| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,478,710 | (A)7→6 | coding (1/429 nt) | unknown → | Type IV prepilin peptidase TadV/CpaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,478,704 | 0 | A | . | 100.0% | 353.7 / NA | 83 | intergenic (+11/‑6) | unknown/unknown | Flp pilus assembly protein, pilin Flp/Type IV prepilin peptidase TadV/CpaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base . (52/31); total (52/31) | |||||||||||
GATTTACTGGATTACTTTTATCGTCAAGTAGTCTTTTTTTCGTGTAAGTTTTACAGAAATCGACAAGGGATTACTTCTGTTGAGTATGGGCTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGAGGATAACAGCTTTATTAAGGCGTTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCTCTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGATAAAAAAATGAACTGGCTTATTAATACTTTAGTAGTCATAACGATCTTACTGCTGACTACTTTATCTGTAACTGACATTCGTTCTCGGATTATTAGTAACCGAGTCGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGACTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGATTTTTACTGTTTTCTTTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCT > 1/1478469‑1478948 | gATTTACTGGATTACTTTTATCATCAAGTAGTCTTTTCTTCGTATAGGTTTTACAGAAATCGACAAGGGATTACTTCTGTTGAGTATGGGTTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTgg > 1:886480/1‑249 (MQ=255) 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cTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATc < 1:235106/239‑1 (MQ=255) cTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTa > 1:124819/1‑248 (MQ=255) cTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTa > 1:23506/1‑248 (MQ=255) 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GATTTACTGGATTACTTTTATCGTCAAGTAGTCTTTTTTTCGTGTAAGTTTTACAGAAATCGACAAGGGATTACTTCTGTTGAGTATGGGCTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGAGGATAACAGCTTTATTAAGGCGTTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCTCTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGATAAAAAAATGAACTGGCTTATTAATACTTTAGTAGTCATAACGATCTTACTGCTGACTACTTTATCTGTAACTGACATTCGTTCTCGGATTATTAGTAACCGAGTCGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGACTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGATTTTTACTGTTTTCTTTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCT > 1/1478469‑1478948 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |