| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 529,478 | C→A | intergenic (+166061/‑42541) | unknown → / → unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 529,478 | 0 | C | A | 99.2% | 376.6 / NA | 131 | intergenic (+166061/‑42541) | unknown/unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (60/70); minor base G (1/0); total (61/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
ATGAATGTGTCCGAAAACGAAAATTGTGGCGGTGACGCCGCATAGCATGCCCGTTAGAATCGGCAAAAACAGCCACAACACGCGCGCCGTTCTGAACACGAGCAACAGCAACAACAACGTCAGGCTTACGCCCAACGCGCTCATTAAGGTGCTTTCCCGCTCCGCTTTGACTTTGGCGTCAATGGCGAACAAGGCGGCGCCGGTCGCCAACATATCGCCCTGTGCCGCTTCAACGGCTTGGCGGTTCTGCGTTAAAAGTGCGGTCAGATTTAACGACGGATCCATCAGGTCCCCTTGTTGCAACACCCCGCGCAACAGCACCCAGGTTTTATCCTTGTCCGTGACATACAACATGCCATTTTCGGCATACCATTGAATCTGCCCCTGCAATTGCGCCTGCGGCAAAACGAACCTGCCGAAACCGAGCCAATCCTGATCCAGCGGAAGCAAATTGGTTTGCGCGAAAGGATTCATGATCTGCTC > 1/529237‑529719 | atGAATGTGTCCGAAAACGAAAATTGTGGCGGTGACGCCGCATAGCATGCCCGTTAGAATCGGCAAAAACAGCCACAACACGCGCGCCGTTCTGAACACGAGCAACAGCAACAACAACGTCAGGCTTACGCCCAACGCGCTCATTAAGGTGCTTTCCCGCTCCGCTTTGACTTTGGCGTCAATGGCGAACAAGGCGGCGCCGGTCGCCAACATATCGCCCTGTGCCGCTTCAACGGCTTGGAGGTTCTGCg < 1:466297/251‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |