| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 731,781 | T→C | intergenic (‑9067/‑55410) | unknown ← / → unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Leu‑GAG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 731,781 | 0 | T | C | 98.8% | 250.0 / ‑4.8 | 84 | intergenic (‑9067/‑55410) | unknown/unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Leu‑GAG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (48/35); total (48/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
TGTTGATTAATAAAGGCGATCGTTTTGTCATCGAATCTCTTCGCCTACAATTGGAAAAAGCGGGTTATCGTGCGGTGGAGCAGGTATTGGAACATGGCGAATATGCGGTGCGCGGTGCGTTGTTGGATTTGTTCCCGATGGGAAGTGCGGTGCCTTTTCGCTTAGATTTTTTTGATGATGAAATTGATTCCATTCGCACTTTTGATGTGGACACCCAGCGTACGTTGCAGGAAATCGACCAAATTAATTTATTGCCGGCACATGAATTTCCGACGGATAGCACGGGTATTGAATTTTTCCGTAGCCAATTTCGGGCGGAATTCGGGGAAATTCGACGGGATCCGGAACACATTTATCAACAGGTCAGCAAAGGCACGCTGGCTGCGGGCATTGAATATTGGCAGCCGCTGTTTTTTGAGCAAATGGCAACCTTGTTCAATTATTTTCCGGTAAATACGCTGTTTACTACCGCCGAG > 1/731537‑732012 | tgttgATTAATAAAGGCGATCGTTTTGTCATCGAATCTCTTCGCCTGCAATTGGAGAAAGCGGGTTATCGTGCGGTGGAGCAGGTATTGGAACATGGCGAATATGCGGTGCGCGGTGCGTTGTTGGATTTGTTCCCGATGGGAAGTGCGGTGCCTTTTCGCTTAGATTTTTTTGATGATGAAATTGATTCCATTCGCACTTTTGATGTGGACACCCAGCGTACGTTGCAGGAAATCGACCAAATCAATTTa < 1:514247/251‑1 (MQ=255) taataaAGGCGATCGTTTTGTCATCGAATCTCTTCGCCTGCAATTGGAGAAAGCGGGTTATCGTGCGGTGGAGCAGGTATTGGAACATGGCGAATATGCGGTGCGCGGTGCGTTGTTGGATTTGTTCCCGATGGGAAGTGCGGTGCCTTTTCGCTTAGATTTTTTTGATGATGAAATTGATTCCATTCGCACTTTTGATGTGGACACCCAGCGTACGTTGCAGGAAATCGACCAAATCAATTTATTGCCgg > 1:782436/1‑251 (MQ=255) gAATCTCTTCGCCTGCAATTGGAGAAAGCGGGTTATCGTGCGGTGGAGCAGGTATTGGAACATGGCGAATATGCGGTGCGCGGTGCGTTGTTGGATTTGTTCCCGATGGGAAGTGCGGTGCCTTTTCGCTTAGATTTTTTTGATGATGAAATTGATTCCATTCGCACTTTTGATGTGGACACCCAGCGTACGTTGCAGGAAATCGACCAAATCAATTTATTGCCGGCACATGAATTTCCGACGGAt < 1:56571/246‑1 (MQ=255) aaTCTCTTCGCCTGCAATTGGAGAAAGCGGGTTATCGTGCGGTGGAGCAGGTATTGGAACATGGCGAATATGCGGTGCGCGGTGCGTTGTTGGATTTGTTCCCGATGGGAAGTGCGGTGCCTTTTCGCTTAGATTTTTTTGATGATGAAATTGATTCCATTCGCACTTTTGATGTGGACACCCAGCGTACGTTGCAGGAAATCGACCAAATCAATTTATTGCCGGCACATGAATTTCCGACGGATAGCAc < 1:510705/250‑1 (MQ=255) 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1:638059/1‑241 (MQ=255) ttgttgGATTTGTTCCCGATGGGAAGTGCGGTGCCTTTTCGCTTAGATTTTTTTGATGATGAAATTGATTCCATTCGCACTGTTGATGTGGACACCCAGCGTACGTTGCAGGAAATCGACCAAATCAATTTATTGCCGGCACATGAATTTCCGACGGATAGCACGGGTATTGAATTTTTCCGTAGCCAATTTCGGGCGGAATTCGGGGAAATTCGACGGGATCCGGAACACATTTATCAACAGGTCAGCaa < 1:438929/251‑1 (MQ=255) gttgGATTTGTTCCCGATGGGAAGTGCGGTGCCTTTTCGCTTAGATTTTTTTGATGATGAAATTGATTCCATTCGCACTTTTGATGTGGACACCCAGCGTACGTTGCAGGAAATCGACCAAATCAATTTATTGCCGGCACATGAATTTCCGACGGATAGCACGGGTATTGAATTTTTCCGTAGCCAATTTCGGGCGGAATTCGGGGAAATTCGACGGGATCCGGAACACATTTATCAAc < 1:686204/239‑1 (MQ=255) gttgGATTTGTTCCCGATGGGAAGTGCGGTGCCTTTTCGCTTAGATTTTTTTGATGATGAAATTGATTCCATTCGCACTTTTGATGTGGACACCCAGCGTACGTTGCAGGAAATCGACCAAATCAATTTATTGCCGGCACATGAATTTCCGACGGATAGCACGGGTATTGAATTTTTCCGTAGCCAATTTCGGGCGGAATTCGGGGAAATTCGACGGGATCCGGAACACATTTATCAACAGGTCAGCAAAg > 1:318182/1‑251 (MQ=255) aTTTGTTCCCGATGGGAAGTGCGGTGCCTTTTCGCTTAGATTTTTTCGATGATGAAATTGATTCCATTCGCACTTTTGATGTGGACACCCAGCGTACGTTGCAGGAAATCGACCAAATCAAttt < 1:610668/124‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gTGCCTTTTCGCTTAGATTTTTTTGATGATGAAATTGATTCCATTCGCACTTTTGATGTGGACACCCAGCGTACGTTGCAGGAAATCGACCAAATCAATTTATTGCCGGCACATGAATTTCCGACGGATAGCACGGGTATTGAATTTTTCCGTAGCCAATTTCGGGCGGAATTCGGGGAAATTCGACGGGATCCGGAACACATTTATCAAc > 1:315710/1‑211 (MQ=255) gTGCCTTTTCGCTTAGATTTTTTTGATGATGAAATTGATTCCATTCGCACTTTTGATGTGGACACCCAGCGTACGTTGCAGGAAATCGACCAAATCAATTTATTGCCGGCACATGAATTTCCGACGGATAGCACGGGTATTGAATTTTTCCGTAGCCAATTTCGGGCGGAATTCGGGGAAATTCGACGGGATCCGGAACACATTTATCAACAGGTCAGCAAAGGCa > 1:666784/1‑226 (MQ=255) gTGCCTTTTCGCTTAGATTTTTTTGATGATGAAATTGATTCCATTCGCACTTTTGATGTGGACACCCAGCGTACGTTGCAGGAAATCGACCAAATCAATTTATTGCCGGCACATGAATCTCCGACGGATAGCAc < 1:680823/134‑1 (MQ=255) tGCCTTTTCGCTTAGATTTTTTTGATGATGAAATTGATTCCATTCGCACTTTTGATGTGGACACCCAGCGTACGTTGCAGGAAATCGACCAAATCAATTTATTGCCGGCACATGAATTTCCGACGGATAGCACGGGTATTGAATTTTTCCGTAGCCAATTTCGGGCGGAATTCGGGGAAATTCGACGGGATCCGGAACACATTTATCAACAGGTCAGCAAAGGCACGCTGGCTGCGGGCATTGAATATTgg < 1:600370/251‑1 (MQ=255) 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aaaTTGATTCCATTCGCACTTTTGATGTGGACACCCAGCGTACGTTGCAGGAAATCGACCAAATCAATTTATTGCCGGCACATGAATTTCCGACGGATAGCACGGGTATTGAATTTTTCCGTAGCCAATTTCGGGCGGAATTCGGGGAAATTCGACGGGATCCGGAACACATTTATCAACAGGTCAGCAAAGGCACGCTGGCTGCGGGCATTGAATATTGGCAGCCGCTGTTTTTTGAGCAAATGGCAAc < 1:743871/250‑1 (MQ=255) aaaTTGATTCCATTCGCACTTTTGATGTGGACACCCAGCGTACGTTGCAGGAAATCGACCAAATCAATTTATTGCCGGCACATGAATTTCCGACGGATAGCACGGGTATTGAATTTTTCCGTAGCCAATTTCGGGCGGAATTCGGGGAAATTCGACGGGATCCGGAACACATTTATCAACAGGTCAGCAAAGGCACGCTGGCTGCGGGCATTGAATATTGGCAGCCGCTGTTTTTTGAGCAAATGGCAAc < 1:369879/250‑1 (MQ=255) aTTGATTCCATTCGCACTTTTGATGTGGACACCCAGCGTACGTTGCAGGAAATCGACCAAATCAATTTATTGCCGGCACATGAATTTCCGACGGATAGCACGGGTATTGAATTTTTCCGTAGCCAATTTCGGGCGGAATTCGGGGAAATTCGACGGGATCCGGAACACATTTATCAACAGGTCAGCAAAGGCACGCTGGCTGCGGGCATTGAATATTGGCAGCCGCTGTTTTTTGAGCAAATGGCAACCtt > 1:589782/1‑251 (MQ=255) 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cTTTTGATGTGGACACCCAGCGTACGTTGCAGGAAATCGACCAAATCAATTTATTGCCGGCACATGAATTTCCGACGGATAGCACGGGTATTGAATTTTTCCGTAGCCAATTTCGGGCGGAATTCGGGGAAATTCGACGGGATCCGGAACACATTTATCAACAGGTCAGCAAAGGCACGCTGGCTGCGGGCATTGAATATTGGCAGCCGCTGTTTTTTg > 1:232679/1‑219 (MQ=255) cTTTTGATGTGGACACCCAGCGTACGTTGCAGGAAATCGACCAAATCAATTTATTGCCGGCACATGAATTTCCGACGGATAGCACGGGTATTGAATTTTTCCGTAGCCAATTTCGGGCGGAATTCGGGGAAATTCGACGGGATCCGGAACACATTTATCAACAGGTCAGCAAAGGCACGCTGGCTGCGGGCATTGAATATTGGCAGCCGCTGTTTTTTGAGCAAATGGc > 1:550503/1‑229 (MQ=255) cTTTTGATGTGGACACCCAGCGTACGTTGCAGGAAATCGACCAAATCAATTTATTGCCGGCACATGAATTTCCGACGGATAGCACGGGTATTGAATTTTTCCGTAGCCAATTTCGGGCGGAATTCGGGGAAATTCGACGGGATCCGGAACACATTTATCAACAGGTCAGCAAAGGCACGCTGGCTGCGGGCATTGAATATTGGCAGCCGCTGTTTTTTGAGCAAATGGCAACCTTGTTCAATTATTTTCCg > 1:856609/1‑251 (MQ=255) 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(MQ=255) gCGTACGTTGCAGGAAATCGACCAAATCAATTTATTGCCGGCACATGAATTTCCGACGGATAGCACGGGTATTGAATTTTTCCGTAGCCAATTTCGGGCGGAATTCGGGGAAATTCGACGGGATCCGGAACACATTTATCAACAGGTCAGCAAAGGCACGCTGGCTGCGGGCATTGAATATTGGCAGCCGCTGTTTTTTGAGCAAATGGCAACCTTGTTCAATTATTTTCCGGTAAATACGCTGTTtatta > 1:770730/1‑248 (MQ=255) cGTACGTTGCAGGAAATCGACCAAATCAATTTATTGCCGGCACATGAATTTCCGACGGATAGCACGGGTATTGAATTTTTCCGTAGCCAATTTCGGGCGGAATTCGGGGAAATTCGACGGGATCCGGAACACATTTATCAACAGGTCAGCAAAGGCACGCTGGCTGCGGGCATTGAATATTGGCAGCCGCTGTTTTTTGAGCAAATGGCAACCTTGTTCAATTATTTTCCGGTAAATACGCTGTTtattac < 1:536819/251‑1 (MQ=255) cGTACGTTGCAGGAAATCGACCAAATCAATTTATTGCCGGCACATGAATTTCCGACGGATAGCACGGGTATTGAATTTTTCCGTAGCCAATTTCGGGCGGAATTCGGGGAAATTCGACGGGATCCGGAACACATTTATCAACAGGTCAGCAAAGGCACGCTGGCTGCGGGCATTGAATATTGGCAGCCGCTGTTTTTTGAGCAAATGGCAACCTTGTTCAATTATTTTCCGGTAAATACGCTGTTtatta > 1:99145/1‑247 (MQ=255) 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TGTTGATTAATAAAGGCGATCGTTTTGTCATCGAATCTCTTCGCCTACAATTGGAAAAAGCGGGTTATCGTGCGGTGGAGCAGGTATTGGAACATGGCGAATATGCGGTGCGCGGTGCGTTGTTGGATTTGTTCCCGATGGGAAGTGCGGTGCCTTTTCGCTTAGATTTTTTTGATGATGAAATTGATTCCATTCGCACTTTTGATGTGGACACCCAGCGTACGTTGCAGGAAATCGACCAAATTAATTTATTGCCGGCACATGAATTTCCGACGGATAGCACGGGTATTGAATTTTTCCGTAGCCAATTTCGGGCGGAATTCGGGGAAATTCGACGGGATCCGGAACACATTTATCAACAGGTCAGCAAAGGCACGCTGGCTGCGGGCATTGAATATTGGCAGCCGCTGTTTTTTGAGCAAATGGCAACCTTGTTCAATTATTTTCCGGTAAATACGCTGTTTACTACCGCCGAG > 1/731537‑732012 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |