| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 602,296 | T→C | intergenic (+13981/‑7723) | unknown → / → unknown | tRNA‑Arg‑TCT/tRNA‑Phe‑GAA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 602,296 | 0 | T | C | 98.9% | 252.7 / ‑5.0 | 88 | intergenic (+13981/‑7723) | unknown/unknown | tRNA‑Arg‑TCT/tRNA‑Phe‑GAA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (50/37); total (50/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
TAACAATCCGGATTTAAGTAAGCCGGGAATCCGCCGATTATTCATAAAATAACCCTTCGCCATATAAATAAATCTCAACTTCTTCACCAACACGTAATCCCTCGCTATAACGCTCTTCTAAATTCACTTCCACTCCATTTA‑CCTTAATCTGAGCAATGGTTGTTTTGCCTCTAAACTCTACCTGTTTAATAATCGCGTTAAAAAGTGCGGTGGGTTTTTTCGGTGTTTTTAGCAGACTGAATTGTTCCGGGCGCAGGAGCAGCGTACCGGTAGCATGTCCGCCGCTTTTGTCGATAATGGGAATATCACCGAGTTGGCAATGTGCATTTGAAGCGTTATTTAAGGTTGCGGGTAATGTGATGGCATCGCCGATAAAGGTAGCGGCAGCGAGGTGTTGCGGAGCGTGATAAAGGGTGTGCGGATCAGCGATTTGTAAAATTCGCCCGTCTTGGATCACCGCGATTTTATCGGCATAACGTAGGGCCTCAT > 1/602051‑602539 | tAACAATCCGGATTTAAGTAAGCCGGGAATCCGCCGATTATTCATAAAATAACCCTTCGCCATATAAATAAATCTCAACTTCTTCACCAACACGTAATCCCTCGCTATAACGCTCTTCTAAATTCACTTCCACTCCATTTA‑CCTTAATCTGAGCAATGGTTGTTTTGCCTCTAAACTCTACCTGTTTAATAATCGCGTTAAAAAGTGCGGTGGGTTTTTTCGGTGTTTTTAGCAGACTGAATTGTCCCggg > 1:271125/1‑251 (MQ=255) aTCCGGATTTAAGTAAGCCGGGAATCCGCCGATTATTCATAAAATAACCCTTCGCCATATAAATAAATCTCAACTTCTTCACCAACACGTAATCCCTCGCTATAACGCTCTTCTAAATTCACTTCCACTCCATTTA‑CCTTAATCTGAGCAATGGTTGTTTTGCCTCTAAACTCTACCTGTTTAATAATCGCGTTAAAAAGTGCGGTGGGTTTTTTCGGTGTTTTTAGCAGACTGAATTGTCCCGGGCGCAg > 1:74727/1‑251 (MQ=255) gATTTAAGTAAGCCGGGAATCCGCCGATTATTCATAAAATAACCCTTCGCCATATAAATAAATCTCAACTTCTTCACCAACACGTAATCCCTCGCTATAACGCTCTTCTAAATTCACTTCCACTCCATTTACCCTTAATCTGAGCAATGGTTGTTTTGCCTCTAAACTCTACCTGTTTAATAATCGCGTTAAAAAGTGCGGTGGGTTTTTTCGGTGTTTTTAGCAGACTGAATTGTCCCGGGCGCAGGag < 1:316807/250‑1 (MQ=255) gATTTAAGTAAGCCGGGAATCCGCCGATTATTCATAAAATAACCCTTCGCCATATAAATAAATCTCAACTTCTTCACCAACACGTAATCCCTCGCTATAACGCTCTTCTAAATTCACTTCCACTCCATTTA‑CCTTAATCTGAGCAATGGTTGTTTTGCCTCTAAACTCTACCTGTTTAATAATCGCGTTAAAAAGTGCGGTGGGTTTTTTCGGTGTTTTTAGCAGACTGAATTGTCCCGGGCGCAGGagca > 1:543543/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |