| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | 1 | = 1310348 | 92 (1.090) | 25 (0.450) +TTTGAGTTTTTTCAAGGCTTGTGGTGAAAAGTCGGTTGTTTCAGTCACTTCAATCTGCATTTTTTTCATTTTGGGTATTTTAGGTTTAG |
21/250 | 1.0 | 27.1% | coding (213/645 nt) | unknown | Putative transposase InsK for insertion sequence element IS150 |
| ? | 2 | = 73941 | 139 (1.280) | intergenic (+222/‑51) | unknown/unknown | Lipopolysaccharide biosynthesis glycosyltransferase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
CACCAAAAAGTTGGACTAATCCTCAATCTACTAAGGTTTGAAGGGAAAATGCAAACGGCGAAAATATCGTTCTTATCAAGGCGAAGTCGGTAAGATTGCAGACAATCTGTTACAGCGGGATTTTAGTGCGACGAAACCTAATGAAAAATGGGTCACCGATGTGATTGAATTTAAATGCGATGAAGGCAAGCTCTATTTATCACCAATTAAAGATCTCTTCAATGGCGAAATTATCGCCTATGACTTGTCGCCAAGTCCGAATTTTGAACAGATAACAAGAATGATGGAACAGACGATGTTAAAGTTGGACGGCACTACGCCAATTCTTCATTCAGACCAAGGATGGCAATATCAAATGCAAGGTTATCAGCGTTTATTGAAGGAAAAGGCCATTAGGCAAAGTATGTCGGGAAAAGGTAACTGCCTTGATAATCGTGCAATGGAGCGCTTTTTCGGTCGATTAAAGACCGAATGTTATTATGGCAAGCGGTTTGAAACC > 1/1310099‑1310597 | caccaAAAAGTTGGACTAATCCTCAATCTACTAAGGTTTGAAGGGAAAATGCAAACGGCGAAAATATCGTTCTTATCAAGGCGAAGTCGGTAAGATTGCAGACAATCTGTTACAGCGGGATTTTAGTGCGACGAAACCTAATGAAAAATGGGTCACCGATGTGATTGAATTTAAATGCGATGAAGGCAAGCTCTATTTATCACCAATTAAAGATCTCTTCAATGGCGAAATTATCGCCTATGACTTGTCg > 1:200151/1‑250 (MQ=255) accaAAAAGTTGGACTAATCCTCAATCTACTAAGGTTTGAAGGGAAAATGCAAACGGCGAAAATATCGTTCTTATCAAGGCGAAGTCGGTAAGATTGCAGACAATCTGTTACAGCGGGATTTTAGTGCGACGAAACCTAATGAAAAATGGGTCACCGATGTGATTGAATTTAAATGCGATGAAGGCAAGCTCTATTTATCACCAATTAAAGATCTCTTCAATGGCGAAATTATCGCCTATGACTTGTCGc > 1:335544/1‑250 (MQ=255) ccaAAAAGTTGGACTAATCCTCAATCTACTAAGGTTTGAAGGGAAAATGCAAACGGCGAAAATATCGTTCTTATCAAGGCGAAGTCGGTAAGATTGCAGACAATCTGTTACAGCGGGATTTTAGTGCGACGAAACCTAATGAAAAATGGGTCACCGATGTGATTGAATTTAAATGCGATGAAGGCAAGCTCTATTTATCACCAATTAAAGATCTCTTCAATGGCGAAATTATCGCCTATGACTTGTCGCCa > 1:639025/1‑251 (MQ=255) aaGTTGGACTAATCCTCAATCTACTAAGGTTTGAAGGGAAAATGCAAACGGCGAAAATATCGTTCTTATCAAGGCGAAGTCGGTAAGATTGCAGACAATCTGTTACAGCGGGATTTTAGTGCGACGAAACCTAATGAAAAATGGGTCACCGATGTGATTGAATTTAAATGCGATGAAGGCAAGCTCTATTTATCACCAATTAAAGATCTCTTCAATGGCGAAATTATCGCCTATGACTTGTCGCCAAGTc > 1:796403/1‑250 (MQ=255) aTCCTCAATCTACTAAGGTTTGAAGGGAAAATGCAAACGGCGAAAATATCGTTCTTATCAAGGCGAAGTCGGTAAGATTGCAGACAATCTGTTACAGCGGGATTTTAGTGCGACGAAACCTAATGAAAAATGGGTCACCGATGTGATTGAATTTAAATGCGATGAAGGCAAGCTCTATTTATCACCAATTAAAGATCTCTTCAATGGCGAAATTATCGCCTATGACTTGTCGCCAAGTCCGAATTTTGAAc < 1:723384/251‑1 (MQ=255) ccTCAATCTACTAAGGTTTGAAGGGAAAATGCAAACGGCGAAAATATCGTTCTTATCAAGGCGAAGTCGGTAAGATTGCAGACAATCTGTTACAGCGGGATTTTAGTGCGACGAAACCTAATGAAAAATGGGTCACCGATGTGATTGAATTTAAATGCGATGAAGGCAAGCTCTATTTATCACCAATTAAAGATCTCTTCAATGGCGAAATTATCGCCTATGACTTGTCGCCAAGTCCGAATTTTGAACAg > 1:241203/1‑251 (MQ=255) aTCTACTAAGGTTTGAAGGGAAAATGCAAACGGCGAAAATATCGTTCTTATCAAGGCGAAGTCGGTAAGATTGCAGACAATCTGTTACAGCGGGATTTTAGTGCGACGAAACCTAATGAAAAATGGGTCACCGATGTGATTGAATTTAAATGCGATGAAGGCAAGCTCTATTTATCACCAATTAAAGATCTCTTCAATGGCGAAATTATCGCCTATGACTTGTCGCCAAGTCCGAATTTTGAAc > 1:337883/1‑244 (MQ=255) ctactaAGGTTTGAAGGGAAAATGCAAACGGCGAAAATATCGTTCTTATCAAGGCGAAGTCGGTAAGATTGCAGACAATCTGTTACAGCGGGATTTTAGTGCGACGAAACCTAATGAAAAATGGGTCACCGATGTGATTGAATTTAAATGCGATGAAGGCAAGCTCTATTTATCACCAATTAAAGATCTCTTCAATGGCGAAATTATCGCCTATGACTTGTCGCCAAGTCCGAATTTTGAACAGATAACaa > 1:728723/1‑251 (MQ=255) tactaAGGTTTGAAGGGAAAATGCAAACGGCGAAAATATCGTTCTTATCAAGGCGAAGTCGGTAAGATTGCAGACAATCTGTTACAGCGGGATTTTAGTGCGACGAAACCTAATGAAAAATGGGTCACCGATGTGATTGAATTTAAATGCGATGAAGGCAAGCTCTATTTATCACCAATTAAAGATCTCTTCAATGGCGAAATTATCGCCTATGACTTGTCGCCAAGTCCGAATTTTGAACAGATAACAAg < 1:803627/251‑1 (MQ=255) ctaAGGTTTGAAGGGAAAATGCAAACGGCGAAAATATCGTTCTTATCAAGGCGAAGTCGGTAAGATTGCAGACAATCTGTTACAGCGGGATTTTAGTGCGACGAAACCTAATGAAAAATGGGTCACCGATGTGATTGAATTTAAATGCGATGAAGGCAAGCTCTATTTATCACCAATTAAAGATCTCTTCAATGGCGAAATTATCGCCTATGACTTGTCGCCAAGTCCGAATTTTGAACAGATAACAAGaa < 1:15937/251‑1 (MQ=255) taAGGTTTGAAGGGAAAATGCAAACGGCGAAAATATCGTTCTTATCAAGGCGAAGTCGGTAAGATTGCAGACAATCTGTTACAGCGGGATTTTAGTGCGACGAAACCTAATGAAAAATGGGTCACCGATGTGATTGAATTTAAATGCGATGAAGGCAAGCTCTATTTATCACCAATTAAAGATCTCTTCAATGGCGAAATTATCGCCTATGACTTGTCGCCAAGTCCGAATTTTGAACAGATAACAAGAat < 1:367307/251‑1 (MQ=255) gAAAATGCAAACGGCGAAAATATCGTTCTTATCAAGGCGAAGTCGGTAAGATTGCAGACAATCTGTTACAGCGGGATTTTAGTGCGACGAAACCTAATGAAAAATGGGTCACCGATGTGATTGAATTTAAATGCGATGAAGGCAAGCTCTATTTATCACCAATTAAAGATCTCTTCAATGGCGAAATTATCGCCTATGACTTGTCGCCAAGTCCGAATTTTGAACAGATAACAAGAATGATGGAACAGAc < 1:593855/250‑1 (MQ=255) aaCGGCGAAAATATCGTTCTTATCAAGGCGAAGTCGGTAAGATTGCAGACAATCTGTTACAGCGGGATTTTAGTGCGACGAAACCTAATGAAAAATGGGTCACCGATGTGATTGAATTTAAATGCGATGAAGGCAAGCTCTATTTATCACCAATTAAAGATCTCTTCAATGGCGAAATTATCGCCTATGACTTGTCGCCAAGTCCGAATTTTGAACAGATAACAAGAATGATGGAACAGACGATGTTAAAg < 1:125916/251‑1 (MQ=255) aaCGGCGAAAATATCGTTCTTATCAAGGCGAAGTCGGTAAGATTGCAGACAATCTGTTACAGCGGGATTTTAGTGCGACGAAACCTAATGAAAAATGGGTCACCGATGTGATTGAATTTAAATGCGATGAAGGCAAGCTCTATTTATCACCAATTAAAGATCTCTTCAATGGCGAAATTATCGCCTATGACTTGTCGCCAAGTCCGAATTTTGAACAGATAACAAGAATGATGGAACAGACGATGTTAAAg < 1:152221/251‑1 (MQ=255) gAAAATATCGTTCTTATCAAGGCGAAGTCGGTAAGATTGCAGACAATCTGTTACAGCGGGATTTTAGTGCGACGAAACCTAATGAAAAATGGGTCACCGATGTGATTGAATTTAAATGCGATGAAGGCAAGCTCTATTTATCACCAATTAAAGATCTCTTCAATGGCGAAATTATCGCCTATGACTTGTCGCCAAGTCCGAAt > 1:341393/1‑203 (MQ=255) gAAAATATCGTTCTTATCAAGGCGAAGTCGGTAAGATTGCAGACAATCTGTTACAGCGGGATTTTAGTGCGACGAAACCTAATGAAAAATGGGTCACCGATGTGATTGAATTTAAATGCGATGAAGGCAAGCTCTATTTATCACCAATTAAAGATCTCTTCAATGGCGAAATTATCGCCTATGACTTGTCGCCAAGTCCGAATTTTGAACAGATAACAAg > 1:55066/1‑220 (MQ=255) gTTCTTATCAAGGCGAAGTCGGTAAGATTGCAGACAATCTGTTACAGCGGGATTTTAGTGCGACGAAACCTAATGAAAAATGGGTCACCGATGTGATTGAATTTAAATGCGATGAAGGCAAGCTCTATTTATCACCAATTAAAGATCTCTTCAATGGCGAAATTATCGCCTATGACTTGTCGCCAAGTCCGAAt < 1:267691/194‑1 (MQ=255) 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tATCAAGGCGAAGTCGGTAAGATTGCAGACAATCTGTTACAGCGGGATTTTAGTGCGACGAAACCTAATGAAAAATGGGTCACCGATGTGATTGAATTTAAATGCGATGAAGGCAAGCTCTATTTATCACCAATTAAAGATCTCTTCAATGGCGAAATTATCGCCTATGACTTGTCGCCAAGTCCGAATTTTGAACAGATAACAAGAatga > 1:479166/1‑211 (MQ=255) aaGTCGGTAAGATTGCAGACAATCTGTTACAGCGGGATTTTAGTGCGACGAAACCTAATGAAAAATGGGTCACCGATGTGATTGAATTTAAATGCGATGAAGGCAAGCTCTATTTATCACCAATTAAAGATCTCTTCAATGGCGAAATTATCGCCTATGACTTGTCGCCAAGTCCGAATTTTGAACAGATAACAAGAATGATGGAACAGACGATGTTAAAGTTGGACGGCACTACGCCAATTCttcattc < 1:743082/250‑1 (MQ=255) gTCGGTAAGATTGCAGACAATCTGTTACAGCGGGATTTTAGTGCGACGAAACCTAATGAAAAATGGGTCACCGATGTGATTGAATTTAAATGCGATGAAGGCAAGCTCTATTTATCACCAATTAAAGATCTCTTCAATGGCGAAATTATCGCCTATGACTTGTCGCCAAGTCCGAATTTTGAACAGATAACAAGAATGATGGAACAGACGATGTTAAAGTTGGACGGCACTACGCCAATTCTTCATTCAGa > 1:900141/1‑251 (MQ=255) 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aTTTTAGTGCGACGAAACCTAATGAAAAATGGGTCACCGATGTGATTGAATTTAAATGCGATGAAGGCAAGCTCTATTTATCACCAATTAAAGATCTCTTCAATGGCGAAATTATCGCCTATGACTTGTCGCCAAGTCCGAATTTTGAACAGATAACAAGAATGATGGAACAGACGATGTTAAAGTTGGACGGCACTACGCCAATTCTTCATTCAGACCAAGGATGGCAATATCAAATGCAAGGTTATCAg > 1:137556/1‑251 (MQ=255) aTTTTAGTGCGACGAAACCTAATGAAAAATGGGTCACCGATGTGATTGAATTTAAATGCGATGAAGGCAAGCTCTATTTATCACCAATTAAAGATCTCTTCAATGGCGAAATTATCGCCTATGACTTGTCGCCAAGTCCGAATTTTGAACAGATAACAAGAATGATGGAACAGACGATGTTAAAGTTGGACGGCACTACGCCAATTCTTCATTCAGACCAAGGATGGCAATATCAAATGCAAGGTTATCAg > 1:412086/1‑251 (MQ=255) tttAGTGCGACGAAACCTAATGAAAAATGGGTCACCGATGTGATTGAATTTAAATGCGATGAAGGCAAGCTCTATTTATCACCAATTAAAGATCTCTTCAATGGCGAAATTATCGCCTATGACTTGTCGCCAAGTCCGAATTTTGAACAGATAACAAGAATGATGGAACAGACGATGTTAAAGTTGGACGGCACTACGCCAATTCTTCATTCAGACCAAGGATGGCAATATCAAATGCAAGGTTATCAGCg < 1:405749/251‑1 (MQ=255) 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1:295425‑M1/1‑66 (MQ=255) aGCTCTATTTATCACCAATTAAAGATCTCTTCAATGGCGAAATTATCGCCTATGACTTGTCGCCAAGTCCGAATTTTGAACAGATAACAAGAATGATGGAACAGACGATGTTAAAGTTGGACGGCACTACGCCAATTCTTCATTCAGACCAAGGATGGCAATATCAAATACAAGGTTATCAGc > 1:456189/1‑183 (MQ=255) gCTCTATTTATCACCAATTAAAGATCTCTTCAATGGCGAAATTATCGCCTATGACTTCTCGtttgagttttttcaaggcttgtggtgaaaagtcggttgtttcagtcacttcaatctgcatttttttcattttgggtattttaggtttagtataaggtgattttacgccatcaagtcctctttcacgaaaggcttttaatcaataaatgacttgagaatgaggaatctgatgaagtttagcc > 1:313133‑M1/1‑61 (MQ=255) gCTCTATTTATCACCAATTAAAGATCTCTTCAATGGCGAAATTATCGCCTATGACTTCTCGtttgagttttttcaaggcttgtggtgaaaagtcggttgtttcagtcacttcaatctgcatttttttcattttgggtattttaggtttagtataagg < 1:491504‑M1/157‑97 (MQ=255) ctctATTTATCACCAATTAAAGATCTCTTCAATGGCGAAATTATCGCCTATGACTTGTCGCCAAGTCCGAATTTTGAACAGATAACAAGAATGATGGAACAGACGATGTTAAAGTTGGACGGCACTACGCCAATTCTTCATTCAGACCAAGGATGGCAATATCAAATGCAAGGTTATCAGCGTTTATTGAAGGa < 1:749080/194‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |