| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,725,307 | C→T | intergenic (+82949/‑56418) | unknown → / → unknown | tRNA‑Leu‑CAA/tRNA‑Asp‑GTC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,725,307 | 0 | C | T | 99.1% | 331.9 / NA | 112 | intergenic (+82949/‑56418) | unknown/unknown | tRNA‑Leu‑CAA/tRNA‑Asp‑GTC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (56/55); total (57/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
CGAACGCTACGGCATCGAACGTAAAAACTCACCATTGAAATAAGGGAGGCGGAAGCATGTTTAAGTTACTTAAAACCGTATTTAAAGCCGGCGACGTTACCACCAAATACCCGTTCCAACCTTATGAAGTGGATGATGATTTCAGAGGTAAACCGGAACTTAATTCCGATCAATGTATCGTATGCGCCGCCTGCACAATAGCTTGCCCGGCGAACGCTTTAACCATGCGCACCGACCCGGTGACCGGCGACCGCACTTGGTCTTTATTCCTGGGGCGCTGTATTTTCTGCGGTCGTTGTGAAGAAGTGTGCCCGACCAAAGCCATTCGCTTAACGCAGGATTTTGAATTATCGGTAACCAACAAACAGGATCTTTATCAGGAAACCACCTTTGCGACCGTTGCCTGTCAGGAATGCGGTCAACCATTCATTTCCTATAAAGAGCTGAATTACACCATTGATTTATTCAAACA > 1/1725060‑1725531 | cGAACGCTACGGCATCGAACGTAAAAACTCACCATTGAAATAAGGGAGGCGGAAGCATGTTTAAGTTACTTAAAACCGTATTTAAAGCCGGCGACGTTACCACCAAATACCCGTTCCAACCTTATGAAGTGGATGATGATTTCAGAGGTAAACCGGAACTTAATTCCGATCAATGTATCGTATGCGCCGCCTGCACAATGGCTTGCCCGGCGAACGCTTTAACCATGCGCACCGACCcggtgaccggtgac < 1:692984/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |