| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 484,248 | T→C | intergenic (+120831/‑87771) | unknown → / → unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 484,248 | 0 | T | C | 98.7% | 228.7 / NA | 78 | intergenic (+120831/‑87771) | unknown/unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (42/35); total (43/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
CAAAGGCTACGACCATAGCTATTATTTCATCGCCAGTTTTATTGGGGAACATATTGCATATCACGCGCAGTGTTTAGCTAATTAATCGGTTCTAGCGAGGCTAAATTTTCCATCAAAGTGCAGTGAAATGAAGCGTCCATAGCCCCTATTATTTAAGGAATTTTAATGAGTCTATTCATGAAAATCATCAAATGACTCATGATTTTGGCGCAGCGGGCTAGGTGTTTTTAAACTATCACTCTGTTTGGGGCAGCACACCTGATGCTGCAAGTCTTGCTAAAATGTAGGTTTCAAAACATGTTGACGGCACGAAATTTAACAATCCGGAAGTACTCCCTGTGCGTACTGCCACAAAAGAAGAGCAAACCTCATTGCTCGGTTGGACATGGAAAATGATCAACCTTTCCCGCGGGTAAATTCGACCTAGACAATCACTCGTGAAAAACCCGATTGTTCGATTCACCAAATCCGCTAACCAAGCAG > 1/484009‑484491 | caAAGGCTACGACCATAGCTATTATTTCATCGCCAGTTTTATTGGGGAACATATTGCATATCACGCGCAGTGTTTAGCTAATTAATCGGTTCTAGCGAGGCTAAATTTTCCATCAAAGTGCAGTGAAATGAAGCGTCCATAGCCCCTATTATTTAAGGAATTTTAATGAGTCTATTCATGAAAATCATCAAATGACTCATGATTTTGGCGCAGCGGGCTAGGTGTTTTTAAACTATCACCCTGTTTGGGgc < 1:138856/251‑1 (MQ=255) 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1:808289/1‑251 (MQ=255) gtTTTTAAACTATCACCCTGTTTGGGGCAGCACACCTGATGCTGCAAGTCTTGCTAAAATGTAGGTTTCAAAACATGTTGACGGCACGAAATTTAACAATCCGGAAGTACTCCCTGTGCGTACTGCCACAAAAGAAGAGCAAACCTCATTGCTCGGTTGGACATGGAAAATGATCAACCTTTCCCGCGGGTAAATTCGACCTAGACAATCACTCGTGAAAAACCCGATTGTTCGATTCACCAAATCCGCTa > 1:16380/1‑251 (MQ=255) cTATCACCCTGTTTGGGGCAGCACACCTGATGCTGCAAGTCTTGCTAAAATGTAGGTTTCAAAACATGTTGACGGCACGAAATTTAACAATCCGGAAGTACTCCCTGTGCGTACTGCCACAAAAGAAGAGCAAACCTCATTGCTCGGTTGGACAt < 1:668807/155‑1 (MQ=255) cTATCACCCTGTTTGGGGCAGCACACCTGATGCTGCAAGTCTTGCTAAAATGTAGGTTTCAAAACATGTTGACGGCACGAAATTTAACAATCCGGAAGTACTCCCTGTGCGTACTGCCACAAAAGAAGAGCAAACCTCATTGCTCGGTTGGACATGGAAAATGATCAACCTTTCCCGCGGGTAAATTCGACCTAGACAATCACTCGTGAAAAACCCGATTGTTCGATTCACCAAATCCGCTAACCAAGCAg > 1:172826/1‑251 (MQ=255) aTCACCCTGTTTGGGGCAGCACACCTGATGCTGCAAGTCTTGCTAAAATGTAGGTTTCAAAACATGTTGACGGCACGAAATTTAACAATCCGGAAGTACTCCCTGTGCGTACTGCCACAAAAGAAGAGCAAACCTCATTGCTCGGTTGGACATGGAAAATGATCAACCTTTCCCGCGGGTAAATTCGACCTAGACAATCACTCGTGAAAAACCCGAt < 1:384260/217‑1 (MQ=255) | CAAAGGCTACGACCATAGCTATTATTTCATCGCCAGTTTTATTGGGGAACATATTGCATATCACGCGCAGTGTTTAGCTAATTAATCGGTTCTAGCGAGGCTAAATTTTCCATCAAAGTGCAGTGAAATGAAGCGTCCATAGCCCCTATTATTTAAGGAATTTTAATGAGTCTATTCATGAAAATCATCAAATGACTCATGATTTTGGCGCAGCGGGCTAGGTGTTTTTAAACTATCACTCTGTTTGGGGCAGCACACCTGATGCTGCAAGTCTTGCTAAAATGTAGGTTTCAAAACATGTTGACGGCACGAAATTTAACAATCCGGAAGTACTCCCTGTGCGTACTGCCACAAAAGAAGAGCAAACCTCATTGCTCGGTTGGACATGGAAAATGATCAACCTTTCCCGCGGGTAAATTCGACCTAGACAATCACTCGTGAAAAACCCGATTGTTCGATTCACCAAATCCGCTAACCAAGCAG > 1/484009‑484491 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |