGCGGATCTAAATGAGAGAACAGTATCGGATATACTATGTTCTTCATTATAACAAGGAATTAATATTGCA‑‑‑‑ATTGATTGATTGATTGATTCATTCATAATTTACTTAATTAAAAAATCCATATTTatat < 1:666454/250‑1 (MQ=255) gCGTACAATACAATCTAGTTTACTTGCAATTTCAAAAGTTTTATCTGTCGAATTATTATCATAAACGTAGATTTTTGCCAAAGGCAAAGCGGATCTAAATGAGAGAACAGTATCGGATATACTATGTTCTTCATTATAACAAGGAATTAATATTGCA‑‑‑‑ATTGATTGATTGATTGATTCATTCATAATTTACTTAATTAAAAAATCCATATTTATATTCTGTGATCATGTTTCCATCTGTAATTATTTCTAAt > 1:182360/1‑251 (MQ=255) atCTAGTTTACTTGCAATTTCAAAAGTTTTATCTGTCGAATTATTATCATAAACGTAGATTTTTGCCAAAGGCAAAGCGGATCTAAATGAGAGAACAGTATCGGATATACTATGTTCTTCATTATAACAAGGAATTAATATTGCAATTGATTGATTGATTGATtcattcataat > 1:416170/1‑171 (MQ=255) tttCAAAAGTTTTATCTGTCGAATTATTATCATAAACGTAGATTTTTGCCAAAGGCAAAGCGGATCTAAATGAGAGAACAGTATCGGATATACTATGTTCTTCATTATAACAAGGAATTAATATTGCA‑‑‑‑ATTGATTGATTGATTGATTCATTCATAATTTACTTAATTAAAAAATCCATATTTatat > 1:190195/1‑186 (MQ=255) ttatCATAAACGTAGATTTTTGCCAAAGGCAAAGCGGATCTAAATGAGAGAACAGTATCGGATATACTATGTTCTTCATTATAACAAGGAATTAATATTGCA‑‑‑‑ATTGATTGATTGATTGATTCATTCATAATTTACTTAATTAAAAAATCCATATTTATATTCTGTGATCATGTTTCCATCTGTAATTATTTCTAATGGGCGTCCTAAATTTTGGAAATTTATCTCTTCATAACGAATTAGAGGTTTTATaa < 1:859374/251‑1 (MQ=255) gATTTTTGCCAAAGGCAAAGCGGATCTAAATGAGAGAACAGTATCGGATATACTATGTTCTTCATTATAACAAGGAATTAATATTGCAATTGATTGATTGATTGATtcattcataat < 1:889811/117‑4 (MQ=255) cTAAATGAGAGAACAGTATCGGATATACTATGTTCTTCATTATAACAAGGAATTAATATTGCA‑‑‑‑ATTGATTGATTGATTGATTCATTCATAATTTACTTAATTAAAAAATCCATATTTATATTCTGTGATCATGTTTCCATCTGTAATTATTTCTAATGGGCGTCCTAAATTTTGGAAATTTATCTCTTCATAACGAATTAGAGGTTTTATAAAAATAGTATTAACGCCTTTCTCTAACTCTTCTTGTGAAt > 1:499549/1‑251 (MQ=255) agagaACAGTATCGGATATACTATGTTCTTCATTATAACAAGGAATTAATATTGCA‑‑‑‑ATTGATTGATTGATTGATTCATTCATAATTTACTTAATTAAAAAATCCATATTTatat > 1:248383/1‑114 (MQ=255) gTATCGGATATACTATGTTCTTCATTATAACAAGGAATTAATATTGCA‑‑‑‑ATTGATTGATTGATTGATTCATTCATAATTTACTTAATTAAAAAATCCATATTTATATTCTGTGATCATg < 1:690948/118‑1 (MQ=255) aCTATGTTCTTCATTATAACAAGGAATTAATATTGCA‑‑‑‑ATTGATTGATTGATTGATTCATTCATAATTTACTTAATTAAAAAATCCATATTTATATTCTGTGATCATGttt > 1:365006/1‑110 (MQ=255) ggAATTAATATTGCA‑‑‑‑ATTGATTGATTGATTGATTCATTCATAATTTACTTAATTAAAAAATCCATATTTATATTCTGTGATCATGTTTCCATCTg > 1:395114/1‑95 (MQ=255) | TATTATCTCCATCCACCAGAATATAAATGTCTGCATCAATATCTGCAAACATTCTGCGAACGACGGCACCTTTTCCTTGTTTAGGTTCATTGCGTACAATACAATCTAGTTTACTTGCAATTTCAAAAGTTTTATCTGTCGAATTATTATCATAAACGTAGATTTTTGCCAAAGGCAAAGCGGATCTAAATGAGAGAACAGTATCGGATATACTATGTTCTTCATTATAACAAGGAATTAATATTGCAATTGATTGATTGATTGATTGATTCATTCATAATTTACTTAATTAAAAAATCCATATTTATATTCTGTGATCATGTTTCCATCTGTAATTATTTCTAATGGGCGTCCTAAATTTTGGAAATTTATCTCTTCATAACGAATTAGAGGTTTTATAAAAATAGTATTAACGCCTTTCTCTAACTCTTCTTGTGAAT > 1/693529‑693968 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |