| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 296,838 | 2 bp→AT | intergenic (‑12209/‑66488) | unknown ← / → unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑SeC(p)‑TCA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 296,838 | 0 | T | A | 100.0% | 192.2 / NA | 67 | intergenic (‑12209/‑66489) | unknown/unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑SeC(p)‑TCA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (26/41); total (26/41) | |||||||||||
| * | 1 | 296,839 | 0 | A | T | 100.0% | 190.3 / NA | 67 | intergenic (‑12210/‑66488) | unknown/unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑SeC(p)‑TCA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (26/41); total (26/41) | |||||||||||
TCCGCTCGTAAGACGGGGATAAAGCGGAGTCAAACCAAAACGAGCTCGTGTGGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑ACATAGTCCAAAGCAAACTTTACAAAACCTAAAAGCCCTTGAAAATATTAACCTCAAGGGCTTTTTTATTTCCTAAGCGTTCCTATAAGATACTACCAAAGCCTTGAATTTTAGTTATACGATTACCGCACTTTGGGCA > 1/296604‑296956 || tCCGCTCGTAAGACGGGGATAAAGCGGAGTCAAACCAAAACGAGCTCGTGTGGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAGGcc < 1:19465/251‑1 (MQ=255) cGTAAGACGGGGATAAAGCGGAGTCAAACCAAAACGAGCTCGTGTGGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGaa < 1:790520/251‑1 (MQ=255) cGTAAGACGGGGATAAAGCGGAGTCAAACCAAAACGAGCTCGTGTGGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGAGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGaa > 1:353421/1‑251 (MQ=255) tAAGACGGGGATAAAGCGGAGTCAAACCAAAACGAGCTCGTGTGGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGaaag < 1:346129/251‑2 (MQ=255) gggATAAAGCGGAGTCAAACCAAAACGAGCTCGTGTGGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTaa > 1:846991/1‑250 (MQ=255) gggATAAAGCGGAGTCAAACCAAAACGAGCTCGTGTGGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTaa > 1:872162/1‑250 (MQ=255) ggATAAAGCGGAGTCAAACCAAAACGAGCTCGTGTGGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAAc < 1:167563/250‑1 (MQ=255) aTAAAGCGGAGTCAAACCAAAACGAGCTCGTGTGGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAActt < 1:315792/250‑3 (MQ=255) aaGCGGAGTCAAACCAAAACGAGCTCGTGTGGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAActttaag < 1:402298/251‑7 (MQ=255) aaGCGGAGTCAAACCAAAACGAGCTCGTGTGGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAActttaag < 1:43334/251‑7 (MQ=255) cAAACCAAAACGAGCTCGTGTGGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTC‑ACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGCtttttat < 1:374889/251‑3 (MQ=255) aaaCCAAAACGAGCTCGTGTGGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGCtttttat < 1:679841/251‑3 (MQ=255) ccAAAACGAGCTCGTGTGGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGCtttttatatc < 1:704843/251‑6 (MQ=255) ccAAAACGAGCTCGTGTGGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGCtttttatat > 1:387284/1‑246 (MQ=255) cAAAACGAGCTCGTGTGGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGCtttttatatcc < 1:502675/251‑7 (MQ=255) cAAAACGAGCTCGTGTGGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGCtttttatatcc < 1:602210/251‑7 (MQ=255) aaaCGAGCTCGTGTGGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAAC‑CCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGCtttttatatcc < 1:229110/248‑7 (MQ=255) aGCTCGTGTGGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCg < 1:398920/250‑1 (MQ=255) cTCGTGTGGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGtt > 1:385821/1‑250 (MQ=255) gtgtGGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCta > 1:599406/1‑251 (MQ=255) tgGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCATACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatcc < 1:642478/251‑3 (MQ=255) tgGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatcc < 1:548972/251‑3 (MQ=255) tgGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatcc < 1:121920/251‑3 (MQ=255) tgGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatcc < 1:702244/251‑3 (MQ=255) tgGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAACTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatcc < 1:859025/251‑3 (MQ=255) aaGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatccaat < 1:796451/251‑6 (MQ=255) cACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCg < 1:192630/235‑1 (MQ=255) aCCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGaa > 1:457576/1‑199 (MQ=255) cGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatccaatcctataa < 1:107541/251‑13 (MQ=255) gTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAATAC‑CAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatccaatcctataa < 1:485932/250‑13 (MQ=255) tttGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatccaatcctataaaa < 1:401771/251‑15 (MQ=255) tttGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatccaatcctataaaa < 1:702802/251‑15 (MQ=255) tttGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatcc > 1:213460/1‑237 (MQ=255) tGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatccaatcctataaaatc < 1:703439/251‑17 (MQ=255) aaGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAAct > 1:110349/1‑193 (MQ=255) gCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAActt > 1:875347/1‑191 (MQ=255) gCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAAc > 1:33879/1‑191 (MQ=255) cATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAg < 1:450154/251‑1 (MQ=255) aattaaatCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatccaatcctataa > 1:267982/1‑218 (MQ=255) aaatCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGGATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGCtttttatatcc < 1:623468/201‑7 (MQ=255) aatCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACgttt > 1:547422/1‑248 (MQ=255) cAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACGTTTagt < 1:583234/251‑3 (MQ=255) tAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACGTTTagttatac < 1:593805/251‑8 (MQ=255) tAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACGTTTagttatac < 1:479703/251‑8 (MQ=255) aGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatccaatcc > 1:539839/1‑204 (MQ=255) gCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTta < 1:448242/234‑1 (MQ=255) tAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatccaatcc > 1:333447/1‑200 (MQ=255) tAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACGTTTagttatactgatc < 1:741175/251‑13 (MQ=255) aTTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACGTTTagttatactgatagc < 1:741132/251‑15 (MQ=255) tCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACg > 1:885298/1‑229 (MQ=255) gtgtCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACGTTTagttatactg > 1:159848/1‑229 (MQ=255) gtgtCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACGTTTagttatac > 1:257305/1‑229 (MQ=255) tgtCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAAc > 1:603038/1‑156 (MQ=255) tgtCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatccaatcc < 1:311278/196‑8 (MQ=255) ccgCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGcc > 1:298908/1‑134 (MQ=255) ggATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGCttttta > 1:179831/1‑158 (MQ=255) ggATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACGTTTagttatactg > 1:46508/1‑216 (MQ=255) gATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatccaatcctataaaa < 1:11837/190‑15 (MQ=255) aGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGCtttttatatcc < 1:629473/158‑7 (MQ=255) gACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACGTTTagttatac > 1:98202/1‑193 (MQ=255) aaCGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatccaatcc < 1:234182/156‑8 (MQ=255) aaCGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatcc > 1:471394/1‑149 (MQ=255) cGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGCtttttatatcc > 1:806771/1‑128 (MQ=255) gtgtAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACGTTTagttatac < 1:3565/192‑8 (MQ=255) aGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGCtttttatatc > 1:507417/1‑123 (MQ=255) gTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGaaa < 1:660027/100‑1 (MQ=255) tttCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtat < 1:241467/123‑1 (MQ=255) || TCCGCTCGTAAGACGGGGATAAAGCGGAGTCAAACCAAAACGAGCTCGTGTGGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑ACATAGTCCAAAGCAAACTTTACAAAACCTAAAAGCCCTTGAAAATATTAACCTCAAGGGCTTTTTTATTTCCTAAGCGTTCCTATAAGATACTACCAAAGCCTTGAATTTTAGTTATACGATTACCGCACTTTGGGCA > 1/296604‑296956 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |