| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 579,159 | T→C | intergenic (+2194/‑8970) | unknown → / → unknown | LSU rRNA ## 23S rRNA, large subunit ribosomal RNA/tRNA‑Pro‑TGG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 579,159 | 0 | T | C | 96.9% | 61.5 / ‑4.5 | 32 | intergenic (+2194/‑8970) | unknown/unknown | LSU rRNA ## 23S rRNA, large subunit ribosomal RNA/tRNA‑Pro‑TGG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (14/17); total (14/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCATCTTTTTGCACGGTAACGGAGAATGCTTAGAAAGGTTAATCCTAGAGCTAATGCTATTTTTTTCATTTTAATGTCCTTAAATTATGCAAATTTTACCGGATTTTTTGACCGCACTTTGCTCTGCACCCCAAAACCTGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTAAAAAACTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCTAAATTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGG‑‑AAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTAATGGCGTAAAATCCCCTTATATAAACCCTCAACGCCCTAAAATAG > 1/578914‑579265 | ccATCTTTTTGCACGGTAACGGAGAATGCTTAGAAAGGTTAATCCTAGAGCTAATGCTATTTTTTTCATTTTAATGTCCTTAAATTATGCAAATTTTACCGGATTTTTTGACCGCACTTTGCTCTGCACCCCAAAACCTGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTACCAATTTCGTTTAAAAACTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCGAAACTtcat > 1:176897/1‑251 (MQ=255) cTTTTTGCACGGTAACGGAGAATGCTTAGAAAGGTTAATCCTAGAGCTAATGCTATTTTTTTCATTTTAATGTCCTTAAATTATGCAAATTTTACCGGATTTTTTGACCGCACTTTGCTCTGCACCCCAAAACCTGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTACCAATTTCGTTTAAAAACTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCGAAACTtcataaaa > 1:163161/1‑247 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |