| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,520,793 | Δ1 bp | coding (858/942 nt) | unknown ← | ABC transporter, substrate‑binding protein PM1325 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,520,790 | 0 | T | . | 98.9% | 368.2 / ‑4.2 | 88 | coding (861/942 nt) | unknown | ABC transporter, substrate‑binding protein PM1325 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base . (46/41); minor base A (0/1); total (46/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACCCAATTGCGATGGACCAAGGTTTACGTTTCGCTATCCGTGAAGGTGGCCGTACAGTGGGTGCCGGCGTGGTAGCTAAAATTATCAAATAATTGATAAGACAAACCAAAGTAAAACTGAAAAGGCGTATCGAAAGGTACGCCTTTTTGTTTGGTATCAAATCAGTAATTTTTAGATTGTTCTTTATCCACGACGACCGGATCTACATAATAAACAGCCGGAATTTCCTGTTTATTGATTTGTTTTAACGCATGCTCAATAGCAATAGCCACTTGTTTTTTCGGCAGCTGATCAATAGTATTTTGCATTTTGCCTTGTTTTACATATTCAATGGCAAGCGGAATACCATCATAGCCGGTAACCAATACTTTGCCTGCCAGACCGGCGTTTTCCACAGCCGTAACCGCACCGATTGCCATATTATCGTTAGCGGCAAAAATACCATTAACATTTGGATTAGCGGTTAAAATATTAGTAGTTACAT > 1/1520547‑1521031 | cACCCAATTGCGATGGACCAAGGTTTACGTTTCGCTATCCGTGAAGGTGGCCGTACAGTGGGTGCCGGCGTGGTAGCTAAAATTATCAAATAATTGATAAGACAAACCAAAGTAAAACTGAAAAGGCGTATCGAAAGGTACGCCTTTTTGTTTGGTATCAAATCAGTAATTTTTAGATTGTTCTTTATCCACGACGACCGGATCTACATAATAAACAGCCGGAATTTCCTGTTTATTGATTTG‑TTTAACGc < 1:235488/251‑1 (MQ=255)cACCCAATTGCGATGGACCAAGGTTTACGTTTCGCTATCCGTGAAGGTGGCCGTACAGTGGGTGCCGGCGTGGTAGCTAAAATTATCAAATAATTGATAAGACAAACCAAAGTAAAACTGAAAAGGCGTATCGAAAGGTACGCCTTTTTGTTTGGTATCAAATCAGTAATTTTTAGATTGTTCTTTATCCACGACGACCGGATCTACATAATAAACAGCCGGAATTTCCTGTTTATTGATTTG‑TTTAACGc < 1:69708/251‑1 (MQ=255)cACCCAATTGCGATGGACCAAGGTTTACGTTTCGCTATCCGTGAAGGTGGCCGTACAGTGGGTGCCGGCGTGGTAGCTAAAATTATCAAATAATTGATAAGACAAACCAAAGTAAAACTGAAAAGGCGTATCGAAAGGTACGCCTTTTTGTTTGGTATCAAATCAGTAATTTTTAGATTGTTCTTTATCCACGACGACCGGATCTACATAATAAACAGCCGGAATTTCCTGTTTATTGATTTG‑TTTAACGc < 1:679502/251‑1 (MQ=255)cACCCAATTGCGATGGACCAAGGTTTACGTTTCGCTATCCGTGAAGGTGGCCGTACAGTGGGTGCCGGCGTGGTAGCTAAAATTATCAAATAATTGATAAGACAAACCAAAGTAAAACTGAAAAGGCGTATCGAAAGGTACGCCTTTTTGTTTGGTATCAAATCAGTAATTTTTAGATTGTTCTTTATCCACGACGACCGGATCTACATAATAAACAGCCGGAATTTCCTGTTTATTGATTTG‑TTTAACGc < 1:673511/251‑1 (MQ=255) 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cTATCCGTGAAGGTGGCCGTACAGTGGGTGCCGGCGTGGTAGCTAAAATTATCAAATAATTGATAAGACAAACCAAAGTAAAACTGAAAAGGCGTATCGAAAGGTACGCCTTTTTGTTTGGTATCAAATCAGTAATTTTTAGATTGTTCTTTATCCACGACGACCGGATCTACATAATAAACAGCCGGAATTTCCTGTTTATTGATTTG‑TTTAACGCATGCTcaatagc > 1:345587/1‑229 (MQ=255) ccGTGAAGGTGGCCGTACAGTGGGTGCCGGCGTGGTAGCTAAAATTATCAAATAATTGATAAGACAAACCAAAGTAAAACTGAAAAGGCGTATCGAAAGGTACGCCTTTTTGTTTGGTATCAAATCAGTAATTTTTAGATTGTTCTTTATCCACGACGACCGGATCTACATAATAAACAGCCGGAATTTCCTGTTTATTGATTTG‑TTTAACGCATGCTc < 1:206434/219‑1 (MQ=255) ccGTGAAGGTGGCCGTACAGTGGGTGCCGGCGTGGTAGCTAAAATTATCAAATAATTGATAAGACAAACCAAAGTAAAACTGAAAAGGCGTATCGAAAGGTACGCCTTTTTGTTTGGTATCAAATCAGTAATTTTTAGATTGTTCTTTATCCACGACGACCGGATCTACATAATAAACAGCCGGAATTTCCTGTTTATTGATTTG‑TTTAACGCATGCTCAATAGCAATAGCCACTTGTTTTTTCGGCAg > 1:880132/1‑249 (MQ=255) tGGCCGTACAGTGGGTGCCGGCGTGGTAGCTAAAATTATCAAATAATTGATAAGACAAACCAAAGTAAAACTGAAAAGGCGTATCGAAAGGTACGCCTTTTTGTTTGGTATCAAATCAGTAATTTTTAGATTGTTCTTTATCCACGACGACCGGATCTACATAATAAACAGCCGGAATTTCCTGTTTATTGATTTG‑TTTAACGCATGCTcaatagcaa > 1:403152/1‑218 (MQ=255) ggCCGTACAGTGGGTGCCGGCGTGGTAGCTAAAATTATCAAATAATTGATAAGACAAACCAAAGTAAAACTGAAAAGGCGTATCGAAAGGTACGCCTTTTTGTTTGGTATCAAATCAGTAATTTTTAGATTGTTCTTTATCCACGACGACCGGATCTACATAATAAACAGCCGGAATTTCCTGTTTATTGATTTG‑TTTAACGCATGCTCAATAGCAATAGCCACTTGTTTTTTCGGCAGCTGATCAAt < 1:684344/248‑1 (MQ=255) gCCGTACAGTGGGTGCCGGCGTGGTAGCTAAAATTATCAAATAATTGATAAGACAAACCAAAGTAAAACTGAAAAGGCGTATCGAAAGGTACGCCTTTTTGTTTGGTATCAAATCAGTAATTTTTAGATTGTTCTTTATCCACGACGACCGGATCTACATAATAAACAGCCGGAATTTCCTGTTTATTGATTTG‑TTTAACGCATGCTcaatagcaa > 1:201091/1‑216 (MQ=255) gCCGTACAGTGGGTGCCGGCGTGGTAGCTAAAATTATCAAATAATTGATAAGACAAACCAAAGTAAAACTGAAAAGGCGTATCGAAAGGTACGCCTTTTTGTTTGGTATCAAATCAGTAATTTTTAGATTGTTCTTTATCCACGACGACCGGATCTACATAATAAACAGCCGGAATTTCCTGTTTATTGATTTG‑TTTAACGCATGCTCAATAGCAATAGCCACTTGTTTTTTCGGCAGCTGATCAATAGTa > 1:732055/1‑251 (MQ=255) 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> 1:652528/1‑250 (MQ=255) aaaCCAAAGTAAAACTGAAAAGGCGTATCGAAAGGTACGCCTTTTTGTTTGGTATCAAATCAGTAATTTTTAGATTGTTCTTTATCCACGACGACCGGATCTACATAATAAACAGCCGGAATTTCCTGTTTATTGATTTG‑TTTAACGCATGCTCAATAGCAATAGCCACTTGTTTTTTCGGCAGCTGATCAATAGTATTTTGCATTTTGCCTTGTTTTACATATTCAATGGCAAGCGGAATACCATCATAg < 1:288621/251‑1 (MQ=255) aaGTAAAACTGAAAAGGCGTATCGAAAGGTACGCCTTTTTGTTTGGTATCAAATCAGTAATTTTTAGATTGTTCTTTATCCACGACGACCGGATCTACATAATAAACAGCCGGAATTTCCTGTTTATTGATTTG‑TTTAACGCATGCTcaatagcaa < 1:114211/156‑1 (MQ=255) cTGAAAAGGCGTATCGAAAGGTACGCCTTTTTGTTTGGTATCAAATCAGTAATTTTTAGATTGTTCTTTATCCACGACGACCGGATCTACATAATAAACAGCCGGAATTTCCTGTTTATTGATTTG‑TTTAACGCATGCTCAATAGCAATAGCCACTTGTTTTTTCGGCAGCTGATCAATAGTATTTTGCATTTTGCCTTGTTTTACATATTCAATGGCAAGCGGAATACCATCATAGCCGGTAACCAATAc < 1:899238/251‑1 (MQ=255) gAAAAGGCGTATCGAAAGGTACGCCTTTTTGTTTGGTATCAAATCAGTAATTTTTAGATTGTTCTTTATCCACGACGACCGGATCTACATAATAAACAGCCGGAATTTCCTGTTTATTGATTTG‑TTTAACGCATGCTCAATAGCAATAGCCACTTGTTTTTTCGGCAGCTGATCAATAGTATTTTGCATTTTGCCTTGTTTTACATATTCAATGGCAAGCGGAATAc > 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tAGATTGTTCTTTATCCACGACGACCGGATCTACATAATAAACAGCCGAAATTTCCTGTTTATTGATTTG‑TTTAACGCATGCTCAATAGCAATAGCCACTTGTTTTTTCGGCAGCTGATCAATAGTATTTTGCATTTTGCCTTGTTTTACATATTCAATGGCAAGCGGAATACCATCATAGCCGGTAACCAATACTTTGCCTGCCAGACCGGCGTTTTCCACAGCCGTAACCGCACCGATTGCCAtattat < 1:768975/251‑1 (MQ=255) aGATTGTTCTTTATCCACGACGACCGGATCTACATAATAAACAGCCGGAATTTCCTGTTTATTGATTTG‑TTTAACGCATGCTCAATAGCAATAGCCACTTGTTTTTTCGGCAGCTGATCAATAGTATTTTGCATTTTGCCTTGTTTTACATATTCAATGGCAAGCGGAATACCATCATAGCCGGTAACCAATACTTTGCCTGCCAGACCGGCGTTTTCCACAGCCGTAACCGCACCGATTGCCAtattat > 1:817001/1‑250 (MQ=255) aTTGTTCTTTATCCACGACGACCGGATCTACATAATAAACAGCCGGAATTTCCTGTTTATTGATTTG‑TTTAACGCATGCTCAATAGCAATAGCCACTTGTTTTTTCGGCAGCTGATCAATAGTATTTTGCATTTTGCCTTGTTTTACATATTCAATGGCAAGCGGAATACCATCATAGCCGGTAACCAATACTTTGCCTGCCAGACCGGCGTTTTCCACAGCCGTAACCGCACCGATTGCCATATTATCg < 1:198747/250‑1 (MQ=255) 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ttATTGATTTG‑TTTAACGCATGCTCAATAGCAATAGCCACTTGTTTTTTCGGCAGCTGATCAATAGTATTTTGCATTTTGCCTTGTTTTACATATTCAATGGCAAGCGGAATACCATCATAGCCGGTAACCAATACTTTGCCTGCCAGACCGGCGTTTTCCACAGCCGTAACCGCACCGATTGCCATATTATCGTTAGCGGCAAAAATACCATTAACATTTGGATTAGCGGTTAAAata > 1:526417/1‑239 (MQ=255) tATTGATTTG‑TTTAACGCATGCTCAATAGCAATAGCCACTTGTTTTTTCGGCAGCTGATCAATAGTATTTTGCATTTTGCCTTGTTTTACATATTCAATGGCAAGCGGAATACCATCATAGCCGGTAACCAATACTTTGCCTGCCAGACCGGCGTTTTCCACAGCCGTAACCGCACCGATTGCCATATTATCGTTAGCGGCAAAAATACCATTAACATTTGGATTAGCGGTTAAAATATTAGTAGTTACAt < 1:616843/251‑1 (MQ=255) | CACCCAATTGCGATGGACCAAGGTTTACGTTTCGCTATCCGTGAAGGTGGCCGTACAGTGGGTGCCGGCGTGGTAGCTAAAATTATCAAATAATTGATAAGACAAACCAAAGTAAAACTGAAAAGGCGTATCGAAAGGTACGCCTTTTTGTTTGGTATCAAATCAGTAATTTTTAGATTGTTCTTTATCCACGACGACCGGATCTACATAATAAACAGCCGGAATTTCCTGTTTATTGATTTGTTTTAACGCATGCTCAATAGCAATAGCCACTTGTTTTTTCGGCAGCTGATCAATAGTATTTTGCATTTTGCCTTGTTTTACATATTCAATGGCAAGCGGAATACCATCATAGCCGGTAACCAATACTTTGCCTGCCAGACCGGCGTTTTCCACAGCCGTAACCGCACCGATTGCCATATTATCGTTAGCGGCAAAAATACCATTAACATTTGGATTAGCGGTTAAAATATTAGTAGTTACAT > 1/1520547‑1521031 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |