| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,692,635 | +AC | coding (76/693 nt) | unknown ← | Aspartate racemase (EC 5.1.1.13) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,692,632 | 1 | . | C | 87.6% | 273.2 / 40.4 | 113 | coding (79/693 nt) | unknown | Aspartate racemase (EC 5.1.1.13) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (6/8); new base C (35/64); total (41/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.81e-01 | |||||||||||
| * | 1 | 1,692,632 | 2 | . | A | 87.6% | 274.9 / 38.5 | 113 | coding (79/693 nt) | unknown | Aspartate racemase (EC 5.1.1.13) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (6/8); new base A (35/64); total (41/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.15e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
CACCACATCTAAAATATGTAACAACGGCACAGAAATGACATTTTGGACGGCATCCGCGACTTTGTGCATGGTATTGGCACCAATTAAAATACCTTCCGCCCCAATACTTTCCAGCAAACGCGCCTGCTCTGCCAAAATTTCACCTGCTTTAGCCCAATTTCCTGATTTTTGGCATTGCACGATCTCTTCAAAATTGACGCTCGACATCAATAACGGCGCACTTGCATTGCCACCCAACGCCTGATT‑‑CACCGCACGGTTAATGATTAAATAATAGGAAACCGTGCTTTCGGGACTCATCCCACCTAAAATACCTAATGTTTTCATGTTATTTTCTCTGATTTACCATTTGCATATCGAATAAAAGTGCGGTCATTTTTTTAAACGTTTTTATTCATACCGGCGCGCGTCAGCAAGGGAGGATAAGTTCCATCTACACGATTATTTAATTAAAAGCTTTTTCAAAGTAGAAAATAACTCCTTAGCCATT > 1/1692387‑1692873 || caccacATCTAAAATATGTAACAACGGCACAGAAATGACATTTTGGACGGCATCCGCGACTTTGTGCATGGTATTGGCACCAATTAAAATACCTTCCGCCCCAATACTTTCCAGCAAACGCGCCTGCTCTGCCAAAATTTCACCTGCTTTAGCCCAATTTCCTGATTTTTGGCATTGCACAATCTCTTCAAAATTGACGCTCGACATCAATAACGGCGCACTTGCATTGCCACCCAACGCCTGATT‑‑CAcac < 1:585878/251‑3 (MQ=255) caTCTAAAATATGTAACAACGGCACAGAAATGACATTTTGGACGGCATCCGCGACTTTGTGCATGGTATTGGCACCAATTAAAATACCTTCCGCCCCAATACTTTCCAGCAAACGCGCCTGCTCTGCCAAAATTTCACCTGCTTTAGCCCAATTTCCTGATTTTTGGCATTGCACAATCTCTTCAAAATTGACGCTCGACATCAATAACGGCGCACTTGCATTGCCACCCAACGCCTGATT‑‑c < 1:156242/242‑1 (MQ=255) caTCTAAAATATGTAACAACGGCACAGAAATGACATTTTGGACGGCATCCGCGACTTTGTGCATGGTATTGGCACCAATTAAAATACCTTCCGCCCCAATACTTTCCAGCAAACGCGCCTGCTCTGCCAAAATTTCACCTGCTTTAGCCCAATTTCCTGATTTTTGGCATTGCACAATCTCTTCAAAATTGACGCTCGACATCAATAACGGCGCACTTGCATTGCCACCCAACGCCTGATT‑‑CAcaccgca > 1:765335/1‑244 (MQ=255) caTCTAAAATATGCAACAACGGCACAGAAATGACATTTTGGACGGCATCCGCGACTTTGTGCATGGTATTGGCACCAATTAAAATACCTTCCGCCCCAATACTTTCCAGCAAACGCGCCTGCTCTGCCAAAATTTCACCTGCTTTAGCCCAATTTCCTGATTTTTGGCATTGCACAATCTCTTCAAAATTGACGCTCGACATCAATAACGGCGCACTTGCATTGCCACCCAACGCCTGATT‑‑CAcaccgca > 1:450357/1‑244 (MQ=255) 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ttGGACGGCATCCGCGACTTTGTGCATGGTATTGGCACCAATTAAAATACCTTCCGCCCCAATACTTTCCAGCAAACGCGCCTGCTCTGCCAAAATTTCACCTGCTTTAGCCCAATTTCCTGATTTTTGGCATTGCACAATCTCTTCAAAATTGACGCTCGACATCAATAACGGCGCACTTGCATTGCCACCCAACGCCTGATTCACACCGCACGGTTAATGATTAAATAATAGGAAACCGTGCTTTCggg < 1:697319/251‑1 (MQ=255) gCATCCGCGACTTTGTGCATGGTATTGGCACCAATTAAAATACCTTCCGCCCCAATACTTTCCAGCAAACGCGCCTGCTCTGCCAAAATTTCACCTGCTTTAGCCCAATTTCCTGATTTTTGGCATTGCACAATCTCTTCAAAATTGACGCTCGACATCAATAACGGCGCACTTGCATTGCCACCCAACGCCTGATTCACACCGCACGGTTAATGATTAAATAATAGGAAACCGTGCTTTCGGGACTCAt > 1:696295/1‑250 (MQ=255) gCATCCGCGACTTTGTGCATGGTATTGGCACCAATTAAAATACCTTCCGCCCCAATACTTTCCAGCAAACGCGCCTGCTCTGCCAAAATTTCACCTGCTTTAGCCCAATTTCCTGATTTTTGGCATTGCACAATCTCTTCAAAATTGACGCTCGACATCAATAACGGCGCACTTGCATTGCCACCCAACGCCTGATTCACACCGCACGGTTAATGATTAAATAATAGGAAACCGTGCTTTCGGGACTCAt > 1:544641/1‑250 (MQ=255) 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CACCACATCTAAAATATGTAACAACGGCACAGAAATGACATTTTGGACGGCATCCGCGACTTTGTGCATGGTATTGGCACCAATTAAAATACCTTCCGCCCCAATACTTTCCAGCAAACGCGCCTGCTCTGCCAAAATTTCACCTGCTTTAGCCCAATTTCCTGATTTTTGGCATTGCACGATCTCTTCAAAATTGACGCTCGACATCAATAACGGCGCACTTGCATTGCCACCCAACGCCTGATT‑‑CACCGCACGGTTAATGATTAAATAATAGGAAACCGTGCTTTCGGGACTCATCCCACCTAAAATACCTAATGTTTTCATGTTATTTTCTCTGATTTACCATTTGCATATCGAATAAAAGTGCGGTCATTTTTTTAAACGTTTTTATTCATACCGGCGCGCGTCAGCAAGGGAGGATAAGTTCCATCTACACGATTATTTAATTAAAAGCTTTTTCAAAGTAGAAAATAACTCCTTAGCCATT > 1/1692387‑1692873 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |