| Predicted mutation | ||||||
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| RA | 1 | 1,034,245 | (G)5→6 | intergenic (+198/+75) | unknown → / ← unknown | Esterase/lipase/Efflux transport system, outer membrane factor (OMF) lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,034,240 | 1 | . | G | 94.4% | 189.4 / 2.5 | 71 | intergenic (+193/+80) | unknown/unknown | Esterase/lipase/Efflux transport system, outer membrane factor (OMF) lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/4); new base G (39/28); total (39/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.70e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGATTATGATTTGGATGAGTTGTTTCAGTGGGTGGATAGTATTAGCAAATAGTTTACGGGAATGGTAAAAGTGCGGTGGTGTTTTACATAAAGCATCGGCACTCACTACTGTAGAGGACGATCGTTGAGCTTGAGTCAGAGCTTGTCGAGCTTCTGGCTATCAAAACATTGGGCCTGTTCCACTGGGACATGAAATAGCAATGTAATACCTAAGGGTGGTTGAAAAATAATCACCCTATAACTT‑A‑GGGG‑G‑ACATATAAAAGCAAAAACGGCACTTTTCATAAAGCACCGTTGTATGCTAAACACATAAGCGCGGTTGTTTCACATTATTTTTTTACGGAATAATAACCCGCCATAGAACTGTAAACCGCATTTTCGGCCTGAATTACGTTATATTTGGCTTGTAAAATAGAGAGTTGGGAATTTTTTTCGGTATTTGCAGCGGTTAACCATTCACGTAATTCGGATACACCTGCATTATACCGGTTGCGG > 1/1033996‑1034485 | ggATTATGATTTGGATGAGTTGTTTCAGTGGGTGGATAGTATTAGCAAATAGTTTACGGGAATGGTAAAAGTGCGGTGGTGTTTTACATAAAGCATCGGCACTCACTACTGTAGAGGACGATCGTTGAGCTTGAGTCAGAGCTTGTGGAGCTTCTGGCTATCAAAACATTGGGCCTGTTCCACTGGGACATGAAATAGCAATGTAATACCTAAGGGTGGTTAAAAAATAATCACCCTATAACTT‑A‑gggg‑gg > 1:586145/1‑250 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |