| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 564,299 | A→G | intergenic (+200882/‑7720) | unknown → / → unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 564,299 | 0 | A | G | 100.0% | 114.4 / NA | 40 | intergenic (+200882/‑7720) | unknown/unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (15/25); total (15/25) | |||||||||||
ACGTGCTGGTGGCTACACCCGCATCCTTAAATGTGGTTTCCGTGCTGGCGATAATGCTCCAATGGCTTACATTGAGTTAGTAGATCGTCCAGAAGTTTCAAGTAAAGAAGCTACAGCGGAATAAAAACTAGTTAACTGTTAGATTTAAAAAGGCTGAATAACATTTATTCAGCCTTTTTATTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAAACAAAACCGTACGCTATGCGTATGGAATCAAAGAACTTAAGCGGTCAACATAAAAAATCCTCACTATATAATGAATAAGGTTGACAACCAAAATTCAAGATATAGGAGGATAAGTCAATGGTAAGTAAAGCCAATGACGATTCAAGTCTATCACACACCAAATGGAACTGTAAGTACCACATTG > 1/564058‑564448 | aCGTGCTGGTGGCTACACCCGCATCCTTAAATGTGGTTTCCGTGCTGGCGATAATGCTCCAATGGCTTACATTGAGTTAGTAGATCGTCCAGAAGTTTCAAGTAAAGAAGCTACAGCGGAATAAAAACTAGTTAACTGTTAGATTTAAAAAGGCTGAATAACATTTATTCAGCCTTTTTATTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAAACAAAACCGTACGCTATGCGTATGGAATCAAAGAGCTTAAGCgg > 1:818114/1‑251 (MQ=255) gTGCTGGTGGCTACACCCGCATCCTTAAATGTGGTTTCCGTGCTGGCGATAATGCTCCAATGGCTTACATTGAGTTAGTAGATCGTCCAGAAGTTTCAAGTAAAGAAGCTACAGCGGAATAAAAACTAGTTAACTGTTAGATTTAAAAAGGCTGAATAACATTTATTCAGCCTTTTTATTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAAACAAAACCGTACGCTATGCGTATGGAATCAAAGAGCTTAAGCGGt > 1:69450/1‑250 (MQ=255) cATCCTTAAATGTGGTTTCCGTGCTGGCGATAATGCTCCAATGGCTTACATTGAGTTAGTAGATCGTCCAGAAGTTTCAAGTAAAGAAGCTACAGCGGAATAAAAACTAGTTAACTGTTAGATTTAAAAAGGCTGAATAACATTTATTCAGCCTTTTTATTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAAACAAAACCGTACGCTATGCGTATGGAATCAAAGAGCTTAAGCGGTCAACATAAAAAATCCTCa > 1:794674/1‑249 (MQ=255) ttAAATGTGGTTTCCGTGCTGGCGATAATGCTCCAATGGCTTACATTGAGTTAGTAGATCGTCCAGAAGTTTCAAGTAAAGAAGCTACAGCGGAATAAAAACTAGTTAACTGTTAGATTTAAAAAGGCTGAATAACATTTATTCAGCCTTTTTATTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAAACAAAACCGTACGCTATGCGTATGGAATCAAAGAGCTTAAGCGGTCAACATAAAAAATCCTCACtatata < 1:10033/251‑1 (MQ=255) tAAATGTGGTTTCCGTGCTGGCGATAATGCTCCAATGGCTTACATTGAGTTAGTAGATCGTCCAGAAGTTTCAAGTAAAGAAGCTACAGCGGAATAAAAACTAGTTAACTGTTAGATTTAAAAAGGCTGAATAACATTTATTCAGCCTTTTTATTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAAACAAAACCGTACGCTATGCGTATGGAATCAAAGAGCTTAAGCGGTCAACATAAAAAATCCTCACTATATaa > 1:231748/1‑251 (MQ=255) 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(MQ=255) gAGTTAGTAGATCGTCCAGAAGTTTCAAGTAAAGAAGCTACAGCGGAATAAAAACTAGTTAACTGTTAGATTTAAAAAGGCTGAATAACATTTATTCAGCCTTTTTATTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAAACAAAACCGTACGCTATGCGTATGGAATCAAAGAGCTTAAGCGGTCAACATAAAAAATCCTCACTATATaagaa < 1:312703/208‑4 (MQ=255) gAGTTAGTAGATCGTCCAGAAGTTTCAAGTAAAGAAGCTACAGCGGAATAAAAACTAGTTAACTGTTAGATTTAAAAAGGCTGAATAACATTTATTCAGCCTTTTTATTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAAACAAAACCGTACGCTATGCGTATGGAATCAAAGAGCTTAAGCGGTCAACATAAAAAATCCTCACTATATAA‑GAATAAGGCTGACAACCCAAATTCAAGATATAGGAGGAt > 1:193823/1‑244 (MQ=255) gAGTTAGTAGATCGTCCAGAAGTTGCAAGTAAAGAAGCTACAGCGGAATAAAAACTAGTTAACTGTTAGATTTAAAAAGGCTGAATAACATTTATTCAGCCTTTTTATTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAAACAAAACCGTACGCTATGCGTATGGAATCAAAGAGCTTAAGCGGTCAACATAAAAAATcc < 1:443071/194‑1 (MQ=255) aGTTAGTAGATCGTCCAGAAGTTTCAAGTAAAGAAGCTACAGCGGAATAAAAACTAGTTAACTGTTAGATTTAAAAAGGCTGAATAACATTTATTCAGCCTTTTTATTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAAACAAAACCGTACGCTATGCGTATGGAATCAAAGAGCTTAAGCGGTCAACATAAAAAATCCTCACTATATaagaa > 1:414642/1‑204 (MQ=255) 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cTGTTAGATTTAAAAAGGCTGAATAACATTTATTCAGCCTTTTTATTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAAACAAAACCGTACGCTATGCGTATGGAATCAAAGAGCTTAAGCGGTCAACATAAAAAATCCTCACTATATaag < 1:741486/144‑2 (MQ=255) tAGATTTAAAAAGGCTGAATAACATTTATTCAGCCTTTTTATTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAAACAAAACCGTACGCTATGCGTATGGAATCAAAGAGCTTAAGCGGTCAACATAAAAAATCCTCACTATATAA‑GAATAAGGCTGACAACCCAAATTCAAGATATAGGAGGATAAGTCAATGGTAAGTAAAGCCAATGACGATTCAAGTCTATCACATACCAAATGGAACTGTAAGTATCACAtcg < 1:530057/251‑3 (MQ=11) cATTTATTCAGCCTTTTTATTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAAACAAAACCGTACGCTATGCGTATGGAATCAAAGAGCTTAAGCGGTCAACATAAAAAATCCTCACTATATaag < 1:697418/118‑2 (MQ=255) cATTTATTCAGCCTTTTTATTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAAACAAAACCGTACGCTATGCGTATGGAATCAAAGAGCTTAAGCGGTCAACATAAAAAATCCTCACTATATAA‑GAATAAGGCTGACAACCCAAATTCAAGATATAGGAGGATAAGTCAATGGTAAGTAAAGCCAATGa < 1:71053/182‑1 (MQ=255) cATTTATTCAGCCTTTTTATTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAAACAAAACCGTACGCTATGCGTATGGAATCAAAGAGCTTAAGCGGTCAACATAAAAAATCCTCACTATATAA‑GAATAAGGCTGACAACCCAAATTCAAGATATAGGAGGATAAGTCAATGGTAAGTAAAGCCAATGACGATTCAAGTCTATCACATACCAAATGGAACTGTAAGTa < 1:545119/221‑1 (MQ=2) | ACGTGCTGGTGGCTACACCCGCATCCTTAAATGTGGTTTCCGTGCTGGCGATAATGCTCCAATGGCTTACATTGAGTTAGTAGATCGTCCAGAAGTTTCAAGTAAAGAAGCTACAGCGGAATAAAAACTAGTTAACTGTTAGATTTAAAAAGGCTGAATAACATTTATTCAGCCTTTTTATTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAAACAAAACCGTACGCTATGCGTATGGAATCAAAGAACTTAAGCGGTCAACATAAAAAATCCTCACTATATAATGAATAAGGTTGACAACCAAAATTCAAGATATAGGAGGATAAGTCAATGGTAAGTAAAGCCAATGACGATTCAAGTCTATCACACACCAAATGGAACTGTAAGTACCACATTG > 1/564058‑564448 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |