Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	1	296,887	T→A	intergenic (‑12258/‑66440)	unknown ← / → unknown	SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑SeC(p)‑TCA

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	1	296,887	0	T	A	100.0%	109.1 / NA	38	intergenic (‑12258/‑66440)	unknown/unknown	SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑SeC(p)‑TCA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base A (13/25);  total (13/25)

AGCTCGTGTGGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑ACATAGTCCAAAGCAAACTTTACAAAACCTAAAAGCCCTTGAAAATATTAACCTCAAGGGCTTTTTTATTTCCTAAGCGTTCCTATAAGATACTACCAAAGCCTTGAATTTTAGTTATACGATTACCGCACTTTGGGCA  >  1/296646‑296956                                                                                                                                                                                                                                                   |                                                                      aGCTCGTGTGGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCg                                                              <  1:398920/250‑1 (MQ=255)   cTCGTGTGGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGtt                                                            >  1:385821/1‑250 (MQ=255)      gtgtGGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCta                                                        >  1:599406/1‑251 (MQ=255)         tgGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCATACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatcc                                                     <  1:642478/251‑3 (MQ=255)         tgGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatcc                                                     <  1:548972/251‑3 (MQ=255)         tgGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatcc                                                     <  1:121920/251‑3 (MQ=255)         tgGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatcc                                                     <  1:702244/251‑3 (MQ=255)         tgGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAACTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatcc                                                     <  1:859025/251‑3 (MQ=255)            aaGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatccaat                                                  <  1:796451/251‑6 (MQ=255)                cACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCg                                                              <  1:192630/235‑1 (MQ=255)                   cGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatccaatcctataa                                           <  1:107541/251‑13 (MQ=255)                    gTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAATAC‑CAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatccaatcctataa                                           <  1:485932/250‑13 (MQ=255)                     tttGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatccaatcctataaaa                                         <  1:702802/251‑15 (MQ=255)                     tttGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatccaatcctataaaa                                         <  1:401771/251‑15 (MQ=255)                     tttGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatcc                                                     >  1:213460/1‑237 (MQ=255)                       tGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatccaatcctataaaatc                                       <  1:703439/251‑17 (MQ=255)                                   cATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAg                           <  1:450154/251‑1 (MQ=255)                                        aattaaatCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatccaatcctataa                                           >  1:267982/1‑218 (MQ=255)                                             aatCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACgttt                 >  1:547422/1‑248 (MQ=255)                                                cAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACGTTTagt              <  1:583234/251‑3 (MQ=255)                                                     tAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACGTTTagttatac         <  1:593805/251‑8 (MQ=255)                                                     tAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACGTTTagttatac         <  1:479703/251‑8 (MQ=255)                                                      aGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatccaatcc                                                >  1:539839/1‑204 (MQ=255)                                                       gCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTta                        <  1:448242/234‑1 (MQ=255)                                                          tAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatccaatcc                                                >  1:333447/1‑200 (MQ=255)                                                          tAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACGTTTagttatactgatc    <  1:741175/251‑13 (MQ=255)                                                            aTTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACGTTTagttatactgatagc  <  1:741132/251‑15 (MQ=255)                                                                tCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACg                    >  1:885298/1‑229 (MQ=255)                                                                    gtgtCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACGTTTagttatactg       >  1:159848/1‑229 (MQ=255)                                                                    gtgtCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACGTTTagttatac         >  1:257305/1‑229 (MQ=255)                                                                     tgtCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatccaatcc                                                <  1:311278/196‑8 (MQ=255)                                                                                 ggATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACGTTTagttatactg       >  1:46508/1‑216 (MQ=255)                                                                                  gATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatccaatcctataaaa                                         <  1:11837/190‑15 (MQ=255)                                                                                                        gACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACGTTTagttatac         >  1:98202/1‑193 (MQ=255)                                                                                                             aaCGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatccaatcc                                                <  1:234182/156‑8 (MQ=255)                                                                                                             aaCGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtatcc                                                     >  1:471394/1‑149 (MQ=255)                                                                                                                gtgtAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACGTTTagttatac         <  1:3565/192‑8 (MQ=255)                                                                                                                                       tttCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑TAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCtat                                                       <  1:241467/123‑1 (MQ=255)                                                                                                                                                                                                                                                   |                                                                      AGCTCGTGTGGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAA‑ACATAGTCCAAAGCAAACTTTACAAAACCTAAAAGCCCTTGAAAATATTAACCTCAAGGGCTTTTTTATTTCCTAAGCGTTCCTATAAGATACTACCAAAGCCTTGAATTTTAGTTATACGATTACCGCACTTTGGGCA  >  1/296646‑296956

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑