| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 38,237 | C→T | intergenic (+33630/+92268) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Val‑TAC/LSU rRNA ## 23S rRNA, large subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 38,237 | 0 | C | T | 99.2% | 316.6 / NA | 117 | intergenic (+33630/+92268) | unknown/unknown | tRNA‑Val‑TAC/LSU rRNA ## 23S rRNA, large subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (57/59); total (58/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
GTCTATGCCCAAAGTTTTTCCAGCTGATACATTTCGCGGCTTTCTGCCTGCATGATATGTACGATGGCGTCACCCAAATCCACTACCACCCAATCGGCGGTTTCCTTGCCTTCATCGCCGAACACGTCGATACCGGCAAGTTTGCATTCGGTAATTAATTTTTGCGCCAAAGAAGACACATGGCGGGAAGAGGTGCCGGTGCAAAGGATCATGGTATCGGTGACGGAGGATTTTCCCTTCACGTTTAACGATAAAATATCGGTGGCTTTTAAATTATCCAGTTTATTCACCACGAAATCGACTAATGACATTATTTTTCCTCAATTGACAAAAGGTGCAAATTTTACCATTGAATAAAATACACGCCAATCTGTTGGCTAGCGTTTTGCGCGAAACGGTTTGCGGCGATTGTTATTCTGTGCGCTGAAATTGGTTTGCCGTTTTAATCGATAAGGCTTCGGCAAATCCTGTAATAACG > 1/38001‑38478 | gTCTATGCCCAAAGTTTTTCCAGCTGATACATTTCGCGGCTTTCTGCCTGCATGATATGTACGATGGCGTCACCCAAATCCACTACCACCCAATCGGCGGTTTCCTTGCCTTCATCGCCGAACACGTCGATACCGGCAAGTTTGCATTCGGTAATTAATTTTTGCGCCAAAGAAGACACATGGCGGGAAGAGGTGCCGGTGCAAAGGATCATGGGATCGGTGACGGAGGATTTTCCTTTCGCGTTTAACGa > 1:262852/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |