| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 542,722 | A→G | intergenic (+179305/‑29297) | unknown → / → unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 542,722 | 0 | A | G | 99.0% | 277.8 / ‑5.1 | 98 | intergenic (+179305/‑29297) | unknown/unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (53/44); total (54/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
ATTAAAGAATACCCGTTGGAATGCGGCCCGCTGGAACCCAAGGCGATTAATGCGTCGCCCACTTTCACTTCGGAGCCGTCGATAATTTCGGATTTTTCCACCACGCCGACGCAGAAACCGGCAAGATTGTAATCCCCTTGATGGTACATTCCCGGCATCTCCGCCGTTTCCCCGCCGACCAATGCGCAACCGGATTGTTCACAACCGTTAGCAATGCCTTTAATTACGCTCGCGACAACATCCACTTCTAATTTGCCGGTGGCGTAATAATCAAGGAAAAACAACGGTTCCGCACCTTGCACCACTAAATCGTTTACGCACATAGCAACCAAATCAACCCCGATGGTGTCGTGACGCTTTAAATCGATCGCCAAACGCAACTTTGTGCCCACGCCGCCCGTGCCGGAAACTAAAATCGGCTCTTTATATTTTGCCGGAATAGCGCACAATGCATTGAAACCGCTCATTACTTCCGGACGTG > 1/542488‑542968 | aTTAAAGAATACCCGTTGGAATGCGGCCCGCTGGAACCCAAGGCGATTAATGCGTCGCCCACTTTCACTTCGGAGCCGTCGATAATTTCGGATTTTTCCACCACGCCGACGCAGAAACCGGCAAGATTGTAATCCCCTTGATGGTACATTCCCGGCATCTCCGCCGTTTCCCCGCCGACCAATGCGCAACCGGATTGTTCACAACCGTTAGCAATGCCTTTAATTACGCTCGCGGCAACATCCACTTCTaa < 1:30293/251‑1 (MQ=255) tAAAGAATACCCGTTGGAATGCGGCCCGCTGGAACCCAAGGCGATTAATGCGTCGCCCACTTTCACTTCGGAGCCGTCGATAATTTCGGATTTTTCCACCACGCCGACGCAGAAACCGGCAAGATTGTAATCCCCTTGATGGTACATTCCCGGCATCTCCGCCGTTTCCCCGCCGACCAATGCGCAACCGGATTGTTCACAACCGTTAGCAATGCCTTTAATTACGCTCGCGGCAACATCCACTTCTAAtt < 1:317605/251‑1 (MQ=255) tAAAGAATACCCGTTGGAATGCGGCCCGCTGGAACCCAAGGCGATTAATGCGTCGCCCACTTTCACTTCGGAGCCGTCGATAATTTCGGATTTTTCCACCACGCCGACGCAGAAACCGGCAAGATTGTAATCCCCTTGATGGTACATTCCCGGCATCTCCGCCGTTTCCCCGCCGACCAATGCGCAACCGGATTGTTCACAACCGTTAGCAATGCCTTTAATTACGCTCGCGGCAACATCCACTTCTAAtt < 1:141279/251‑1 (MQ=255) gAATACCCGTTGGAATGCGGCCCGCTGGAACCCAAGGCGATTAATGCGTCGCCCACTTTCACTTCGGAGCCGTCGATAATTTCGGATTTTTCCACCACGCCGACGCAGAAACCGGCAAGATTGTAATCCCCTTGATGGTACATTCCCGGCATCTCCGCCGTTTCCCCGCCGACCAATGCGCAACCGGATTGTTCACAACCGTTAGCAATGCCTTTAATTACGCTCGCGGCAACATCCACTTCTAAtt < 1:120599/247‑1 (MQ=255) gAATACCCGTTGGAATGCGGCCCGCTGGAACCCAAGGCGATTAATGCGTCGCCCACTTTCACTTCGGAGCCGTCGATAATTTCGGATTTTTCCACCACGCCGACGCAGAAACCGGCAAGATTGTAATCCCCTTGATGGTACATTCCCGGCATCTCCGCCGTTTCCCCGCCGACCAATGCGCAACCGGATTGTTCACAACCGTTAGCAATGCCTTTAATTACGCTCGCGGCAACATCCACTTCTAATTTGc > 1:789582/1‑250 (MQ=255) gAATACCCGTTGGAATGCGGCCCGCTGGAACCCAAGGCGATTAATGCGTCGCCCACTTTCACTTCGGAGCCGTCGATAATTTCGGATTTTTCCACCACGCCGACGCAGAAACCGGCAAGATTGTAATCCCCTTGATGGTACATTCCCGGCATCTCCGCCGTTTCCCCGCCGACCAATGCGCAACCGGATTGTTCACAACCGTTAGCAATGCCTTAAATTACGCTCGCGGCAACATCCACTTCTAATTTGc > 1:390043/1‑250 (MQ=255) aCCCGTTGGAATGCGGCCCGCTGGAACCCAAGGCGATTAATGCGTCGCCCACTTTCACTTCGGAGCCGTCGATAATTTCGGATTTTTCCACCACGCCGACGCAGAAACCGGCAAGATTGTAATCCCCTTGATGGTACATTCCCGGCATCTCCGCCGTTTCCCCGCCGACCAATGCGCAACCGGATTGTTCACAACCGTTAGCAATGCCTTTAATTACGCTCGCGGCAACATCCACTTCTAAtt < 1:432265/243‑1 (MQ=255) 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gATTAATGCGTCGCCCACTTTCACTTCGGAGCCGTCGATAATTTCGGATTTTTCCACCACGCCGACGCAGAAACCGGCAAGATTGTAATCCCCTTGATGGTACATTCCCGGCATCTCCGCCGTTTCCCCGCCGACCAATGCGCAACCGGATTGTTCACAACCGTTAGCAATGCCTTTAATTACGCTCGCGGCAACATCCACTTCTAATTTGCCGGTGGCGTAATAATCAAGGAAAAACAACGGTTCCGCa > 1:745309/1‑250 (MQ=255) aTTAATGCGTCGCCCACTTTCACTTCGGAGCCGTCGATAATTTCGGATTTTTCCACCACGCCGACGCAGAAACCGGCAAGATTGTAATCCCCTTGATGGTACATTCCCGGCATCTCCGCCGTTTCCCCGCCGACCAATGCGCAACCGGATTGTTCACAACCGTTAGCAATGCCTTTAATTACGCTCGCGGCAACATCCACTTCTAATTTGCCGGTGGCGtaat > 1:512942/1‑223 (MQ=255) aTTAATGCGTCGCCCACTTTCACTTCGGAGCCGTCGATAATTTCGGATTTTTCCACCACGCCGACGCAGAAACCGGCAAGATTGTAATCCCCTTGATGGTACATTCCCGGCATCTCCGCCGTTTCCCCGCCGACCAATGCGCAACCGGATTGTTCACAACCGTTAGCAATGCCTTTAATTACGCTCGCGGCAACATCCACTTCTAATTTGCCGGTGGCGTAATAATCAAGGAAAAACAACGGTTCCGCAc < 1:94896/250‑1 (MQ=255) 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tCGATAATTTCGGATTTTTCCACCACGCCGACGCAGAAACCGGCAAGATTGTAATCCCCTTGATGGTACATTCCCGGCATCTCCGCCGTTTCCCCGCCGACCAATGCGCAACCGGATTGTTCACAACCGTTAGCAATGCCTTTAATTACGCTCGCGGCAACATCCACTTCTAATTTGCCGGTGGCGTAATAATCAAGGAAAAACAACGGTTCCGCACCTTGCACCACTAAATCGTTTACGCACATAGCAAc < 1:37746/251‑1 (MQ=255) tCGATAATTTCGGATTTTTCCACCACGCCGACGCAGAAACCGGCAAGATTGTAATCCCCTTGATGGTACATTCCCGGCATCTCCGCCGTTTCCCCGCCGACCAATGCGCAACCGGATTGTTCACAACCGTTAGCAATGCCTTTAATTACGCTCGCGGCAACATCCACTTCTAATTTGCCGGTGGCGTAATAATCAAGGAAAAACAACGGTTCCGCACCTTGCACCACTAAATCGTTTACGCACATAGCAAc < 1:687710/251‑1 (MQ=255) cGATAATTTCGGATTTTTCCACCACGCCGACGCAGAAACCGGCAAGATTGTAATCCCCTTGATGGTACATTCCCGGCATCTCCGCCGTTTCCCCGCCGACCAATGCGCAACCGGATTGTTCACAACCGTTAGCAATGCCTTTAATTACGCTCGCGGCAACATCCACTTCTAATTTGCCGGTGGCGTAATAATCAAGGAAAAACAACGGTTCCGCACCTTGCACCACTAAATCGTTTACGCACATAGCAAcc < 1:793716/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |