| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 61,826 | (T)9→8 | intergenic (‑122/‑180) | unknown ← / → unknown | Transcription termination factor Rho/ATP‑dependent RNA helicase RhlB (EC 3.6.4.13) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 61,818 | 0 | T | . | 98.8% | 344.4 / ‑2.5 | 83 | intergenic (‑114/‑188) | unknown/unknown | Transcription termination factor Rho/ATP‑dependent RNA helicase RhlB (EC 3.6.4.13) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base . (43/39); total (44/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
TGCTGTTTCAAAATCGCAAAAATAATGTCTTGTTTGCGTAAACGGGCTAAATTTTCCAAACCCATTTGGTCTTCGCCCAGTTTCACCAGATCGGAAACCGGCATATTTTTAAGTTCTGTAAGATGCATAGTTTATTTGAAGTTTGTTTAGAGTTGAATGTTTAAGAAATAAATGAATGGAGGCCAATTTGAAATTGGTGCGTAACTTAGCATTAAATTTAGGCACTGTCTAGTTTTTAACGTTTTTTTTTCTGTGTTTGTTTGATCCAACCCCGGATTGCAGAAAAGTGCGGTGGTTTTTGCGGGCGTTTTTCAGGTCCACCTTTAATGTTCGTTTACAAAATTCCCTAAATTTGTTGTGTCTAATTTTTGGGGATTTTCCCTGTTCGTGCTATGCTTAGCGCCAATTTTTTACGATAAATTTGAGACTATGCAACAGAATTATTTAAGTTCGGCACGTTTCGCCGATTTAGCCCTACATCC > 1/61577‑62058 | tGCTGTTTCAAAATCGCAAAAATAATGTCTTGTTTGCGTAAACGGGCTAAATTTTCCAAACCCATTTGGTCTTCGCCCAGTTTCACCAGATCGGAAACCGGCATATTTTTAAGTTCTGTAAGATGCATAGTTTATTTGAAGTTTGTTTAGAGTTGAATGTTTAAGAAATAAATGAATGGAGGCCAATTTGAAATTGGTGCGTAACTTAGCATTAAATTTAGGCACTGTCTAGTTTTTAACGttttttttc < 1:142456/250‑2 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |