| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,864,954 | C→T | intergenic (‑29291/+18675) | unknown ← / ← unknown | tRNA‑Lys‑TTT/tRNA‑Ser‑TGA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,864,954 | 0 | C | T | 98.8% | 234.7 / NA | 82 | intergenic (‑29291/+18675) | unknown/unknown | tRNA‑Lys‑TTT/tRNA‑Ser‑TGA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (48/33); total (49/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGGTATAAGGCACCACGCAGTAAGTACAGTATTTATTACAGCCTTCCATGATAGAAACAAAGGCAGTCGGGCCTTCTGCGCGCGGTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTCCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGCTTCTTCCGGCACTTCGGTGAGTTCCAAACCATGCGTACTGTGTAATAAATCCGCCATTTTTGATGAATCGTATTCATTCATCTGGCAGCCCCAGGT > 1/1864715‑1865198 | gggTATAAGGCACCACGCAGTAAGTACAGTATTTATTACAGCCTTCCATGATAGAAACAAAGGCAGTCGGGCCTTCTGCGCGCGGTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTg > 1:617735/1‑250 (MQ=255) ggTATAAGGCACCACGCAGTAAGTACAGTATTTATTACAGCCTTCCATGATAGAAACAAAGGCAGTCGGGCCTTCTGCGCGCGGTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCg > 1:14182/1‑251 (MQ=255) gTATAAGGCACCACGCAGTAAGTACAGTATTTATTACAGCCTTCCATGATAGAAACAAAGGCAGTCGGGCCTTCTGCGCGCGGTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGa > 1:413871/1‑251 (MQ=255) ataAGGCACCACGCAGTAAGTACAGTATTTATTACAGCCTTCCATGATAGAAACAAAGGCAGTCGGGCCTTCTGCGCGCGGTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATg < 1:901405/251‑1 (MQ=255) cacGCAGTAAGTACAGTATTTATTACAGCCTTCCATGATAGAAACAAAGGCAGTCGGGCCTTCTGCGCGCGGTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAAc < 1:513120/251‑1 (MQ=255) cacGCAGTAAGTACAGTATTTATTACAGCCTTCCATGATAGAAACAAAGGCAGTCGGGCCTTCTGCGCGCGGTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAAc < 1:826517/251‑1 (MQ=255) cacGCAGTAAGTACAGTATTTATTACAGCCTTCCATGATAGAAACAAAGGCAGTCGGGCCTTCTGCGCGCGGTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAAc < 1:401650/251‑1 (MQ=255) cGCAGTAAGTACAGTATTTATTACAGCCTTCCATGATAGAAACAAAGGCAGTCGGGCCTTCTGCGCGCGGTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCg > 1:641278/1‑251 (MQ=255) gCAGTAAGTACAGTATTTATTACAGCCTTCCATGATAGAAACAAAGGCAGTCGGGCCTTCTGCGCGCGGTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCg > 1:335753/1‑250 (MQ=255) cAGTAAGTACAGTATTTATTACAGCCTTCCATGATAGAAACAAAGGCAGTCGGGCCTTCTGCGCGCGGTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCtt > 1:52576/1‑229 (MQ=255) gtaagtaCAGTATTTATTACAGCCTTCCATGATAGAAACAAAGGCAGTCGGGCCTTCTGCGCGCGGTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTacac > 1:47282/1‑242 (MQ=255) gtaagtaCAGTATTTATTACAGCCTTCCATGATAGAAACAAAGGCAGTCGGGCCTTCTGCGCGCGGTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAAc < 1:132573/245‑1 (MQ=255) gtaagtaCAGTATTTATTACAGCCTTCCATGATAGAAACAAAGGCAGTCGGGCCTTCTGCGCGCGGTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCa > 1:581061/1‑251 (MQ=255) gTATTTATTACAGCCTTCCATGATAGAAACAAAGGCAGTCGGGCCTTCTGCGCGCGGTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTacac < 1:478663/233‑1 (MQ=255) atttattACAGCCTTCCATGATAGAAACAAAGGCAGTCGGGCCTTCTGCGCGCGGTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAAc > 1:803613/1‑234 (MQ=255) tttattACAGCCTTCCATGATAGAAACAAAGGCAGTCGGGCCTTCTGCGCGCGGTTCCGGCAACCGGTGGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCTCCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGG‑TTGCGGCCCAAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATaa < 1:862486/251‑1 (MQ=255) tattaCAGCCTTCCATGATAGAAACAAAGGCAGTCGGGCCTTCTGCGCGCGGTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGCGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATaaa > 1:812496/1‑251 (MQ=255) attaCAGCCTTCCATGATAGAAACAAAGGCAGTCGGGCCTTCTGCGCGCGGTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAAt > 1:744805/1‑251 (MQ=255) aCAGCCTTCCATGATAGAAACAAAGGCAGTCGGGCCTTCTGCGCGCGGTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCg > 1:807783/1‑251 (MQ=255) gCCTTCCATGATAGAAACAAAGGCAGTCGGGCCTTCTGCGCGCGGTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGAt > 1:577173/1‑251 (MQ=255) ttCCATGATAGAAACAAAGGCAGTCGGGCCTTCTGCGCGCGGTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTg > 1:714747/1‑250 (MQ=255) ttCCATGATAGAAACAAAGGCAGTCGGGCCTTCTGCGCGCGGTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTg > 1:183009/1‑250 (MQ=255) aTAGAAACAAAGGCAGTCGGGCCTTCTGCGCGCGGTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCttttt > 1:687735/1‑251 (MQ=255) aCAAAGGCAGTCGGGCCTTCTGCGCGCGGTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCTCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTc < 1:835587/251‑1 (MQ=255) ggCAGTCGGGCCTTCTGCGCGCGGTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTc > 1:408557/1‑250 (MQ=255) gTCGGGCCTTCTGCGCGCGGTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCg > 1:593456/1‑251 (MQ=255) ggCCTTCTGCGCGCGGTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGAc > 1:59446/1‑249 (MQ=255) tCTGCGCGCGGTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTacac < 1:706722/187‑1 (MQ=255) cgGTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTacac > 1:568330/1‑179 (MQ=255) cgGTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAaca > 1:864026/1‑251 (MQ=255) gTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGAt > 1:235463/1‑243 (MQ=255) gTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAacac < 1:21690/250‑1 (MQ=255) cAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTcc < 1:795250/250‑1 (MQ=255) aaCTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTAtt > 1:495457/1‑250 (MQ=255) cTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAAc < 1:829727/142‑1 (MQ=255) cTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTg > 1:104780/1‑203 (MQ=255) aaTATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGc > 1:528271/1‑149 (MQ=255) atCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCa > 1:38021/1‑251 (MQ=255) ccacAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACa > 1:577078/1‑251 (MQ=255) aCTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCaa > 1:81517/1‑240 (MQ=255) cTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGctt > 1:810345/1‑250 (MQ=255) gAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGCTTCTTCCGGCACTTCg > 1:723275/1‑251 (MQ=255) tGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTg < 1:148617/167‑1 (MQ=255) gTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGc < 1:108456/96‑1 (MQ=255) cATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGCTTCTTCCGGCACTTCGGTGAGTTCCAAAc < 1:343725/251‑1 (MQ=255) cATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGCTTCTTCCGGCACTTCGGTGAGTTCCAAAc < 1:611643/251‑1 (MQ=255) cATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGCTTCTTCCGGCACTTCGGTGAGTTCCAAAc < 1:585295/251‑1 (MQ=255) cATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGCTTCTTCCGGCACTTCGGTGAGTTCCAAAc < 1:222870/251‑1 (MQ=255) ccGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAAc > 1:591627/1‑211 (MQ=255) ccGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGCTTCTTCCGGCACTTCGGTGAGTTCCAAACCATg > 1:633454/1‑250 (MQ=255) cGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGCTTCTTCCGGCACTTCGGTGAGTTCCAAACCATGCg < 1:89115/251‑1 (MQ=255) tAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGCTTCTTCCGGCACTTCGGTGAGTTCCAAACCATGCGTAc < 1:286073/251‑1 (MQ=255) tAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGCTTCTTCCGGCACTTCGGTGAGTTCCAAACCATGCGTAc < 1:272341/251‑1 (MQ=255) gTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGCTTCTTCCGGCACTTCGGTGAGTTCCAAACCATGCGTACtg < 1:650321/247‑1 (MQ=255) gTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGCTTCTTCCGGCACTTCGGTGAGTTCCAAACCATGCGTACTGTGta > 1:788644/1‑251 (MQ=255) cAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGCTTCTTCCGGCACTTCGGTGAGTTCCAAACCATGCGTACTGTGtaat < 1:779486/250‑1 (MQ=255) gggTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGCTTCTTCCGGCACTTCGGTGAGTTCCAAACCATGCGTACTGTGtaataa < 1:520123/250‑1 (MQ=255) ggTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGCTTCTTCCGGCACTTCGGTGAGTTCCAAACCATGCGTACTGTGtaataa < 1:30577/249‑1 (MQ=255) aaaTAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGCTTCTTCCGGCACTTCGGTGAGTTCCAAACCATGCGTACTGTGTAATAAATCCGCCATTTTtgat < 1:821341/251‑1 (MQ=255) ataataTCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATc < 1:885594/182‑1 (MQ=255) ataataTCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTCCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCg > 1:356845/1‑113 (MQ=255) cacaTAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGCTTCTTCCGGCACTTCGGTGAGTTCCAAACCATGCGTACTGTGTAATAAATCCGCCATTTTTGATGAATCGTatt > 1:619435/1‑251 (MQ=255) acaTAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCttt > 1:733486/1‑87 (MQ=255) acaTAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGCTTCTTCCGGCACTTCGGTGAGTTCCAAACCATGCGTACTGTGTAATAAATCCGCCATTTTTGATGAATCGTatt > 1:672247/1‑250 (MQ=255) caTAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTa < 1:295380/155‑1 (MQ=255) caTAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAAt < 1:598224/161‑1 (MQ=255) caTAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGCTTCTTCCGGCACTTCGGTGAGTTCCAAACCATGCGTACTGTGTAATAAATCCGCCATTTTTGATGAATCGTattca > 1:213255/1‑251 (MQ=255) aGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGCTTCTTCCGGCACTTCGGTGAGTTCCAAACCATGCGTACTGTGTAATAAATCCGCCATTTTTGATGAATCGTAttcattca > 1:183883/1‑251 (MQ=255) aGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGCTTCTTCCGGCACTTCGGTGAGTTCCAAACCATGCGTACTGGGTAATAAATCCGCCATTTTTGATGAATCGTAttcattca > 1:589693/1‑251 (MQ=255) ggggCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGAt > 1:364839/1‑109 (MQ=255) gggCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAAt > 1:527561/1‑155 (MQ=255) gggCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGCTTCTTCCGGCACTTCGGTGAGTTCCAAACCATGCGTACTGTGTAATaaa < 1:791132/218‑1 (MQ=255) cGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGCTTCTTCCGGCACTTCGGTGAGTTCCAAACCATGCGTACTGTGTAATAAATCCGCCATTTTTGATGAATCGTATTCATTCATCTGGCa < 1:528670/251‑1 (MQ=255) ggTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGCTTCTTCCGGCACTTCGGTGAGTTCCAAACCATGCGTACTGTGtaataa > 1:514275/1‑210 (MQ=255) ggTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGCTTCTTCCGGCACTTCGGTGAGTTCCAAACCATGCGTACTGTGTAAT‑AATCCGCCATTTTTGATGAATCGTATTCATTCATCTGGCAGc > 1:715231/1‑250 (MQ=255) gTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGc < 1:270830/150‑1 (MQ=255) aaTATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGCTTCTTCCGGCACTTCGGTGAGTTCCAAACCATGCGt < 1:554221/192‑1 (MQ=255) atatGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGCTTCTTCCGGCACTTCGGTGAGTTCCAAACCATGCGTACTGTGtaataa > 1:695339/1‑203 (MQ=255) tatGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTa > 1:774143/1‑134 (MQ=255) tatGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGCTTCTTCCGGCACTTCGGTGAGTTCCAAACCATGCGTACTGTGTAATAAATCCGCCATTTTTGATGAATCGTATTCATTCATCTGGCAGCCCCAGGt > 1:393801/1‑250 (MQ=255) atGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATaa > 1:672822/1‑48 (MQ=255) atGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGCTTCTTCCGGCACTTCGGTGAGTTCCAAACCATGCGTACTGTGTAATaaa > 1:40526/1‑202 (MQ=255) | GGGTATAAGGCACCACGCAGTAAGTACAGTATTTATTACAGCCTTCCATGATAGAAACAAAGGCAGTCGGGCCTTCTGCGCGCGGTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTCCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGCTTCTTCCGGCACTTCGGTGAGTTCCAAACCATGCGTACTGTGTAATAAATCCGCCATTTTTGATGAATCGTATTCATTCATCTGGCAGCCCCAGGT > 1/1864715‑1865198 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |