| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,049,233 | Δ1 bp | intergenic (+91/‑33) | unknown → / → unknown | Glycogen synthase, ADP‑glucose transglucosylase (EC 2.4.1.21)/Glycogen phosphorylase (EC 2.4.1.1) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,049,233 | 0 | G | . | 100.0% | 93.0 / NA | 23 | intergenic (+91/‑33) | unknown/unknown | Glycogen synthase, ADP‑glucose transglucosylase (EC 2.4.1.21)/Glycogen phosphorylase (EC 2.4.1.1) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base . (11/12); total (11/12) | |||||||||||
GACTTACGTCATGCGTTGCAAGCGGCATTTGCTTTATGGAAAAAACAACGCTTATGGGCAAGTGTTCGCGTTATTGCAATGGAACAAGATTTCAGTTGGCAAATCTCTGCAACCCACTACCAATATTTATATCAACGAATTTTATCTAAGTAATGAAATAGTTAATCTTTCGTTCAAGTAAAAATACGGCTTGAACGGAAGATTATTATTGTTTTTTTATCTCGAATGATTAAAATTTCACCTGTTTTTTTGATTGTTAACTGAGGACTATTTTATATGATAATGGATAACTTCGATTCTCCATTCTTGTACGATCATCCTGAAATCAATGTGGCATCATTGAAGAAGGCGATCGTCTATAAACTGATTTTTCTTATCGGGCGCTCGCCTAAAGAGGCAAGTCAGCGCGATTGGTTAAACGCGACCTTATATGCAGTGCGTGATTTTGTGACGGAAGGTTGGAT > 1/1048990‑1049453 | gaCTTACGTCATGCGTTGCAAGCGGCATTTGCTTTATGGAAAAAACAACGCTTATGGGCAAGTGTTCGCGTTATTGCAATGGAACAAGATTTCAGTTGGCAAATCTCTGCAACCCACTACCAATATTTATATCAACGAATTTTATCTAAGTAATGAAATAGTTAATCTTTCGTTCAAGTAAAAATACGGCTTGAACGGAAGATTATTATTGTTTTTTTATCTCGAATGATTAAAATTTCACCT‑TTTTTTTg > 1:745610/1‑251 (MQ=255)gaCTTACGTCATGCGTTGCAAGCGGCATTTGCTTTATGGAAAAAACAACGCTTATGGGCAAGTGTTCGCGTTATTGCAATGGAACAAGATTTCAGTTGGCAAATCTCTGCAACCCACTACCAATATTTATATCAACGAATTTTATCTAAGTAATGAAATAGTTAATCTTTCGTTCAAGTAAAAATACGGCTTGAACGGAAGATTATTATTGTTTTTTTATCTCGAATGATTAAAATTTCACCT‑TTTTTTTg > 1:339725/1‑251 (MQ=255) cGGCATTTGCTTTATGGAAAAAACAACGCTTATGGGCAAGTGTTCGCGTTATTGCAATGGAACAAGATTTCAGTTGGCAAATCTCTGCAACCCACTACCAATATTTATATCAACGAATTTTATCTAAGTAATGAAATAGTTAATCTTTCGTTCAAGTAAAAATACGGCTTGAACGGAAGATTATTATTGTTTTTTTATCTCGAATGATTAAAATTTCACCT‑TTTTTTTGATTGTTAACTGAGGACTAttt < 1:731014/250‑1 (MQ=255) cATTTGCTTTATGGAAAAAACAACGCTTATGGGCAAGTGTTCGCGTTATTGCAATGGAACAAGATTTCAGTTGGCAAATCTCTGCAACCCACTACCAATATTTATATCAACGAATTTTATCTAAGTAATGAAATAGTTAATCTTTCGTTCAAGTAAAAATACGGCTTGAACGGAAGATTATTATTGTTTTTTTATCTCGAATGATTAAAATTTCACCT‑TTTTTTTGATTGTTAACTGAGGACTATTTtata < 1:702240/251‑1 (MQ=255) cATTTGCTTTATGGAAAAAACAACGCTTATGGGCAAGTGTTCGCGTTATTGCAATGGAACAAGATTTCAGTTGGCAAATCCCTGCAACCCACTACCAATATTTATATCAACGAATTTTATCTAAGTAATGAAATAGTTAATCTTTCGTTCAAGTAAAAATACGGCTTGAACGGAAGATTATTATTGTTTTTTTATCTCGAATGATTAAAATTTCACCT‑TTTTTTTGATTGTTAACTGAGGACTATTTtat < 1:432738/250‑1 (MQ=255) tGCTTTATGGAAAAAACAACGCTTATGGGCAAGTGTTCGCGTTATTGCAATGGAACAAGATTTCAGTTGGCAAATCTCTGCAACCCACTACCAATATTTATATCAACGAATTTTATCTAAGTAATGAAATAGTTAATCTTTCGTTCAAGTAAAAATACGGCTTGAACGGAAGATTATTATTGTTTTTTTATCTCGAATGATTAAAATTTCACCT‑TTTTTTTGATTGTTAACTGAGGACTATTTTATATGAt < 1:61720/251‑1 (MQ=255) cTTATGGGCAAGTGTTCGCGTTATTGCAATGGAACAAGATTTCAGTTGGCAAATCTCTGCAACCCACTACCAATATTTATATCAACGAATTTTATCTAAGTAATGAAATAGTTAATCTTTCGTTCAAGTAAAAATACGGCTTGAACGGAAGATTATTATTGTTTTTTTATCTCGAATGATTAAAATTTCACCT‑TTTTTTTGATTGTTAACTGAGGACTATTTTATATGATAATGGATAACTTCGATtctc > 1:891882/1‑250 (MQ=255) tgtTCGCGTTATTGCAATGGAACAAGATTTCAGTTGGCAAATCTCTGCAACCCACTACCAATATTTATATCAACGAATTTTATCTAAGTAATGAAATAGTTAATCTTTCGTTCAAGTAAAAATACGGCTTGAACGGAAGATTATTATTGTTTTTTTATCTCGAATGATTAAAATTTCACCT‑TTTTTTTGATTGTTAACTGAGGACTATTTTATATGATAATGGATAACTTCGATTCTCCATTCTTGTAc < 1:488992/249‑1 (MQ=255) tgtTCGCGTTATTGCAATGGAACAAGATTTCAGTTGGCAAATCTCTGCAACCCACTACCAATATTTATATCAACGAATTTTATCTAAGTAATGAAATAGTTAATCTTTCGTTCAAGTAAAAATACGGCTTGAACGGAAGATTATTATTGTTTTTTTATCTCGAATGATTAAAATTTCACCT‑TTTTTTTGATTGTTAACTGAGGACTATTTTATATGATAATGGATAACTTCGATTCTCCATTCTTGTACGa < 1:876609/251‑1 (MQ=255) tgtTCGCGTTATTGCAATGGAACAAGATTTCAGTTGGCAAATCTCTGCAACCCACTACCAATATTTATATCAACGAATTTTATCTAAGTAATGAAATAGTTAATCTTTCGTTCAAGTAAAAATACGGCTTGAACGGAAGATTATTATTGTTTTTTTATCTCGAATGATTAAAATTTCACCT‑TTTTTTTGATTGTTAACTGAGGACTATTTTATATGATAATGGATAACTTCGATTCTCCATTCTTGTACGa < 1:558751/251‑1 (MQ=255) tGGCAAATCTCTGCAACCCACTACCAATATTTATATCAACGAATTTTATCTAAGTAATGAAATAGTTAATCTTTCGTTCAAGTAAAAATACGGCTTGAACGGAAGATTATTATTGTTTTTTTATCTCGAATGATTAAAATTTCACCT‑TTTTTTTGATTGTTAACTGAGGACTATTTTATATGATAATGGATAACTTCGATtc > 1:600569/1‑202 (MQ=255) ctctGCAACCCACTACCAATATTTATATCAACGAATTTTATCTAAGTAATGAAATAGTTAATCTTTCGTTCAAGTAAAAATACGGCTTGAACGGAAGATTATTATTGTTTTTTTATCTCGAATGATTAAAATTTCACCT‑TTTTTTTGATTGTTAACTGAGGACTAttt < 1:246914/168‑1 (MQ=255) ctGCAACCCACTACCAATATTTATATCAACGAATTTTATCTAAGTAATGAAATAGTTAATCTTTCGTTCAAGTAAAAATACGGCTTGAACGGAAGATTATTATTGTTTTTTTATCTCGAATGATTAAAATTTCACCT‑TTTTTTTGATTGTTAACTGAGGACTATTTTATATg > 1:478378/1‑172 (MQ=255) cTACCAATATTTATATCAACGAATTTTATCTAAGTAATGAAATAGTTAATCTTTCGTTCAAGTAAAAATACGGCTTGAACGGAAGATTATTATTGTTTTTTTATCTCGAATGATTAAAATTTCACCT‑TTTTTTTGATTGTTAACTGAGGACTATTTTatat > 1:662209/1‑161 (MQ=255) tatTTATATCAACGAATTTTATCTAAGTAATGAAATAGTTAATCTTTCGTTCAAGTAAAAATACGGCTTGAACGGAAGATTATTATTGTTTTTTTATCTCGAATGATTAAAATTTCACCT‑TTTTTTTGATTGTTAACTGAGGACTATTTTATATg < 1:109045/155‑1 (MQ=255) gTAATGAAATAGTTAATCTTTCGTTCAAGTAAAAATACGGCTTGAACGGAAGATTATTATTGTTTTTTTATCTCGAATGATTAAAATTTCACCT‑TTTTTTTGATTGTTAACTGAGGACTATTTTATATGATAATGGATAACTTCGATTCTCCATTCTTGTAc < 1:307042/162‑1 (MQ=255) gTAATGAAATAGTTAATCTTTCGTTCAAGTAAAAATACGGCTTGAACGGAAGATTATTATTGTTTTTTTATCTCGAATGATTAAAATTTCACCT‑TTTTTTTGATTGTTAACTGAGGACTATTTTATATGATAATGGATAACTTCGATTCTCCATTCTTGTACGATCATCCCGAAATCAATATGGCATCATTGAAGAAGGCGATCGTCTATAAACTGATTTTTCTTATCGGGCGCTCGCCTAAag < 1:30756/244‑1 (MQ=255) gTAATGAAATAGTTAATCTTTCGTTCAAGTAAAAATACGGCTTGAACGGAAGATTATTATTGTTTTTTTATCTCGAATGATTAAAATTTCACCT‑TTTTTTTGATTGTTAACTGAGGACTATTTTATATGATAATGGATAACTTCGATTCTCCATTCTTGTACGATCATCCCGAAATCAATATGGCATCATTGAAGAAGGCGATCGTCTATAAACTGATTTTTCTTATCGGGCGCTCGCCTAAAGAGGCAAg > 1:430481/1‑251 (MQ=255) aGTTAATCTTTCGTTCAAGTAAAAATACGGCTTGAACGGAAGATTATTATTGTTTTTTTATCTCGAATGATTAAAATTTCACCT‑TTTTTTTGATTGTTAACTGAGGACTATTTTATATGAt > 1:698908/1‑121 (MQ=255) cTTTCGTTCAAGTAAAAATACGGCTTGAACGGAAGATTATTATTGTTTTTTTATCTCGAATGATTAAAATTTCACCT‑TTTTTTTGATTGTTAACTGAGGACTATTTTatat < 1:332139/111‑1 (MQ=255) gTAAAAATACGGCTTGAACGGAAGATTATTATTGTTTTTTTATCTCGAATGATTAAAATTTCACCT‑TTTTTTTGATTGTTAACTGAGGACTATTTTATATg > 1:52279/1‑101 (MQ=255) tttttATCTCGAATGATTAAAATTTCACCT‑TTTTTTTGATTGTTAACTGAGGACTATTTTATATGATAATGGATAACTTCGATTCTCCATTCTTGTACGATCATCCCGAAATCAATATGGCATCATTGAAGAAGGCGATCGTCTATAAACTGATTTTTCTTATCGGGCGCTCGCCTAAAGAGGCAAGTCAGCGCGATTGGTTAAACGCGACCTTATATGCAGTGCGTGATTTTGTGACGGAAGGTTGGAt > 1:527694/1‑250 (MQ=255) tttttATCTCGAATGATTAAAATTTCACCT‑TTTTTTTGATTGTTAACTGAGGACTATTTTATATGATAATGGATAACTTCGATTCTCCATTCTTGTACGATCATCCCGAAATCAATATGGCATCATTGAAGAAGGCGATCGTCTATAAACTGATTTTTCTTATCGGGCGCTCGCCTAAAGAGGCAAGTCAGCGCGATTGGTTAAACGCGACCTTATATGCAGTGCGTGATTTTGTGACGGAAGGTTGGAt > 1:70081/1‑250 (MQ=255) | GACTTACGTCATGCGTTGCAAGCGGCATTTGCTTTATGGAAAAAACAACGCTTATGGGCAAGTGTTCGCGTTATTGCAATGGAACAAGATTTCAGTTGGCAAATCTCTGCAACCCACTACCAATATTTATATCAACGAATTTTATCTAAGTAATGAAATAGTTAATCTTTCGTTCAAGTAAAAATACGGCTTGAACGGAAGATTATTATTGTTTTTTTATCTCGAATGATTAAAATTTCACCTGTTTTTTTGATTGTTAACTGAGGACTATTTTATATGATAATGGATAACTTCGATTCTCCATTCTTGTACGATCATCCTGAAATCAATGTGGCATCATTGAAGAAGGCGATCGTCTATAAACTGATTTTTCTTATCGGGCGCTCGCCTAAAGAGGCAAGTCAGCGCGATTGGTTAAACGCGACCTTATATGCAGTGCGTGATTTTGTGACGGAAGGTTGGAT > 1/1048990‑1049453 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |