| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 365,182 | A→T | intergenic (+1765/‑206837) | unknown → / → unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 365,182 | 0 | A | T | 100.0% | 193.4 / NA | 69 | intergenic (+1765/‑206837) | unknown/unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (37/32); total (37/32) | |||||||||||
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ccTATGATCTGCCCCCCAAAACCCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCGAAACTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTAATGGCGTAAAATCCCCTTATATAAACCCTCAACGCCCTAAAATAGTGAAGCCAAAGATg > 1:292542/1‑251 (MQ=16) ccTATGATCTGCCCCCCAAAACCCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCGAAACTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTAATGGCGTAAAATCCCCTTATATAAACCCTCAACGCCCTAAAATAGTGAAGCCAAAGATg > 1:249194/1‑251 (MQ=16) ccTATGATCTGCCCCCCAAAACCCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCGAAACTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTAATGGCGTAAAATCCCCTTATATAAACCCTCAACGCCCTAAAATAGTGAAGCCAAAGATg > 1:645188/1‑251 (MQ=16) ccTATGATCTGCCCCCCAAAACCCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCGAAACTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTAATGGCGTAAAATCCCCTTATATAAACCCTCAACGCCCTAAAATAGTGAAGCCAAAGATg > 1:551074/1‑251 (MQ=16) gCCCCCCAAAACCCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCGAAACTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTAATGGCGTAAAATCCCCTTATATAAACCCTCAACGCCCTAAAATAGTGAAGCCAAAGATGAAaaagaaag > 1:883966/1‑251 (MQ=9) | GCCGACTATCAGCTTCGGTTGCAGCGTTGTCACCCGATAGAAGCCATCGCATGGTTACATTTGGCATTTGAATCCATTCACCCATTTTGTTGATGGCAACGGGCGACAGGTAGGCTATTGCTAAACTTTGAATTAATGAAAAACGGTTATTTTCCTTATAAACACCTATGATCTGCCCCCCAAAACCCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTAAAAAACTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCTAAATTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTAATGGCGTAAAATCCCCTTATATAAACCCTCAACGCCCTAAAATAGTGAAGCCAAAGATGAAAAAGAAAG > 1/364944‑365368 |
| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |