| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 446,512 | T→C | intergenic (+83095/‑125507) | unknown → / → unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 446,512 | 0 | T | C | 100.0% | 236.5 / NA | 81 | intergenic (+83095/‑125507) | unknown/unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (45/36); total (45/36) | |||||||||||
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(MQ=255) tGCAGGAACAAAACGCACAAGCTACGCAATCAATGGATCCGACACTTGAGTGGTTTTTATCCCACTGCCACATCCATAAATATCCGTCTAAAAGCACATTAATCAACGCCGGCGAAAAAGCCGAGACACTTTATTATTTAATTCAAGGCTCCGTGTCCGTTTTGGTCAAAGATGAAGACGGCAAAGaaa > 1:322840/1‑189 (MQ=255) ggAACAAAACGCACAAGCTACGCAATCAATGGATCCGACACTTGAGTGGTTTTTATCCCACTGCCACATCCATAAATATCCGTCTAAAAGCACATTAATCAACGCCGGCGAAAAAGCCGAGACACTTTATTATTTAATTCAAGGCTCCGTGTCCGTTTTGGTCAAAGATGAAGACGGCAAAGAAATGATCCTCACCTATTTAAGCCAAGGGGATTTTTTCGGCGAAGCGGGCTTATTTGAAGAAGGACaa > 1:117227/1‑250 (MQ=255) gaacaaaaCGCACAAGCTACGCAATCAATGGATCCGACACTTGAGTGGTTTTTATCCCACTGCCACATCCATAAATATCCGTCTAAAAGCACATTAATCAACGCCGGCGAAAAAGCCGAGACACTTTATTATTTAATTCAAGGCTCCGTGTCCGTTTTGGTCAAAGATGAAGACGGCAAAGAAATGATCCTCACCTAttt > 1:615563/5‑200 (MQ=255) | ACATTGGTCAATATCGTGGAAAGCGTTATTTTGCGCGAAGGGACCGATTATGGTTCACATGAACAGACTTTCGAACAAAAAAAGAAAGCATTGCTGAACAGGATCCGCCAGGGAAGCGCGGTGATTGTTTGGTCTGAATTACATGAATCTATCGACATAAAAGATAAAACGGAATTTTTTAGATAAACTGCTTAGTTTTTCATAATTTAGATGGAGGTTTAACGTGCAGGAAAAAAATGCACAAGCTACGCAATCAATGGATCCGACACTTGAGTGGTTTTTATCCCACTGCCACATCCATAAATATCCGTCTAAAAGCACATTAATCAACGCCGGCGAAAAAGCCGAGACACTTTATTATTTAATTCAAGGCTCCGTGTCCGTTTTGGTCAAAGATGAAGACGGCAAAGAAATGATCCTCACCTATTTAAGCCAAGGGGATTTTTTCGGCGAAGCGGGCTTATTTGAAGAAGGACAA > 1/446275‑446752 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |