| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,476,331 | C→T | intergenic (‑58080/‑15204) | unknown ← / → unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑Ser‑GGA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,476,331 | 0 | C | T | 98.9% | 260.6 / NA | 92 | intergenic (‑58080/‑15204) | unknown/unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑Ser‑GGA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (39/51); total (39/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
GTGGGAGACCATTGAGGCAGTAAAAAATCATCGCGTATTGTTAATGCCCGAATATGCCAAAGCCTGGGGCTATCCGATGCCTGAAGCGATTGCGTTGGGCGAAGTATAGCTTGCCAAAGAACTTTACCCGGCGCTTTTTCGCGATGTGGATTTAGATAAAATGGTTAACGACTATTATTTGAAATTCTATCGCCAGCCTTATAAAGCAGCAAAATAATAGCGCGTTATAAAAACGCAACGAAAAACC‑ACCGCACTTTAACATTGATGTTGAAGTGCGGTTGAGTTTATTGATTAATTCATGATTAAGTGTTGATCCATTCCGCCACCTCTTTGGTTAACCGACCGATTTCCTGCCAGCTTTTTTCATTGATAAGTTTCTTTTCTACAAACCAAGAACCGCCACATGCCACCACATTGGGAATTGCCAGATAGTCTTTAATATTCTGCATACCGATACCGCCGGTCGGCATAATTTGCAAC > 1/1476085‑1476564 | gtgGGAGACCATTGAGGCAGTAAAAAATCATCGCGTATTGTTAATGCCCGAATATGCCAAAGCCTGGGGCTATCCGATGCCTGAAGCGATTGCGTTGGGCGAAGTATGGCTTGCCAAAGAACTTTACCCGGCGCTTTTTCGCGATGTGGATTTAGATAAAATGGTTAACGACTATTATTTGAAATTCTATCGCCAGCCTTATAAAGCAGCAAAATAATAGCGCGTTATAAAAACGCAACGAAAAACT‑ACCg > 1:255956/1‑251 (MQ=255) ccATTGAGGCAGTAAAAAATCATCGCGTATTGTTAATGCCCGAATATGCCAAAGCCTGGGGCTATCCGATGCCTGAAGCGATTGCGTTGGGCGAAGTATGGCTTGCCAAAGAACTTTACCCGGCGCTTTTTCGCGATGTGGATTTAGATAAAATGGTTAACGACTATTATTTGAAATTCTATCGCCAGCCTTATAAAGCAGCAAAATAATAGCGCGTTATAAAAACGCAACGAAAAACT‑ACCGCACTTTaa > 1:364135/1‑251 (MQ=255) ccATTGAGGCAGTAAAAAATCATCGCGTATTGTTAATGCCCGAATATGCCAAAGCCTGGGGCTATCCGATGCCTGAAGCGATTGCGTTGGGCGAAGTATGGCTTGCCAAAGAACTTTACCCGGCGCTTTTTCGCGATGTGGATTTAGATAAAATGGTTAACGACTATTATTTGAAATTCTATCGCCAGCCTTATAAAGCAGCAAAATAATAGCGCGTTATAAAAACGCAACGAAAAACT‑ACCGCACTTTaa > 1:842006/1‑251 (MQ=255) aTTGAGGCAGTAAAAAATCATCGCGTATTGTTAATGCCCGAATATGCCAAAGCCTGGGGCTATCCGATGCCTGAAGCGATTGCGTTGGGCGAAGTATGGCTTGCCAAAGAACTTTACCCGGCGCTTTTTCGCGATGTGGATTTAGATAAAATGGTTAACGACTATTATTTGAAATTCTATCGCCAGCCTTATAAAGCAGCAAAATAATAGCGCGTTATAAAAACGCAACGAAAAACT‑ACCGCACTTTAACa > 1:410942/1‑251 (MQ=255) cAGTAAAAAATCATCGCGTATTGTTAATGCCCGAATATGCCAAAGCCTGGGGCTATCCGATGCCTGAAGCGATTGCGTTGGGCGAAGTATGGCTTGCCAAAGAACTTTACCCGGCGCTTTTTCGCGATGTGGATTTAGATAAAATGGTTAACGACTATTATTTGAAATTCTATCGCCAGCCTTATAAAGCAGCAAAATAATAGCGCGTTATAAAAACGCAACGAAAAACT‑ACCGCACTTTAACATTGATg < 1:582118/250‑1 (MQ=255) gTAAAAAATCATCGCGTATTGTTAATGCCCGAATATGCCAAAGCCTGGGGCTATCCGATGCCTGAAGCGATTGCGTTGGGCGAAGTATGGCTTGCCAAAGAACTTTACCCGGCGCTTTTTCGCGATGTGGATTTAGATAAAATGGTTAACGACTATTATTTGAAATTCTATCGCCAGCCTTATAAAGCAGCAAAATAATAGCGCGTTATAAAAACGCAACGAAAAACT‑ACCGCACTTTAACATTGATGTTg > 1:202326/1‑251 (MQ=255) gTAAAAAATCATCGCGTATTGTTAATGCCCGAATATGCCAAAGCCTGGGGCTATCCGATGCCTGAAGCGATTGCGTTGGGCGAAGTATGGCTTGCCAAAGAACTTTACCCGGCGCTTTTTCGCGATGTGGATTTAGATAAAATGGTTAACGACTATTATTTGAAATTCTATCGCCAGCCTTATAAAGCAGCAAAATAATAGCGCGTTATAAAAACGCAACGAAAAACT‑ACCGCACTTTAACATTGATGTTg > 1:275254/1‑251 (MQ=255) 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tGGGGCTATCCGATGCCTGAAGCGATTGCGTTGGGCGAAGTATGGCTTGCCAAAGAACTTTACCCGGCGCTTTTTCGCGATGTGGATTTAGATAAAATGGTTAACGACTATTATTTGAAATTCTATCGCCAGCCTTATAAAGCAGCAAAATAATAGCGCGTTATAAAAACGCAACGAAAAACT‑ACCGCACTTTAACATTGATGTTGAAGTGCGGTTGAGTTTATTGATTAATTCATGATTAAGTGTTGATc < 1:499858/251‑1 (MQ=255) tGGGGCTATCCGATGCCTGAAGCGATTGCGTTGGGCGAAGTATGGCTTGCCAAAGAACTTTACCCGGCGCTTTTTCGCGATGTGGATTTAGATAAAATGGTTAACGACTATTATTTGAAATTCTATCGCCAGCCTTATAAAGCAGCAAAATAATAGCGCGTTATAAAAACGCAACGAAAAACT‑ACCGCACTTTAACATTGATGTTGAAGTGCGGTTGAGTTTATTGATTAATTCATGATTAAGTGTTGATc < 1:873552/251‑1 (MQ=255) gggCTATCCGATGCCTGAAGCGATTGCGTTGGGCGAAGTATGGCTTGCCAAAGAACTTTACCCGGCGCTTTTTCGCGATGTGGATTTAGATAAAATGGTTAACGACTATTATTTGAAATTCTATCGCCAGCCTTATAAAGCAGCAAAATAATAGCGCGTTATAAAAACGCAACGAAAAACT‑ACCGCACTTTAACAt > 1:66178/1‑196 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |