| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 1,476,702 | C→T | intergenic (‑58451/‑14833) | unknown ← / → unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑Ser‑GGA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,476,702 | 0 | C | T | 100.0% | 176.2 / NA | 63 | intergenic (‑58451/‑14833) | unknown/unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑Ser‑GGA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (29/34); total (29/34) | |||||||||||
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< 1:766050/250‑1 (MQ=255) cccccGGTGTGATGGGTAACGCTAAATCCTGACATAATTGCACGATTTTAGGATTAAATCCCGGTGTGACGACCACATCTGCAc < 1:771934/84‑1 (MQ=255) cgggTGTGATGGGTACCGATAAATCCTGACATATTTGCACGATTTTAGAATTAAATCCGGGTGTGACGACCACATCTGCCCCGCTGTTTTTGGCGGCGACGTCCTGTTGGGCGTTCAATACGGTTCCCGCCGCAATCAGAAATTCCGGGCGCTGTTGACGTAATAAACGAATGGCTTCTGCGGCGGCAGGGGAGCGAAAGGTGATTTCCGCCACCGGCAAACCATTTTGCGCCAAGGTGTCTGCCAGAGGt < 1:234711/249‑1 (MQ=255) ccGGTGTGATGGGTAACGCTAAATCCTGACATAATTGCACGATTTTAGGATTAAATCCCGgtgt < 1:777774/64‑1 (MQ=255) ccGGTGTGATGGGTAACGCTAAATCCTGACATAATTGCACGATTTTAGGATTAAATCCCGGTGTGACGACCACATCTGCACCGCTGTTTTTAGCGGCGACGACCTGTTCGGCGGTCAATACGGTTcc < 1:135347/127‑1 (MQ=255) ggTGTGATGGGTAACGCTAAATCCTGACATAATTGCACGATTTTAGGATTAAATCCCGGTGTGACGACCACATCTGCACCGCTGTTTTTAGCGGCGACGACCTGTTCGGCGGTCAATACGGTTCCCGCCGCAATCAGAAATTCCGGGCGCTGTTGACGTAATAAACGAATGGCTTCTGCGGCGGCAGGGGAGCGAAAGGTGATTTCCGCCACCGGCAAACCATTTTGCGCCAAGGTGTCTGCCAGAGGTaa > 1:221183/1‑251 (MQ=255) 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TTTCTACAAACCAAGAACCGCCACATGCCACCACATTGGGAATTGCCAGATAGTCTTTAATATTCTGCATACCGATACCGCCGGTCGGCATAATTTGCAACTGTGCGTAAGGGCCTAACAAGGCTTTAATCATTTTCACGCCACCAGAGGCTTCCGCCGGGAAGAATTTCACGGTTTCAATACCGACGTCCAACGCGGCTTCAATTGCCATCGGATTGTTTACCCCCGGTGTGATGGGCAACGCTAAATCCTGACATAATTGCACGATTTTAGGATTAAATCCCGGTGTGACGACCACATCTGCACCGCTGTTTTTAGCGGCGACGACCTGTTCGGCGGTCAATACGGTTCCCGCCGCAATCAGAAATTCCGGGCGCTGTTGACGTAATAAACGAATGGCTTCTGCGGCGGCAGGGGAGCGAAAGGTGATTTCCGCCACCGGCAAACCATTTTGCGCCAAGGTGTCTGCCAGAGGTAAAATAT > 1/1476464‑1476946 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |