| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,787,327 | C→T | intergenic (+5427/+48057) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Asp‑GTC/tRNA‑Lys‑CTT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,787,327 | 0 | C | T | 98.9% | 243.2 / ‑4.9 | 88 | intergenic (+5427/+48057) | unknown/unknown | tRNA‑Asp‑GTC/tRNA‑Lys‑CTT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (48/39); total (49/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.72e-01 | |||||||||||
TTTGTCTTTCAAGGAAGCAAGCGCGGCAACAGCACCGGCAATGTTGATATTGTCAATGGACATGAATTTATCCACTTCTTCCACCACATCGGAATTCGCCAGCATATACCCCACGCGATAACCTGCCATGGCATAAAATTTAGAGAAAGTGCGGGTGACAGCAACATTTTTAAAACCCTGTTTAATCAGCTTAACGCCACTTTCAAAAGCAGGATCCTGTACATATTCGGCGTAGGCTTCATCCAGTAAAAAGAAATAATTTTCCGGCGCTTTTTTAATCCAACGGAATAACTCTTTTGCCGGCGTAACGGTTGAAGTTGGATTATTCGGGTTACACAAATAGAAAATACTCACGCCACTAAACTGCTCGGCGGTTTCTTGTAATTTTGCCAAATCAAATTGGAAATCTTTAGTCAGCGGCACCTTAACAACTGGCACATTCATGGCTTGCGCATATAATTCGGCATAATTAAACGTCGGATCCGGCACC > 1/1787084‑1787573 | tttGTCTTTCAAGGAAGCAAGCGCGGCAACAGCACCGGCAATGTTGATATTGTCAATGGACATGAATTTATCCACTTCTTCCACCACATCGGAATTCGCCAGCATATACCCCACGCGATAACCTGCCATGGCATAAAATTTAGAGAAAGTGCGGGTGACGGCAACATTTTTAAAACCCTGTTTAATCAGCTTAACGCCACTTTCAAAAGCAGGATCCTGTACATATTCGGCGTAGGCTTCATCTAGTaaaa < 1:855552/251‑1 (MQ=255) gTCTTTCAAGGAAGCAAGCGCGGCAACAGCACCGGCAATGTTGATATTGTCAATGGACATGAATTTATCCACTTCTTCCACCACATCGGAATTCGCCAGCATATACCCCACGCGATAACCTGCCATGGCATAAAATTTAGAGAAAGTGCGGGTGACGGCAACATTTTTAAAACCCTGTTTAATCAGCTTAACGCCACTTTCAAAAGCAGGATCCTGTACATATTCGGCGTAGGCTTCATCTAGTAAAAAGa > 1:501650/1‑251 (MQ=255) cACCGGCAATGTTGATATTGTCAATGGACATGAATTTATCCACTTCTTCCACCACATCGGAATTCGCCAGCATATACCTCACGCGATAACCTGCCATGGCATAAAATTTAGAGAAAGTGCGGGTGACGGCAACATTTTTAAAACCCTGTTTAATCAGCTTAACGCCACTTTCAAAAGCAGGATCCTGTACATATTCGGCGTAGGCTTCATCTAGTAAAAAGAAATAATTTTCCGGCGCTTTTTTAATc < 1:446807/248‑1 (MQ=255) cGGCAATGTTGATATTGTCAATGGACATGAATTTATCCACTTCTTCCACCACATCGGAATTCGCCAGCATATACCCCACGCGATAACCTGCCATGGCATAAAATTTAGAGAAAGTGCGGGTGACGGCAACATTTTTAAAACCCTGTTTAATCAGCTTAACGCCACTTTCAAAAGCAGGATCCTGTACATATTCGGCGTAGGCTTCATCTAGTAAAAAGAAATAATTTTCCGGCGCTTTTTTAATCCAACgg < 1:555250/251‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tttttAAAACCCTGTTTAATCAGCTTAACGCCACTTTCAAAAGCAGGATCCTGTACATATTCGGCGTAGGCTTCATCTAGTAAAAAGAAATAATTTTCCGGCGCTTTTTTAATCCAACGGAATAACTCTTTTGCCGGCGTAACGGTTGAAGTTGGATTATTCGGGTTACACAAATAGAAAATACTCACGCCACTAAACTGCTCGGCGGTTTCTTGTAATTTTGCCAAATCAAATTGGAAATCTTTAGTCAg > 1:209317/1‑251 (MQ=255) tttttAAAACCCTGTTTAATCAGCTTAACGCCACTTTCAAAAGCAGGATCCTGTACATATTCGGCGTAGGCTTCATCTAGTAAAAAGAAATAATTTTCCGGCGCTTTTTTAATCCAACGGAATAACTCTTTTGCCGGCGTAACGGTTGAAGTTGGATTATTCGGGTTACACAAATAGAAAATACTCACGCCACTAAACTGCTCGGCGGTTTCTTGTAATTTTGCCAAATCAAATTGGAAATCTTTAGTCAg > 1:528432/1‑251 (MQ=255) tttttAAAACCCTGTTTAATCAGCTTAACGCCACTTTCAAAAGCAGGATCCTGTACATATTCGGCGTAGGCTTCATCTAGTAAAAAGAAATAATTTTCCGGCGCTTTTTTAATCCAACGGAATAACTCTTTTGCCGGCGTAACGGTTGAAGTTGGATTATTCGGGTTACACAAATAGAAAATACTCACGCCACTAAACTGCTCGGCGGGTTCTTGTAATTTTGCCAAATCAAATTGGAAATCTTTAGTc > 1:544485/1‑249 (MQ=255) gTTTAATCAGCTTAACGCCACTTTCAAAAGCAGGATCCTGTACATATTCGGCGTAGGCTTCATCTAGTAAAAAGAAATAATTTTCCGGCGCTTTTTTAATCCAACGGAAt < 1:869222/110‑1 (MQ=255) 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aTCCTGTACATATTCGGCGTAGGCTTCATCTAGTAAAAAGAAATAATTTTCCGGCGCTTTTTTAATCCAACGGAATAACTCTTTTGCCGGCGTAACGGTTGAAGTTGGATTATTCGGGTTACACAAATAGAAAATACTCACGCCACTAAACTGCTcggcgg < 1:783175/161‑1 (MQ=255) aTCCTGTACATATTCGGCGTAGGCTTCATCTAGTAAAAAGAAATAATTTTCCGGCGCTTTTTTAATCCAACGGAATAACTCTTTTGCCGGCGTAACGGTTGAAGTTGGATTATTCGGGTTACACAAATAGAAAATACTCACGCCACTAAACTGCTCGGCGGTTTCTTGTAATTTTGCCAAATCAAATTGGAAATCTTTAGTc > 1:841153/1‑202 (MQ=255) aTCCTGTACATATTCGGCGTAGGCTTCATCTAGTAAAAAGAAATAATTTTCCGGCGCTTTTTTAATCCAACGGAATAACTCTTTTGCCGGCGTAACGGTTGAAGTTGGATTATTCGGGTTACACAAATAGAAAATACTCACGCCACTAAACTGCTCGGCGGTTTCTTGTAATTTTGCCAAATCAAATTGGAAATCTTTAGTCAGCGGCACCTTAACAACCGGCACATTCATGGCt > 1:138011/1‑235 (MQ=255) aTCCTGTACATATTCGGCGTAGGCTTCATCTAGTAAAAAGAAATAATTTTCCGGCGCTTTTTTAATCCAACGGAATAACTCTTTTGCCGGCGTAACGGTTGAAGTTGGATTATTCGGGTTACACAAATAGAAAATACTCACGCCACTAAACTGCTCGGCGGTTTCTTGTAATTTTGCCAAATCAAATTGGAAATCTTTAGTCAGCGGCACCTTAACAACCGGCACATTCATGGCTTGCGCAtata > 1:2684/1‑245 (MQ=255) 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1:73823/251‑1 (MQ=255) tatTCGGCGTAGGCTTCATCTAGTAAAAAGAAATAATTTTCCGGCGCTTTTTTAATCCAACGGAATAACTCTTTTGCCGGCGTAACGGTTGAAGTTGGATTATTCGGGTTACACAAATAGAAAATACTc > 1:532177/1‑129 (MQ=255) cGGCGTAGGCTTCATCTAGTAAAAAGAAATAATTTTCCGGCGCTTTTTTAATCCAACGGAATAACTCTTTTGCCGGCGTAACGGTTGAAGTTGGat < 1:170382/96‑1 (MQ=255) ggCGTAGGCTTCATCTAGTAAAAAGAAATAATTTTCCGGCGCTTTTTTAATCCAACGGAATAACTCTTTTGCCGGCGTAACGGTTGAAGTTGGATTATTCGGGTTACACAAATAGAAAATACTCACGCCACTAAACTGCTCGGCGGTTTCTTGTAATTTTGCCAAATCAAATTGGAAATCTTTAGTCAGCGGCACCTTAACAACCGGCACATTCATGGCTTGCGCATATAATTCGGCATAATTAAACGTCg > 1:568882/1‑251 (MQ=255) aaggtttCATCTAGTAAAAAGAAATAATTTTCCGGGGCTTTTTTAATCCAACGGAATAACTCTTTTGCGGGCGTAACGGTTGAAGTTGGATTATTCGGGTTACACAAAAAGAAAATACTCACGCCACTAAACTGCTCGGCGGTTTCTTGTAATTTTGCCAAATCAAATTGGAAATCTTTAGTCAGCGGCACCTTAACAACCGGCACATTCATGGCTTGCGCATATAATTCGGCATAATTAAACGTCGGATc < 1:152089/246‑1 (MQ=255) aGGCTTCATCTAGTAAAAAGAAATAATTTTCCGGCGCTTTTTTAATCCAACGGAATAACTCTTTTGCCGGCGTAACGGTTGAAGTTGGATTATTCGGGTTACACAAATAGAAAATACTCACGCCACTAAAc > 1:82247/1‑131 (MQ=255) ggCTTCATCTAGTAAAAAGAAATAATTTTCCGGCGCTTTTTTAATCCAACGGAATAACTCTTTTGCCGGCGTAACGGTTGAAGTTGGATTATTCGGGTTACACAAATAGAAAATACTCACGCCACTAAACTGCTCGGCGGTTTCTTGTAATTTTGCCAAATCAAATTGGAAATCTTTAGTCAGCGGCACCTTAACAACCGGCACATTCATGGCTTGCGCATATAATTCGGCATAATTa > 1:838935/1‑238 (MQ=255) gCTTCATCTAGTAAAAAGAAATAATTTTCCGGCGCTTTTTTAATCCAACGGAATAACTCTTTTGCCGGCGTAACGGTTGAAGTTGGATTATTCGGGTTACACAAATAGAAAATACTCACGCCACTAAACTGCTCGGCGGTTTCTTGTAATTTTGCCAAATCAAATTGGAAATCTTTAGTc > 1:597957/1‑180 (MQ=255) cATCTAGTAAAAAGAAATAATTTTCCGGCGTTTTTTTAATCCAACGGAATACCTCTTTTGCCGGCGTAACGTTTGAATTTGGATTATTCGGGTTACACAAAAAAAAAATACTCACGCCACTAAACTGCTCGGCGGTTTCTTGTAATTTTGCCAAATCAAATTGGAAATCTTTAGTCAGCGGCACCTTAACAACCGGCACATTCATGGCTTGCGCATATAATTCGGCATAATTAAACGTCGGATCCGGcacc < 1:190680/251‑1 (MQ=255) cATCTAGTAAAAAGAAATAATTTTCCGGCGCTTTTTTAATCCAACGGAATAACTCTTTTGCCGGCGTAACGGTTGAAGTTGGATTATTCGGGTTACACAAATAGAAAATACTCACGCCACTAAACTGCTCGGCGGTTTCTTGt > 1:223653/1‑143 (MQ=255) | TTTGTCTTTCAAGGAAGCAAGCGCGGCAACAGCACCGGCAATGTTGATATTGTCAATGGACATGAATTTATCCACTTCTTCCACCACATCGGAATTCGCCAGCATATACCCCACGCGATAACCTGCCATGGCATAAAATTTAGAGAAAGTGCGGGTGACAGCAACATTTTTAAAACCCTGTTTAATCAGCTTAACGCCACTTTCAAAAGCAGGATCCTGTACATATTCGGCGTAGGCTTCATCCAGTAAAAAGAAATAATTTTCCGGCGCTTTTTTAATCCAACGGAATAACTCTTTTGCCGGCGTAACGGTTGAAGTTGGATTATTCGGGTTACACAAATAGAAAATACTCACGCCACTAAACTGCTCGGCGGTTTCTTGTAATTTTGCCAAATCAAATTGGAAATCTTTAGTCAGCGGCACCTTAACAACTGGCACATTCATGGCTTGCGCATATAATTCGGCATAATTAAACGTCGGATCCGGCACC > 1/1787084‑1787573 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |