| Predicted mutation | ||||||
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| RA | 5 | 34,745 | (T)6→7 | intergenic (+219/‑2) | unknown → / → unknown | Ketol‑acid reductoisomerase (NADP(+)) (EC 1.1.1.86)/SSU ribosomal protein S12p (S23e) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | 5 | 34,739 | 1 | . | T | 98.0% | 276.7 / ‑1.9 | 98 | intergenic (+213/‑8) | unknown/unknown | Ketol‑acid reductoisomerase (NADP(+)) (EC 1.1.1.86)/SSU ribosomal protein S12p (S23e) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/2); new base T (37/59); total (37/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGTGAAAGACATGAAACGTATTTCCTTACAAGGTTAACCTCGTCAAAGAAACAAAAGTCGACAATATTGTCGGCTTTGTTGTGAGGGAAAGTGCGGTCGTTTCCAGAAATGTTTTTACATGCCGCAAGCAACACGCGCAGGAAGTGATAATAAGTTGACAGCCTGCGGTTTGAAGATTAAAATCTGCGGTCTGTTCTTGTATGGACAGATTTGTAAAACAACATTTTTTAATGAATTTATTAAACTGGAG‑T‑TTTT‑TAATGGCAACAATCAACCAGCTAGTACGCAAACCGCGTGTGAAAAAGGTTGTAAAAAGTAACGTTCCTGCATTAGAGGCTTGCCCGCAGAAACGTGGTGTATGCACCCGTGTGTACACAACTACACCTAAAAAACCGAACTCAGCATTACGTAAAGTATGCCGTATTCGTTTAACCAATGGTTTCGAAGTAACCTCATACATCGGCGGTGAAGGTCACAACCTTCAAGAGCACAGTGT > 5/34490‑34982 | ggTGAAAGACATGAAACGTATTTCCTTACAAGGTTAACCTCGTCAAAGAAACAAAAGTCGACAATATTGTCGGCTTTGTTGTGAGGGAAAGTGCGGTCGTTTCCAGAAATGTTTTTACATGCCGCAAGCAACACGCGCAGGAAGTGATAATAAGTTGACAGCCTGCGGTTTGAAGATTAAAATCTACGGTCTGTTCTTGTATGGACAGATTTGTAAAACAACATTTTTTAATGAATTTATTAAACTGGAG‑t > 1:358924/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |