| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 2 | 164,892 | (T)7→6 | intergenic (‑574/+322) | unknown ← / ← unknown | Integrase/Uncharacterized protein YnbE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 2 | 164,886 | 0 | T | . | 99.2% | 565.5 / ‑3.9 | 135 | intergenic (‑568/+328) | unknown/unknown | Integrase/Uncharacterized protein YnbE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base . (67/66); total (67/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
AAATTCCTCTGCCGTTAGCACTACACGTTTAGTCCGGTCTTTAAATTCACTTAATCCTGCGGACGGACACGCGACAATTAAGCTAGTTTGATTTAATTTAATGCTTCGATCCTCAAACGGTGGCTTCCACACGAGCTCGTTTTGGTTTGACTCCGCTTTATCCCCGTCTTACGAGCGGAAGCTGGGGAGCGAAGGCTAAAGGCAGGTTATTAAGCTGCTAAAGCGTATTGTTCGTCGTTTGCGACTATTTTTTTGCGGTTTATTTACGAGGCCTACCGCACCTCGACGTGCACTTCGGGCTTCGCTAATCCCGTCGAATCCAGAATCAGCCCCAAATTGCGCTAATGATAGCAAAATATAGCGTTAAATGAAAGATAGTAAACCTGCCGTACTTTATGCTGATAAATATCATATCCTTAAATGGTAAGCAGATGAGCCATCTCTCGGGATCTTAATAGCGCATGGGATGTCGATCGTGTTAATAA > 2/164639‑165123 | ccGTTAGCACTACACGTTTAGTCCGGTCTTTAAATTCACTTAATCCTGCGGACGGACACGCGACAATTAAGCTAGTTTGATTTAATTTAATGCTTCGATCCTCAAACGGTGGCTTCCACACGAGCTCGTTTTGGTTTGACTCCGCTTTATCCCCGTCTTACGAGCGGAAGCTGGGGAGCGAAGGCTAAAGGCAGGTTATTAAGCTGCTAAAGCGTATTGTTCGTCGTTTGCGACTA‑TTTTTTGCGGtttat > 1:2642/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |