| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 658,122 | T→C | intergenic (+47948/+35235) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Asn‑GTT/tRNA‑Thr‑GGT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 658,122 | 0 | T | C | 98.0% | 304.5 / ‑2.2 | 102 | intergenic (+47948/+35235) | unknown/unknown | tRNA‑Asn‑GTT/tRNA‑Thr‑GGT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (50/50); minor base A (2/0); total (52/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
TAATTAGGGTACATCCGCTCGCACAGGCACGCTATGAAAGTCAGGTGTTGCCAGGTGGCTAAATTTTCTAAACGTTTATGAATAGGATTTCGCATCATATTTCCACCGCACTTTAGAGATGATAAGGCTGAGACAGCTGATGTACTGCGTCTACCAACCGTTTCGGACTTTCTACCGGCACATCCTGATGAATGCCGTGACCGAGGTTAAACACATGGCCGTTGCCCGCACCAAACGCCG‑CTAAAATTGACCGCACTTCATCTTCAATTCGGTTTGCCGGTGCGTACAACACGCTCGGATCCAAATTGCCTTGCAGCGCTATTTTATGCCCCACACGACGACGGGCTTCGGCGATGTCCACCGTCCAGTCCAGCCCCACCGCATCACAGCCGGTGTCGGCAATGGCTTCCAGCCAGAGTCCGCCGCCTTTGGTAAATAACGTGACCGGCACGCGACGCTCTTCATGTTCGCGAATTAAGC > 1/657881‑658360 | tAATTAGGGTACATCCGCTCGCACAGGCACGCTATGAAAGTCAGGTGTTGCCAGGTGGCTAAATTTTCTAAACGTTTATGAATAGGATTTCGCATCATATTTCCACCGCACTTTAGAGATGATAAGGCTGAGACAGCTGATGTACTGCGTCTACCAACCGTTTCGGACTTTCTACCGGCACATCCTGATGAATGCCGTGACCGAGGTTAAACACATGGCCGTTGCCCGCACCAAACGCCG‑CCAAAATTGa > 1:640316/1‑250 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tCAGGTGTTGCCAGGTGGCTAAATTTTCTAAACGTTTATGAATAGGATTTCGCATCATATTTCCACCGCACTTTAGAGATGATAAGGCTGAGACAGCTGATGTACTGCGTCTACCAACCGTTTCGGACTTTCTACCGGCACATCCTGATGAATGCCGTGACCGAGGTTAAACACATGGCCGTTGCCCGCACCAAACGCCG‑CCAAAATTGACCGCACTTCATCTTCAATTCGGTTTGCCGGTGCGTacaac < 1:767808/250‑1 (MQ=255) tCAGGTGTTGCCAGGTGGCTAAATTTTCTAAACGTTTATGAATAGGATTTCGCATCATATTTCCACCGCACTTTAGAGATGATAAGGCTGAGACAGCTGATGTACTGCGTCTACCAACCGTTTCGGACTTTCTACCGGCACATCCTGATGAATGCCGTGACCGAGGTTAAACACATGGCCGTTGCCCGCACCAAACGCCG‑CCAAAATTGACCGCACTTCATCTTCAATTCGGTTTGCCGGTGCGTacaac < 1:240583/250‑1 (MQ=255) ttCTAAACGTTTATGAATAGGATTTCGCATCATATTTCCACCGCACTTTAGAGATGATAAGGCTGAGACAGCTGATGTACTGCGTCTACCAACCGTTTCGGACTTTCTACCGGCACATCCTGATGAATGCCGTGACCGAGGTTAAACACATGGCCGTTGCCCGCACCAACCGCCG‑CCAAAATTg > 1:440832/1‑184 (MQ=255) 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1:176240/1‑250 (MQ=255) cTTTAGAGATGATAAGGCTGAGACAGCTGATGTACTGCGTCTACCAACCGTTTCGGACTTTCTACCGGCACATCCTGATGAATGCCGTGACCGAGGTTAAACACATGGCCGTTGCCCGCACCAAACGCCG‑CCAAAATTGACCGCACTTCATCTTCAATTCGGTTTGCCGGTGCGTACAACACGCTCGGATCCAAATTGCCTTGCAGCGCTATTTTATGCCCCACACGACGACGGGCTTCGGCGATGTCCAc < 1:614782/251‑1 (MQ=255) ttAGAGATGATAAGGCTGAGACAGCTGATGTACTGCGTCTACCAACCGTTTCGGACTTTCTACCGGCACATCCTGATGAATGCCGTGACCGAGGTTAAACACATGGCCGTTGCCCGCACCAAACGCCG‑CCAAAATTGACCGCACTTCATCTTCAATTCGGTTTGCCGGTGCGTACAACACGCTCGGATCCAAATTGCCTTGCAGCGCTATTTTATGCCCCACACGACGACGGGCTTCGGCGATGTCCACCg > 1:74860/1‑251 (MQ=255) tAGAGATGATAAGGCTGAGACAGCTGATGTACTGCGTCTACCAACCGTTTCGGACTTTCTACCGGCACATCCTGATGAATGCCGTGACCGAGGTTAAACACATGGCCGTTGCCCGCACCAAACGCCG‑CCAAAATTGACCGCACTTCATCTTCAATTCGGTTTGCCGGTGCGTACAACACGCTCGGATCCAAATTGCCTTGCAGCGCTATTTTATGCCCCACACGACGACGGGCTTCGGCGATGTCCACCgt < 1:794162/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |