| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 726,328 | Δ2 bp | intergenic (‑28/+84) | unknown ← / ← unknown | hypothetical protein/Ribonucleotide reductase of class Ia (aerobic), alpha subunit (EC 1.17.4.1) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 726,326 | 0 | A | . | 100.0% | 145.8 / NA | 35 | intergenic (‑26/+87) | unknown/unknown | hypothetical protein/Ribonucleotide reductase of class Ia (aerobic), alpha subunit (EC 1.17.4.1) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base . (20/15); total (20/15) | |||||||||||
| * | 1 | 726,327 | 0 | G | . | 100.0% | 145.8 / NA | 35 | intergenic (‑27/+86) | unknown/unknown | hypothetical protein/Ribonucleotide reductase of class Ia (aerobic), alpha subunit (EC 1.17.4.1) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base . (20/15); total (20/15) | |||||||||||
TGAAGATACTCTGCATTATTTAATGTGAAATTTTCGTACCCGATTTTGGCACATTGATTTAATAGCGATAGAATTTGTAATATTAAGTAAGATAATATTCCATATGAAATAACAAACAATGAATATTTATAGTTATTCCATTCTTTATGTTCAGTGAACTTATCTATAAGCATTGTAATTATAATGCCAGGTAATAAAAGAGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAATCTAATCCCTCCAATGAGGAGGGATTATTAATAATTAAATCTTACACGCCCCACCGGCACAACCATCATCCAAATCTTCTTGGCTGTCTTCGGCGCCGTCGCGGGTGTTCTGGTAGTAGAGGGTTTTTAAGCCGTATTTGTAAGCGGTTAAGAGATCTTTTAACAACACTTTCATCGGCACTTTGCCGTCTT > 1/726128‑726570 || tGAAGATACTCTGTATTATTTAATGTGAAATTTTCGTACCCGATTTTGGCACATTGATTTAATAGCGATAGAATTTGTAATATTAAGTAAGATAATATTCCATATGAAATAACAAACAATGAATATTTATAGTTATTCCATTCTTTATGTTCAGTGAACTTATCTATAAGCATTGTAATTATAATGCCAGGTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGtaat > 1:173441/1‑250 (MQ=255) ctgtattattTAATGTGAAATTTTCGTACCCGATTTTGGCACATTGATTTAATAGCGATAGAATTTGTAATATTAAGTAAGATAATATTCCATATGAAATAACAAACAATGAATATTTATAGTTATTCCATTCTTTATGTTCAGTGAACTTATCTATAAGCATTGTAATTATAATGCCAGGTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAATCTAATCCCTc > 1:185737/5‑250 (MQ=255) gATTTAATAGCGATAGAATTTGTAATATTAAGTAAGATAATATTCCATATGAAATAACAAACAATGAATATTTATAGTTATTCCATTCTTTATGTTCAGTGAACTTATCTATAAGCATTGTAATTATAATGCCAGGTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAATCTAATCCCTCCAATg < 1:13602/210‑1 (MQ=255) aTTTAATAGCGATAGAATTTGTAATATTAAGTAAGATAATATTCCATATGAAATAACAAACAATGAATATTTATAGTTATTCCATTCTTTATGTTCAGTGAACTTATCTATAAGCATTGTAATTATAATGCCAGGTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAATCTAATCCCTCCAATGAGGAGGGATTATTAATAATTAAATc > 1:752100/1‑234 (MQ=255) agATAATATTCCATATGAAATAACAAACAATGAATATTTATAGTTATTCCATTCTTTATGTTCAGTGAACTTATCTATAAGCATTGTAATTATAATGCCAGGTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAAc < 1:460986/147‑1 (MQ=255) aaTGAATATTTATAGTTATTCCATTCTTTATGTTCAGTGAACTTATCTATAAGCATTGTAATTATAATGCCAGGTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAATCTAATCCCTCCAATGAGGAGGGATTATTAATAATTAAATCTTACACGCCCCACCGGCACAACCATCATCCAAATCTTCTTGGCTGTCTTCGGCGCCGTCGCGGGTGTTCTGGtagtag < 1:876021/251‑1 (MQ=255) tatTTATAGTTATTCCATTCTTTATGTTCAGTGAACTTATCTATAAGCATTGTAATTATAATGTCAGGTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAATCTAATCCCTCCAATGAGGAGGGATTATTGATAATTAAATCTTACACGCCCCACCGGCACAACCATCATCCAAATCTTCTTGGCTGTCTTCGGCGCCGTCGCGGgtg < 1:437634/233‑1 (MQ=255) tatTTATAGTTATTCCATTCTTTATGTTCAGTGAACTTATCTATAAGCATTGTAATTATAATGCCAGGTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAATCTAATCCCTCCAATGAGGAGGGATTATTAATAATTAAATCTTACACGcc < 1:459502/176‑1 (MQ=255) tatTTATAGTTATTCCATTCTTTATGTTCAGTGAACTTATCTATAAGCATTGTAATTATAATGCCAGGTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAATCTAATCCCTCCAATGAGGAGGGATTATTAATAATTAAATCTTACACGCCCCACCGGCACAACCATCATCCAAATCTTCTTGGCTGTCTTCGGCGCCGTCGCGGGTGTTCTGGTAGTAGAGGGtt > 1:808074/1‑251 (MQ=255) tatTTATAGTTATTCCATTCTTTATGTTCAGTGAACTTATCTATAAGCATTGTAATTATAATGCCAGGTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAATCTAATCCCTCCAATGAGGAGGGATTATTAATAATTAAATCTTACACGCCCCACCGGCACAACCATCATCCAAATCTTCTTGGCTGTCTTCGGCGCCGTCGCGGGTGTTCTGGTAGTAGAGGGtt < 1:446409/251‑1 (MQ=255) taGTTATTCCATTCTTTATGTTCAGTGAACTTATCTATAAGCATTGTAATTATAATGCCAGGTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAATCTAATCCCTCCAATGAGGAGGGATTATTAATAATTAAATCTTACACGCCCCACCGGCACAACCATCATCCAAATCTTCTTGGCTGTCTTCGGCGCCGTCGCGGGTGTTCTGGTAGTAGAGGGTTTTTAAg > 1:27242/1‑251 (MQ=255) ttATTCCATTCTTTATGTTCAGTGAACTTATCTATAAGCATTGTAATTATAATGCCAGGTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAATCTAATCCCTCCAATGAGGAGGGATTATTAATAATTAAATCTTACACGCCCCACCGGCACAACCATCATCCAAATCTTCTTGGCTGTCTTCGGCGCCGTCGCGGGTGTTCTGGTAGTAGAGGGTTTTTAAGc < 1:888470/249‑1 (MQ=255) aTTCCATTCTTTATGTTCAGTGAACTTATCTATAAGCATTGTAATTATAATGCCAGGTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAATCTAATCCCTCCAATGAGGAGGGATTATTAATAATTAAATCTTACACGCCCCACCGGCACAACCATCATCCAAATCTTCTTGGCTGTCTTCGGCGCCGTCGCGGGTGTTCTGGTAGTAGAGGGTTTTTAAGCCGTa > 1:897557/1‑251 (MQ=255) aTTCCATTCTTTATGTTCAGTGAACTTATCTATAAGCATTGTAATTATAATGCCAGGTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAATCTAATCCCTCCAATGAGGAGGGATTATTAATAATTAAATCTTACACGCCCCACCGGCACAACCATCATCCAAATCTTCTTGGCTGTCTTCGGCGCCGTCGCGGGTGTTCTGGTAGTAGAGGGTTTTTAAGCCGTa > 1:125055/1‑251 (MQ=255) ccATTCTTTATGTTCAGTGAACTTATCTATAAGCATTGTAATTATAATGCCAGGTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAATCTAATCCCTCCAATGAGGAGGGATTATTAATAATTAAATCTTACACGCCCCACCGGCACAACCATCATCCAAATCTTCTTGGCTGTCTTCGGCGCCGTCGCGGGTGTTCTGGTAGTAGAGGGTTTTTAAGCCGTAttt > 1:106131/1‑251 (MQ=255) ttCTTTATGTTCAGTGAACTTATCTATAAGCATTGTAATTATAATGCCAGGTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAATCTAATCCCTCCAATGAGGAGGGATTATTAATAATTAAATCTTACACGCCCCACCGGCACAACCATCATCCAAATCTTCTTGGCTGTCTTCGGCGCCGTCGCGGGTGTTCTGGTAGTAGAGGGTTTTTa < 1:371470/238‑1 (MQ=255) tCAGTGAACTTATCTATAAGCATTGTAATTATAATGCCAGGTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAATCTAATCCCTCCAATGAGGAGGGATTATTAATAATTAAATCTTACACGCCCCACCGGCACAACCATCATCCAAATCTTCTTGGCTGTCTTCGGCGCCGTCGCGGGTGTTCTGGTAGTAGAGGGTTTTTAAGCCGTATTTGTAAGCGGTTAag > 1:27801/1‑251 (MQ=255) aTCTATAAGCATTGTAATTATAATGCCAGGTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAATCTAATCCCTCCAATGAGGAGGGattatt > 1:293207/1‑117 (MQ=255) aTCTATAAGCATTGTAATTATAATGCCAGGTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAATCTAATCCCTCCAATGAGGAGGGATTATTAATAATTAAATCTTACACGCCCCACCGGCACAACCATCATCCAAATCTTCTTGGCTGTCTTCGGCGCCGTCGCGGGTGTTCTGGTAGTAGAGGGTTTTTAAGCCGTATTTGTAAGCGGTTAAGAGATCTTTTaa > 1:866046/1‑251 (MQ=255) aTCTATAAGCATTGTAATTATAATGCCAGGCAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAATCTAATCCCTCCAATGAGGAGGGTTTATTAATAATTAAATCTTACACGCCCCACCGGCGCAACCATCATCCAAATCTTCTTGGCTGTCTTCGGCGCCGTCGCGGGCGTTCTGGTAGTAGAGGGTTTTTAAGCCGGCTTTGTAAGCGTTTAAGAGATCTTTTaa > 1:411904/1‑251 (MQ=255) tCTATAAGCATTGTAATTATAATGCCAGGTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAATCTAATCCCTCCAATgagg < 1:237917/106‑1 (MQ=255) tCTATAAGCATTGTAATTATAATGCCAGGTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAATCTAATCCCTCCAATGAGGAGGGATTATTAATAATTAAATCTTACACGCCCCACCGGCACAACca > 1:366115/1‑152 (MQ=255) tCTATAAGCATTGTAATTATAATGCCAGGTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAATCTAATCCCTCCAATGAGGAGGGATTATTAATAATTAAATCTTACACGCCCCACCGGCACAACCATCATCCAAAtc > 1:737998/1‑163 (MQ=255) tCTATAAGCATTGTAATTATAATGCCAGGTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAATCTAATCCCTCCAATGAGGAGGGATTATTAATAATTAAATCTTACACGCCCCACCGGCACAACCATCATCCAAATCTTCTTGGCTGTCTTCGGCGCCGTCGCGGGTGTTCTGGTAGTAGAGGGTTTTTAAGCCGTATTTGTAAGCGGTTAAGAGATCTTTTaa > 1:233936/1‑250 (MQ=255) cTATAAGCATTGTAATTATAATGCCAGGTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAATCTAATCCCTCCAATGAGGAGGGATTATTAATAATTAAATCTTACACGCCCCACCGGCACAACCATCATCCAAATCTTCTTGGCTGTCTTCGGCGCCGTCGCGGGTGTTCTGGTAGTAGAGGGTTTTTAAGCCGTATTTGTAAg > 1:290620/1‑230 (MQ=255) gCATTGTAATTATAATGCCAGGTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAagag > 1:402478/1‑77 (MQ=255) gCATTGTAATTATAATGCCAGGTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAATCTAATCCCTCCAATGAGGAGGGATTATTAATAATTAAATCTTACACGCCCCACCGGCACAACCATCATCCAAATCTTCTTGGCTGTCTTCGGCGCCGTCGCGGGTGTTCTGGTAGTAGAGGGTTTTTAAGCCGTATTTGTAAGCGGTTAAGAGATCTTTTAACAACACtt > 1:470362/1‑251 (MQ=255) ttGTAATTATAATGCCAGGTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAATCTAATCCCTCCAATGAGGAGGGATTATTAATAATTAAATCTTACACGCCCCACCGGCACAACCATCATCCAAATCTTCTTGGCTGTCTTCGGCGCCGTCGCGGGTGTTCTGGTAGTAGAGGGTTTTTAAGc > 1:781173/1‑209 (MQ=255) aTTATAATGCCAGGTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAATCTAATCCCTCCAATGAGGAGGGATTATTAATAATTAAATCTTACACGCCCCACCGGCACAACCATCATCCAAATCTTCTTGGCTGTCTTCGGCGCCGTCGCGGGTGTTCTGGTAGTAGAGGGTTTTTAAGCCGTATTTGTAAGCGGTTAAGAGATCTTTTAACAACACTTTCATCGGc < 1:550682/251‑1 (MQ=255) ttATAATGCCAGGTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGtaatctaatc < 1:150574/78‑1 (MQ=255) ttATAATGCCAGGTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAATCTAATCCCTCCAATGAGGAGGGATTATtaat < 1:757054/103‑1 (MQ=255) ttATAATGCCAGGTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAATCTAATCCCTCCAATGAGGAGGGATTATTAATAATTAAATCTTACACGCCCCACCGGCACAACCATCATCCAAATCTTCTTGGCTGTCTTCGGCGCCGTCGCGGGTGTTCTGGTAGTAGAGGGTTTTTAAGCCGTATTTGTAAGCGGTTAAgaga < 1:86015/226‑1 (MQ=255) gTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAATCTAATCCCTCCAATga < 1:85423/76‑1 (MQ=255) gTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAATCTAATCCCTCCAATGAGGAGGGATTATTAATAATTAAATCTTACACGCCCCACCGGCACAACCATCATCCAAATCTTCTTGGCTGTCTTCGGCGCCGTCGCGGGTGTTCTGGTAGTAGAGGGt < 1:337571/183‑1 (MQ=255) gTAATAAA‑‑AGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAATCTAATCCCTCCAATGAGGAGGGATTATTAATAATTAAATCTTACACGCCCCACCGGCACAACCATCATCCAAATCTTCTTGGCTGTCTTCGGCGCCGTCGCGGGTGTTCTGGTAGTAGAGGGTTTTTAAGCCGTATTTGTAAGCGGTTAAGAGATCTTTTAACAACACTTTCATCGGCACTTTGCCGTCtt > 1:508291/1‑251 (MQ=255) || TGAAGATACTCTGCATTATTTAATGTGAAATTTTCGTACCCGATTTTGGCACATTGATTTAATAGCGATAGAATTTGTAATATTAAGTAAGATAATATTCCATATGAAATAACAAACAATGAATATTTATAGTTATTCCATTCTTTATGTTCAGTGAACTTATCTATAAGCATTGTAATTATAATGCCAGGTAATAAAAGAGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAATCTAATCCCTCCAATGAGGAGGGATTATTAATAATTAAATCTTACACGCCCCACCGGCACAACCATCATCCAAATCTTCTTGGCTGTCTTCGGCGCCGTCGCGGGTGTTCTGGTAGTAGAGGGTTTTTAAGCCGTATTTGTAAGCGGTTAAGAGATCTTTTAACAACACTTTCATCGGCACTTTGCCGTCTT > 1/726128‑726570 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |