| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 124,548 | Δ1 bp | coding (411/1050 nt) | unknown → | tRNA‑dihydrouridine synthase DusB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 124,548 | 0 | G | . | 99.1% | 431.9 / ‑2.4 | 111 | coding (411/1050 nt) | unknown | tRNA‑dihydrouridine synthase DusB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base . (50/59); minor base T (0/1); total (51/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
TTCTCCGAAATGATGTCAACCAATCCACAGGTATGGTATACCGAGAAATCGAAACTGCGCTTGGCGCATCACCAAGAAGCAGGGATTAATGCCGTACAAATCGCGGGTTCCGATCCTGATGGAATGGCGCAAGCCGCTCAAGTGAATGTGGAATACGGCGCTCAGATTATCGATATTAATATGGGCTGTCCAGCAAAAAAGGTGAATCGTAAAATGGCGGGTTCCGCCCTTTTGCAATATCCTGACTTGGTTCGACGGATTCTTGAGGCTGTGGTGAAAGCAGTTAAGGTTCCGGTAACCTTGAAGATTCGCACAGGTTGGGATATGGAAAATCGAAATTGTGTAGAAATCGCCAAAATCGCAGAACAAAGCGGAATTCAAGCGCTCACCGTGCATGGTCGTACGCGCGCCTGTAAATTTGAAGGTGTGGCGGAATACGATTCCATTAAAGCGGTGAAGCAAAATGTTTCCCTTCCGG > 1/124315‑124792 | ttCTCCGAAATGATGTCAACCAATCCACAGGTATGGTATACCGAGAAATCGAAACTGCGCTTGGCGCATCACCAAGAAGCAGGGATTAATGCCGTACAAATCGCGGGTTCCGATCCTGATGGAATGGCGCAAGCCGCTCAAGTGAATGTGGAATACGGCGCTCAGATTATCGATATTAATATGGGCTGTCCAGCAAAAAAGGTGAATCGTAAAATGGCGGGTTCCGCCCTTTT‑CAATATCCTGACTTGGtt < 1:333131/251‑1 (MQ=255) tctcCGAAATGATGTCAACCAATCCACAGGTATGGTATACCGAGAAATCGAAACTGCGCTTGGCGCATCACCAAGAAGCAGGGATTAATGCCGTACAAATCGCGGGTTCCGATCCTGATGGAATGGCGCAAGCCGCTCAAGTGAATGTGGAATACGGCGCTCAGATTATCGATATTAATATGGGCTGTCCAGCAAAAAAGGTGAATCGTAAAATGGCGGGTTCCGCCCTTTT‑CAATATCCTGACTTGGtt > 1:238540/1‑250 (MQ=255) aaaTGATGTCAACCAATCCACAGGTATGGTATACCGAGAAATCGAAACTGCGCTTGGCGCATCACCAAGAAGCAGGGATTAATGCCGTACAAATCGCGGGTTCCGATCCTGATGGAATGGCGCAAGCCGCTCAAGTGAATGTGGAATACGGCGCTCAGATTATCGATATTAATATGGGCTGTCCAGCAAAAAAGGTGAATCGTAAAATGGCGGGTTCCGCCCTTTTCCAA‑ATCCTGACTTGGGTCGACggg > 1:428366/1‑250 (MQ=255) gatgTCAACCAATCCACAGGTATGGTATACCGAGAAATCGAAACTGCGCTTGGCGCATCACCAAGAAGCAGGGATTAATGCCGTACAAATCGCGGGTTCCGATCCTGATGGAATGGCGCAAGCCGCTCAAGTGAATGTGGAATACGGCGCTCAGATTATCGATATTAATATGGGCTGTCCAGCAAAAAAGGTGAATCGTAAAATGGCGGGTTCCGCCCTTTT‑CAATATCCTGACTTGGTTCGACGGAtt > 1:69023/1‑249 (MQ=255) 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ccAATCCACAGGTATGGTATACCGAGAAATCGAAACTGCGCTTGGCGCATCACCAAGAAGCAGGGATTAATGCCGTACAAATCGCGGGTTCCGATCCTGATGGAATGGCGCAAGCCGCTCAAGTGAATGTGGAATACGGCGCTCAGATTATCGATATTAATATGGGCTGTCCAGCAAAAAAGGTGAATCGTAAAATGGCGGGTTCCGCCCTTTT‑CAATATCCTGACTTGGTTCGACGGATTCTTGAgg > 1:811211/1‑248 (MQ=255) aTCCACAGGTATGGTATACCGAGAAATCGAAACTGCGCTTGGCGCATCACCAAGAAGCAGGGATTAATGCCGTACAAATCGCGGGTTCCGATCCTGATGGAATGGCGCAAGCCGCTCAAGTGAATGTGGAATACGGCGCTCAGATTATCGATATTAATATGGGCTGTCCGGCAAAAAAGGTGAATCGTAAAATGGCGGGTTCCGCCCTTTT‑CAATATCCTGACTTGGGTCGACGGGTTCTTTAGGCtgggg > 1:440757/1‑248 (MQ=255) aTCCACAGGTATGGTATACCGAGAAATCGAAACTGCGCTTGGCGCATCACCAAGAAGCAGGGATTAATGCCGTACAAATCGCGGGTTCCGATCCTGATGGAATGGCGCAAGCCGCTCAAGTGAATGTGGAATACGGCGCTCAGATTATCGATATTAATATGGGCTGTCCAGCAAAAAAGGTGAATCGTAAAATGGCGGGTTCCGCCCTTTT‑CAATATCCTGACTTTGTTCGACGGGTTCTTGAGGCTgtgg > 1:310167/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |