| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 205,109 | A→G | intergenic (‑69658/+8588) | unknown ← / ← unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑Arg‑ACG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 205,109 | 0 | A | G | 100.0% | 243.9 / NA | 84 | intergenic (‑69658/+8588) | unknown/unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑Arg‑ACG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (45/39); total (45/39) | |||||||||||
CACAAAATCCACTTCTGCCGTGCCTTTTTCCGTTGCCCAGTAGAAAACGGGATTGTCTTGCAGCACCAAAAGTTGTTGCAGGACATATTGTTCCGTCAGTGCACCTTTGAATTCGGTGAATAGGCGGTTGCCTTCCAAAAGCACTGTCGAGTCTAAATAGCTTTGT‑‑GCGCCGAGCAAGCCCACATCAAGGCTGAATAATTTAAAGGCGTTGTCTTGATAGGCGCTCAGCGGTAAATACGGCTTTTTAATACGTGGCACGACATGGACTAAGCCGCTGTCTTTTAACCATTGCAGGGCGATTTCATAATCTTTACTGCGCGCTCCTTTTTGCAGTTGGGAATAGACGAATTTTTTGTTTTCTTTTGCCAGCTGTTCCGGAATGCTGTTCCATAATGCACGTACCCGCTGCACCGTTTGCCCGTCGCTAATGTGTTTGGAAAAATCCTGTTCGTATGCCATCAACAAATTGCGTTGGATTTGCC > 1/204873‑205354 | cacaAAATCCACTTCTGCCGTGCCTTTTTCCGTTTCCCAGTAGAAAACGGGATTGTCTGGCAGCACCAAAAGTTGTTGCAGGACATATTGTTCCGTCAGTGCGCCTTTGAATTCGGTGAATAGGCGGTTGCCTTCCAAAAGCACTGTCGAGTCTAAATAGCTTTGT‑‑GCGCCGAGCAAGCCCACATCAAGGCTGAATAATTTAAAGGCGTTGTCTTGATAGGCGCTCAGCGGTAAATGCGGCTTTTGAATa < 1:469947/250‑1 (MQ=255)cacaAAATCCACTTCTGCCGTGCCTTTTTCCGTTGCCCAGTAGAAAACGGGATTGTCTTGCAGCACCAAAAGTTGTTGCAGGACATATTGTTCCGTCAGTGCGCCTTTGAATTCGGTGAATAGGCGGTTGCCTTCCAAAAGCACTGTCGAGTCTAAATAGCTTTGT‑‑GCGCCGAGCAAGCCCACATCAAGGCTGAATAATTTAAAGGCGTTGTCTTGATAGGCGCTCAGCGGTAAATGCGGCTTTTTAATa > 1:551963/1‑250 (MQ=255)cacaAAATCCACTTCTGCCGTGCCTTTTTCCGTTGCCCAGTAGAAAACGGGATTGTCTTGCAGCACCAAAAGTTGTTGCAGGACATATTGTTCCGTCAGTGCGCCTTTGAATTCGGTGAATAGGCGGTTGCCTTCCAAAAGCACTGTCGAGTCTAAATAGCTTTGT‑‑GCGCCGAGCAAGCCCACATCAAGGCTGAATAATTTAAAGGCGTTGTCTTGATAGGCGCTCAGCGGTAAATGCGGCTTTTTAATAc < 1:556602/251‑1 (MQ=255) acaAAATCCACTTCTGCCGTGCCTTTTTCCGTTGCCCAGTAGAAAACGGGATTGTCTTGCAGCACCAAAAGTTGTTGCAGGACATATTGTTCCGTCAGTGCGCCTTTGAATTCGGTGAATAGGCGGTTGCCTTCCAAAAGCACTGTCGAGTCTAAATAGCTTTGT‑‑GCGCCGAGCAAGCCCACATCAAGGCTGAATAATTTAAAGGCGTTGTCTTGATAGGCGCTCAGCGGTAAATGCGGCTTTTTAATACg < 1:32852/251‑1 (MQ=255) 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ccACATCAAGGCTGAATAATTTAAAGGCGTTGTCTTGATAGGCGCTCAGCGGTAAATGCGGCTTTTTAATACGTGGCACGACATGGACTAAGCCGCTGTCTTTTAACCATTGCAGGGCGATTTCATAATCTTTACTGCGCGCTCCTTTTTGCAGTTGGGAATAGACGAATTTTTTGTTTTCTTTTGCCAGCTGTTCCGGAATGCTGTTCCATAATGCACGTACCCGCTGCACCGTTTGCCCGTCGCTAAtg < 1:608010/251‑1 (MQ=255) ggCTGAATAATTTAAAGGCGTTGTCTTGATAGGCGCTCAGCGGTAAATGCGGCTTTTTAATACGTGGCACGACATGGACTAAGCCGCTGTCTTTTAACCATTGCAGGGCGATTTCATAATCTTTACTGCGCGCTCCTTTTTGCAGTTGGGAATAGACGAATTTTTTGTTTTCTTTTGCCAGCTGTTCCGGAATGc < 1:499926/195‑1 (MQ=255) gAATAATTTAAAGGCGTTGTCTTGATAGGCGCTCAGCGGTAAATGCGGCTTTTTAATACGTGGCACGACATGGACTAAGCCGCTGTCTTTTAACCATTGCAGGGCGATTTCATAATCTTTACTGCGCGCTCCTTTTTGCAGTTGGGAATAGACGAATTTTTTGTTTTCTTTTGCCAGCTGTTCCGGAATGCTGTTCCAt > 1:443842/1‑199 (MQ=255) gAATAATTTAAAGGCGTTGTCTTGATAGGCGCTCAGCGGTAAATGCGGCTTTTTAATACGTGGCACGACATGGACTAAGCCGCTGTCTTTTAACCATTGCAGGGCGATTTCATAATCTTTACTGCGCGCTCCTTTTTGCAGTTGGGAATAGACGAATTTTTTGTTTTCTTTTGCCAGCTGTTCCGGAATGCTGTTCCATAATGCACGTACCCGCTGCACCGTTTGCCCGTCGCTAATGTGTTTGGa > 1:582397/1‑246 (MQ=255) 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atTTAAAGGCGTTGTCTTGATAGGCGCTCAGCGGTAAATGCGGCTTTTTAATACGTGGCACGACATGGACTAAGCCGCTGTCTTTTAACCATTGCAGGGCGATTTCATAATCTTTACTGCGCGCTCCTTTTTGCAGTTGGGAATAGACGAATTTTTTGTTTTCTTTTGCCAGCTGTTCCGGAATGCTGTTCCATAATGCACGTACCCGCTGCACCGTTTGCCCGTCGCTAAtg > 1:788456/1‑233 (MQ=255) atTTAAAGGCGTTGTCTTGATAGGCGCTCAGCGGTAAATGCGGCTTTTTAATACGTGGCACGACATGGACTAAGCCGCTGTCTTTTAACCATTGCAGGGCGATTTCATAATCTTTACTGCGCGCTCCTTTTTGCAGTTGGGAATAGACGAATTTTTTGTTTTCTTTTGCCAGCTGTTCCGGAATGCTGTTCCATAATGCACGTACCCGCTGCACCGTTTGCCCGTCGCTAATGTGTTTGGAAAAATc > 1:499080/1‑247 (MQ=255) ttAAAGGCGTTGTCTTGATAGGCGCTCAGCGGTAAATGCGGCTTTTTAATACGTGGCACGACATGGACTAAGCCGCTGTCTTTTAACCATTGCAGGGCGATTTCATAATCTTTACTGCGCGCTCCTTTTTGCAGTTGGGAATAGACGAATTTTTTGTTTTCTTTTGCCAGCTGTTCCGGAATGCTGTTCCATAATGCACGTACCCGCTGCACCGTTTGCCCGTCGCTAATGTGTTTGGAAAAATCCTGTTc < 1:726384/251‑1 (MQ=255) 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gTCTTGATAGGCGCTCAGCGGTAAATGCGGCTTTTTAATACGTGGCACGACATGGACTAAGCCGCTGTCTTTTAACCATTGCAGGGCGATTTCATAATCTTTACTGCGCGCTCCTTTTTGCAGTTGGGAATAGACGAATTTTTTGTTTTCTTTTGCCAGCTGTTCCgg > 1:576341/1‑168 (MQ=255) gTCTTGATAGGCGCTCAGCGGTAAATGCGGCTTTTTAATACGTGGCACGACATGGACTAAGCCGCTGTCTTTTAACCATTGCAGGGCGATTTCATAATCTTTACTGCGCGCTCCTTTTTGCAGTTGGGAATAGACGAATTTTTTGTTTTCTTTTGCCAGCTGTTCCGGAATGCTGTTCCATAATGCACGTACCCGCTGCACCGTTTGCCCGTCGCTAAtgtg > 1:728070/1‑222 (MQ=255) gTCTTGATAGGCGCTCAGCGGTAAATGCGGCTTTTTAATACGTGGCACGACATGGACTAAGCCGCTGTCTTTTAACCATTGCAGGGCGATTTCATAATCTTTACTGCGCGCTCCTTTTTGCAGTTGGGAATAGACGAATTTTTTGTTTTCTTTTGCCAGCTGTTCCGGAATGCTGTTCCATAATGCACGTACCCGCTGCACCGTTTGCCCGTCGCTAATGTGTTTGGAAAAATCCTGTTCGTATGCCATca > 1:611319/1‑251 (MQ=255) cTTGATAGGCGCTCAGCGGTAAATGCGGCTTTTTAATACGTGGCACGACATGGACTAAGCCGCTGTCTTTTAACCATTGCAGGGCGATTTCATAATCTTTACTGCGCGCTCCTTTTTGCAGTTGGGAATAGACGAATTTTTTGTTTTCTTTTGCCAGCTGTTCCGGAATGCTGTTCCATaa < 1:18061/181‑1 (MQ=255) 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gCGGTAAATGCGGCTTTTTAATACGTGGCACGACATGGACTAAGCCGCTGTCTTTTAACCATTGCAGGGCGATTTCATAATCTTTACTGCGCGCTCCTTTTTGCAGTTGGGAATAGACGAATTTTTTGTTTTCTTTTGCCAGCTGTTCCGGAATGCTGTTCCATAATGCACGTACCCGCTGCACCGTTTGCCCGTCGCTAATGTGTTTGGAAAAATCCTGTTCGTATGCCATCAACAAATTGCGTTGGAtt > 1:396234/1‑251 (MQ=255) tAAATGCGGCTTTTTAATACGTGGCACGACATGGACTAAGCCGCTGTCTTTTAACCATTGCAGGGCGATTTCATAATCTTTACTGCGCGCTCCTTTTTGCAGTTGGGAATAGACGAATTTTTTGTTTTCTTTTGCCAGCTGTTCCGGAATGCTGTTCCATAATGCACGTACCCGCTGCACCGTTTGCCCGTCGCTAATGTGTTTGGAAAAATCCTGTTCGTATGCCATCAACAAATTGCGTTGGATTTGcc < 1:335761/251‑1 (MQ=255) | CACAAAATCCACTTCTGCCGTGCCTTTTTCCGTTGCCCAGTAGAAAACGGGATTGTCTTGCAGCACCAAAAGTTGTTGCAGGACATATTGTTCCGTCAGTGCACCTTTGAATTCGGTGAATAGGCGGTTGCCTTCCAAAAGCACTGTCGAGTCTAAATAGCTTTGT‑‑GCGCCGAGCAAGCCCACATCAAGGCTGAATAATTTAAAGGCGTTGTCTTGATAGGCGCTCAGCGGTAAATACGGCTTTTTAATACGTGGCACGACATGGACTAAGCCGCTGTCTTTTAACCATTGCAGGGCGATTTCATAATCTTTACTGCGCGCTCCTTTTTGCAGTTGGGAATAGACGAATTTTTTGTTTTCTTTTGCCAGCTGTTCCGGAATGCTGTTCCATAATGCACGTACCCGCTGCACCGTTTGCCCGTCGCTAATGTGTTTGGAAAAATCCTGTTCGTATGCCATCAACAAATTGCGTTGGATTTGCC > 1/204873‑205354 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |