| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,826,758 | C→G | intergenic (+44858/+8626) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Asp‑GTC/tRNA‑Lys‑CTT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,826,758 | 0 | C | G | 96.4% | 151.2 / ‑5.9 | 56 | intergenic (+44858/+8626) | unknown/unknown | tRNA‑Asp‑GTC/tRNA‑Lys‑CTT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base G (37/17); total (37/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTTTTTCCAATCCACTACTTGAGAATACGCGGAGAATCCGCCCACGATCATTTTCGGTTTCACGTCATGGGCTTGTTTGCGTAACGCATCATAGTCGATTAACCCTTCGTCGGTAATGCCGTATTGTTCCGCGTGATAAATCTTGCCGGAGAAACTCACGGACGCGCCGTGGGTTAAGTGACCGCCGTGCGCTAAGCTCATGCCTAAAATGGTATCGCCCGGATTGAGTAACCCCATGTAAACTGCCGCATTGGCTTGCGAACCGGAGTGCGGTTGCACGTTCACATAATCGGCGCCGAATAATTCTTTCGCACGCTCAATAGCGAGCTGTTCCACAATGTCCGCGTATTCACAACCGCCATAATAACGCTTGCCCGGGTAGCCTTCCGCATATTTGTTGGTGAATTGGGAACCTTGCGCTTGCATTACGCGCGGGCTGGCATAGTTTTCAGAAGCGATTAATTCGATATGTTCTT > 1/1826525‑1827001 | tttttttCCAATCCACTACTTGAGAATACGCGGAGAATCCGCCCACGATCATTTTCGGTTTCACGTCATGGGCTTGTTTGCGTAACGCATCATAGTCGATTAACCCTTCGTCGGTAATGCCGTATTGTTCCGCGTGATAAATCTTGCCGGAGAAACTCACGGACGCGCCGTGGGTTAAGTGACCGCCGTGCGCTAAGCTCATGCCTAAAATGGTATCGCCCGGATTGAGTAACGCCATGTAAACTGCCGCa > 1:626848/1‑251 (MQ=255) tCCAATCCACTACTTGAGAATACGCGGAGAATCCGCCCACGATCATTTTCGGTTTCACGTCATGGGCTTGTTTGCGTAACGCATCATAGTCGATTAACCCTTCGTCGGTAATGCCGTATTGTTCCGCGTGATAAATCTTGCCGGAGAAACTCACGGACGCGCCGTGGGTTAAGTGACCGCCGTGCGCTAAGCTCATGCCTAAAATGGTATCGCCCGGATTGAGTAACGCCATGTAAACTGCCGCATTGGCt < 1:818068/251‑1 (MQ=255) tCCACTACTTGAGAATACGCGGAGAATCCGCCCACGATCATTTTCGGTTTCACGTCATGGGCTTGTTTGCGTAACGCATCAGAGTCGATTAACCCTTCGTCGGTAATGCCGTATTGTTCCGCGTGATAAATCTTGCCGGAGAAACTCACGGACGCGCCGTGGGTTAAGTGACCGCCGTGCGCTAAGCTCATGCCTAAAATGGTATCGCCCGGATTGAGTAACGCCATGTAAACTGCCGCATTGGCTTGCGa < 1:437587/251‑1 (MQ=255) actTGAGAATACGCGGAGAATCCGCCCACGATCATTTTCGGTTTCACGTCATGGGCTTGTTTGCGTAACGCATCATAGTCGATTAACCCTTCGTCGGTAATGCCGTATTGTTCCGCGTGATAAATCTTGCCGGAGAAACTCACGGACGCGCCGTGGGTTAAGTGACCGCCGTGCGCTAAGCTCATGCCTAAAATGGTATCGCCCGGATTGAGTAACGCCATGTAAACTGCCGCATTGGCTTGCGAACCGGa > 1:893533/1‑251 (MQ=255) ctTGAGAATACGCGGAGAATCCGCCCACGATCATTTTCGGTTTCACGTCATGGGCTTGTTTGCGTAACGCATCATAGTCGATTAACCCTTCGTCGGTAATGCCGTATTGTTCCGCGTGATAAATCTTGCCGGAGAAACTCACGGACGCGCCGTGGGTTAAGTGACCGCCGTGCGCTAAGCTCATGCCTAAAATGGTATCGCCCGGATTGAGTAACGCCATGt < 1:502306/222‑1 (MQ=255) tACGCGGAGAATCCGCCCACGATCATTTTCGGTTTCACGTCATGGGCTTGTTTGCGTAACGCATCATAGTCGATTAACCCTTCGTCGGTAATGCCGTATTGTTCCGCGTGATAAATCTTGCCGGAGAAACTCACGGACGCGCCGTGGGTTAAGTGACCGCCGTGCGCTAAGCTCATGCCTAAAATGGTATCGCCCGGATTGAGTAACGCCATGTAAACTGCCGCATTGGCTTGCGAACCGGAGTGCGGTTg > 1:518283/1‑251 (MQ=255) cgGAGAATCCGCCCACGATCATTTTCGGTTTCACGTCATGGGCTTGTTTGCGTAACGCATCATAGTCGATTAACCCTTCGTCGGTAATGCCGTATTGTTCCGCGTGATAAATCTTGCCGGAGAAACTCACGGACGCGCCGTGGGTTAAGTGACCGCCGTGCGCTAAGCTCATGCCTAAAATGGTATCGCCCGGATTGAGTAACGCCATGTAAACTGCCGCATTGGCTTGCGAACCGGAGTGCGGTTGctgg > 1:51491/1‑248 (MQ=255) cgGAGAATCCGCCCACGATCATTTTCGGTTTCACGTCATGGGCTTGTTTGCGTAACGCATCATAGTCGATTAACCCTTCGTCGGTAATGCCGTATTGTTCCGCGTGATAAATCTTGCCGGAGAAACTCACGGACGCGCCGTGGGTTAAGTGACCGCCGTGCGCTAAGCTCATGCCTAAAATGGTATCGCCCGGATTGAGTAACGCCATGTAAACTGCCGCATTGGCTTGCGAACCGGAGTGCGGTTGCAc < 1:680001/250‑1 (MQ=255) gagaATCCGCCCACGATCATTTTCGGTTTCACGTCATGGGCTTGTTTGCGTAACGCATCATAGTCGATTAACCCTTCGTCGGTAATGCCGTATTGTTCCGCGTGATAAATCTTGCCGGAGAAACTCACGGACGCGCCGTGGGTTAAGTGACCGCCGTGCGCTAAGCTCATGCCTAAAATGGTATCGCCCGGATTGAGTAACGCCATGTAAACTGCCGCATTGGCTTGCGAACCGGAGTGCGGTTGCACGt < 1:170820/250‑1 (MQ=255) gaATCCGCCCACGATCATTTTCGGTTTCACGTCATGGGCTTGTTTGCGTAACGCATCATAGTCGATTAACCCTTCGTCGGTAATGCCGTATTGTTCCGCGTGATAAATCTTGCCGGAGAAACTCACGGACGCGCCGTGGGTTAAGTGACCGCCGTGCGCTAAGCTCATGCCTAAAATGGTATCGCCCGGATTGAGTAACGCCATGTAAACTGCCGCATTGGCTTGCGAACCGGAGTGCGGTTGCACGTTca > 1:786597/1‑251 (MQ=255) 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ttGTTTGCGTAACGCATCATAGTCGATTAACCCTTCGTCGGTAATGCCGTATTGTTCCGCGTGATAAATCTTGCCGGAGAAACTCACGGACGCGCCGTGGGTTAAGTGACCGCCGTGCGCTAAGCTCATGCCTAAAATGGTATCGCCCGGATTGAGTAACGCCATGTAAACTGCCGCATTGGCTTGCGAACCGGAGTGCGGTTGCACGTTCACATAATCGGCGCCGAATAATTCTTTCGCACGCTCAATAg < 1:451762/251‑1 (MQ=255) tttGCGTAACGCATCATAGTCGATTAACCCTTCGTCGGTAATGCCGTATTGTTCCGCGTGATAAATCTTGCCGGAGAAACTCACGGACGCGCCGTGGGTTAAGTGACCGCCGTGCGCTAAGCTCATGCCTAAAATGGTATCGCCCGGATTGAGTAACGCCATGTAAACTGCCGCATTGGCTTGCGAACCGGAGTGCGGTTGCACGTTCACATAATCGGCGCCGAATAATTCTTTCGCACGCTCAATAGCg < 1:72103/250‑1 (MQ=255) atcatAGTCGATTAACCCTTCGTCGGTAATGCCGTATTGTTCCGCGTGATAAATCTTGCCGGAGAGACTCACGGACGCGCCGTGGGTTAAGTGACCGCCGTGCGCTAAGCTCATGCCTAAAATGGTATCGCCCGGATTGAGTAACGCCATGTAAACTGCCGCATTGGCTTGCGAACCGGAGTGCGGTTGCACGTTCACATAATCGGCGCCGAATAATTCTTTCGCACGCTCAATAGCGAGCTGTTCCACaa < 1:196183/251‑1 (MQ=255) atcatAGTCGATTAACCCTTCGTCGGTAATGCCGTATTGTTCCGCGTGATAAATCTTGCCGGAGAAACTCACGGACGCGCCGTGGGTTAAGTGACCGCCGTGCGCTAAGCTCATGCCTAAAATGGTATCGCCCGGATTGAGTAACGCCATGTAAACTGCCGCATTGGCTTGCGAACCGGAGTGCGGTTGCACGTTCACATAATCGGCGCCGAATAATTCTTTCGCACGCTCAATAGCGAGCTGTTCCACaa < 1:379194/251‑1 (MQ=255) tcatAGTCGATTAACCCTTCGTCGGTAATGCCGTATTGTTCCGCGTGATAAATCTTGCCGGAGAAACTCACGGACGCGCCGTGGGTTAAGTGACCGCCGTGCGCTAAGCTCATGCCTAAAATGGTATCGCCCGGATTGAGTAACGCCATGTAAACTGCCGCATTGGCTTGCGAACCGGAGTGCGGTTGCACGTTCACATAATCGGCGCCGAATAATTCTTTCGCACGCTCAATAGCGAGCTGTTCCACAAt > 1:553765/1‑251 (MQ=255) aTTAACCCTTCGTCGGTAATGCCGTATTGTTCCGCGTGATAAATCTTGCCGGAGAAACTCACGGACGCGCCGTGGGTTAAGTGACCGCCGTGCGCTAAGCTCATGCCTAAAATGGTATCGCCCGGATTGAGTAACGCCATGTAAACTGCCGCATTGGCTTGCGAACCGGAGTGCGGTTGCACGTTCACATAATCGGCGCCGAATAATTCTTTCGCACGCTCAATAGCGAGCTGTTCCACAATGTCCGCGTa < 1:316711/251‑1 (MQ=255) 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TTTTTTTCCAATCCACTACTTGAGAATACGCGGAGAATCCGCCCACGATCATTTTCGGTTTCACGTCATGGGCTTGTTTGCGTAACGCATCATAGTCGATTAACCCTTCGTCGGTAATGCCGTATTGTTCCGCGTGATAAATCTTGCCGGAGAAACTCACGGACGCGCCGTGGGTTAAGTGACCGCCGTGCGCTAAGCTCATGCCTAAAATGGTATCGCCCGGATTGAGTAACCCCATGTAAACTGCCGCATTGGCTTGCGAACCGGAGTGCGGTTGCACGTTCACATAATCGGCGCCGAATAATTCTTTCGCACGCTCAATAGCGAGCTGTTCCACAATGTCCGCGTATTCACAACCGCCATAATAACGCTTGCCCGGGTAGCCTTCCGCATATTTGTTGGTGAATTGGGAACCTTGCGCTTGCATTACGCGCGGGCTGGCATAGTTTTCAGAAGCGATTAATTCGATATGTTCTT > 1/1826525‑1827001 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |