| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,460,111 | T→C | intergenic (‑41860/‑31424) | unknown ← / → unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑Ser‑GGA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,460,111 | 0 | T | C | 98.8% | 232.6 / ‑5.0 | 82 | intergenic (‑41860/‑31424) | unknown/unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑Ser‑GGA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (27/54); total (28/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.26e-01 | |||||||||||
GATTGCAACGGGCCGATAAAATGCCATTCCAAGTTAATATTGTGCTGTTGGCAGAATTGAATTTTTTCCACTCCCTCCTGTACATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTATGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAATAGATTTTCTTGCTTATCCACTTCTTCTTCGCGCAAAGTTAGATATTCGCCATTTCTTCTGACTAAGGCAAGCCGTCCTTTTTTCGAACGTTTTTCCGCACCGGTAACGGGATCTTTATATACATCACGCCATTTGCCTGCAACACTCACCGCACTTGC > 1/1459871‑1460356 | gATTGCAACGGGCCGATAAAATGCCATTCCAAGTTAATATTGTGCTGTTGGCAGAATTGAATTTTTTCCACTCCCTCCTGTACATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAAtatt > 1:452240/1‑251 (MQ=255) ccATTCCAAGTTAATATTGTGCTGTTGGCAGAATTGAATTTTTTCCACTCCCTCCTGTACATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGAt < 1:113867/250‑1 (MQ=255) cAAGTTAATATTGTGCTGTTGGCAGAATTGAATTTTTTCCACTCCCTCCTGTACATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCa < 1:727250/251‑1 (MQ=255) aGTTAATATTGTGCTGTTGGCAGAATTGAATTTTTTCCACTCCCTCCTGTACATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGAttt < 1:562051/244‑1 (MQ=255) aGTTAATATTGTGCTGTTGGCAGAATTGAATTTTTTCCACTCCCTCCTGTACATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTACTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAg > 1:101149/1‑251 (MQ=255) ttAATATTGTGCTGTTGGCAGAATTGAATTTTTTCCACTCCCTCCTGTACATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAgtg < 1:108867/251‑1 (MQ=255) ttAATATTGTGCTGTTGGCAGAATTGAATTTTTTCCACTCCCTCCTGTACATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAg < 1:343756/249‑1 (MQ=255) tAATATTGTGCTGTTGGCAGAATTGAATTTTTTCCACTCCCTCCTGTACATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAgtgt > 1:819992/1‑251 (MQ=255) atatTGTGCTGTTGGCAGAATTGAATTTTTTCCACTCCCTCCTGTACATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGttt > 1:344116/1‑251 (MQ=255) atatTGTGCTGTTGGCAGAATTGAATTTTTTCCACTCCCTCCTGTACATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGttt > 1:736676/1‑251 (MQ=255) atTGTGCTGTTGGCAGAATTGAATTTTTTCCACTCCCTCCTGTACATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTATGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGAtt > 1:96030/1‑236 (MQ=255) gTTGGCAGAATTGAATTTTTTCCACTCCCTCCTGTACATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTaa > 1:677184/1‑251 (MQ=255) gCAGAATTGAATTTTTTCCACTCCCTCCTGTACATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAg < 1:865370/250‑1 (MQ=255) gCAGAATTGAATTTTTTCCACTCCCTCCTGTACATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAg < 1:515138/250‑1 (MQ=255) aattgaattTTTTCCACTCCCTCCTGTACATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGttt < 1:329317/249‑1 (MQ=255) ccACTCCCTCCTGTTCATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATacac < 1:877861/251‑1 (MQ=255) ccACTCCCTCCTGTACATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATacac < 1:669013/251‑1 (MQ=255) ccACTCCCTCCTGTACATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATacac < 1:586118/251‑1 (MQ=255) ccACTCCCTCCTGTACATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATaca > 1:531241/1‑250 (MQ=255) aCTCCCTCCTGTACATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATacac < 1:334343/249‑1 (MQ=255) ccctccTGTACATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATacac > 1:501442/1‑246 (MQ=255) ccctccTGTACATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTa > 1:2011/1‑250 (MQ=255) ctcctGTACATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAatat < 1:725741/176‑1 (MQ=255) ctcctGTACATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATacac > 1:122287/1‑244 (MQ=255) ctcctGTACATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGc < 1:106793/251‑1 (MQ=255) cctGTACATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTa < 1:328903/186‑1 (MQ=255) cctGTACATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTg > 1:668461/1‑244 (MQ=255) ctGTACATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAAt < 1:521778/251‑1 (MQ=255) gTACATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATacac < 1:378719/239‑1 (MQ=255) gTACATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAATAg > 1:136751/1‑251 (MQ=255) tACATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAATAg < 1:527404/250‑1 (MQ=255) cATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAATAGAtt > 1:475837/1‑251 (MQ=255) aTTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAATAGATTTTc < 1:844934/250‑1 (MQ=255) gAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAAt < 1:141165/233‑1 (MQ=255) tGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAAt > 1:42566/1‑200 (MQ=255) ctcctGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATcc < 1:838861/154‑1 (MQ=255) ctcctGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAg < 1:99038/199‑1 (MQ=255) ctcctGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATacac < 1:177748/217‑1 (MQ=255) ctcctGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAAt < 1:884421/227‑1 (MQ=255) ctcctGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAATAGATTTTCTTGCTTATCCActt > 1:235935/1‑249 (MQ=255) cctGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAATAGATTTTCTTGCTTATCCActtcttc < 1:564339/251‑1 (MQ=255) cctGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAATAGATTTTCTTGCTTATCCActtcttc < 1:647828/251‑1 (MQ=255) gTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAATAGATTTTCTTGCTTATCCActtcttctt > 1:259339/1‑250 (MQ=255) gCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTGCGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAATAGATTTTCTTGCTTATCCACTTCTTCTTCGCGCa > 1:727254/1‑251 (MQ=255) gCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAATAGATTTTCTTGCTTATcc < 1:271984/235‑1 (MQ=255) cTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGc < 1:5241/213‑1 (MQ=255) cTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAg > 1:379946/1‑179 (MQ=255) cTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATacac < 1:258747/197‑1 (MQ=255) cTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAAt < 1:178998/207‑1 (MQ=255) cTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAATAGATTTTCTTGCTTATCCACTTCTTCTTCGCGCAAAGTTAGat < 1:19421/250‑1 (MQ=255) cTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAATAGATTTTCTTGCTTATCCACTTCTTCTTCGCGCAAAGTTAGat < 1:570001/250‑1 (MQ=255) gTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATcc > 1:614592/1‑132 (MQ=255) gTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATc < 1:157386/131‑1 (MQ=255) gTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTAcgc < 1:514738/142‑1 (MQ=255) gTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTg > 1:425905/1‑197 (MQ=255) gTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAATAGATTTTCTTGCTTATCCACTTCTTCTTCGCGCAAAGTTAGat < 1:871740/248‑1 (MQ=255) cTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAACTTACGTCGAATATTATCCATTGGTTCGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAATAGATTTTCTTGCTTATCCACTTCTTCTTCGCGCAAAGTTAGATATTCGCCAttt > 1:451648/1‑249 (MQ=255) tCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCACTAGATTTTCTTGCTTCTCCACTTCTTCTTCGCGCAAAGTTAGat > 1:387267/1‑236 (MQ=255) ggCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAATAGATTTTCTTGCTTATCCActtcttctt < 1:798623/215‑1 (MQ=255) tGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAATAGATTTTCTTGCTTATCCACTTCTTCTTCGCGCAAAGTTAGATATTCGCCATTTCTTCTGACTAAGGc < 1:11381/251‑1 (MQ=255) tGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAATAGATTTTCTTGCTTATCCACTTCTTCTTCGCGCAAAGTTAGATATTCGCCATTTCTTCTGACTAAGGc < 1:132725/251‑1 (MQ=255) tGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAATAGATTTTCTTGCTTATCCACTTCTTCTTCGCGCAAAGTTAGATATTCGCCATTTCTTCTGACTAAGGc < 1:348141/251‑1 (MQ=255) gTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACg > 1:71739/1‑177 (MQ=255) gTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGc > 1:748569/1‑178 (MQ=255) ccAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAat > 1:291786/1‑131 (MQ=255) aCCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCAt > 1:794614/1‑86 (MQ=255) gACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAatat < 1:286347/107‑1 (MQ=255) cAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTg > 1:27021/1‑130 (MQ=255) atGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTc < 1:649503/82‑1 (MQ=255) atGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAATAGATTTTCTTGCTTATCCACTTCTTCTTCGCGCAAAGTTAGATATTCGCCATTTCTTCTGACTAAGGCAAGCCGTCCTTTTTTCGAACGTTTTTCCGCACCGGTAACGGGATCTTtatat < 1:183328/251‑1 (MQ=255) atGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAATAGATTTTCTTGCTTATCCACTTCTTCTTCGCGCAAAGTTAGATATTCGCCATTTCTTCTGACTAAGGCAAGCCGTCCTTTTTTCGAACGTTTTTCCGCACCGGTAACGGGATCTTtatat < 1:605568/251‑1 (MQ=255) atGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAATAGATTTTCTTGCTTATCCACTTCTTCTTCGCGCAAAGTTAGATATTCGCCATTTCTTCTGACTAAGGCAAGCCGTCCTTTTTTCGAACGTTTTTCCGCACCGGTAACGGGATCTTtatat < 1:809154/251‑1 (MQ=255) atGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATCACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAATAGATTTTCTTGCTTATCCACTTCTTCTTCGCGCAAAGTTAGATATTCGCCATTTCTTCTGACTAAGGCAAGCCGTCCTTTTTTCGAACGTTTTTCCGCACCGGTAACGGGATCTTtatat < 1:661721/251‑1 (MQ=255) gCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAATAGATTTTCTTGCTTATCCACTTCTTCTTCGCGCAAAGTTAGATATTCGCCATTTCTTCTGACTAAGGCAAGCCGTCCTTTTTTCGAACGTTTTTCCGCACCGGTAACGGGATCTTTATATAc < 1:559551/250‑1 (MQ=255) gCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAATAGATTTTCTTGCTTATCCACTTCTTCTTCGCGCAAAGTTAGATATTCGCCATTTCTTCTGACTAAGGCAAGCCGTCCTTTTTTCGAACGTTTTTCCGCACCGGTAACGGGATCTTTATATAc < 1:418462/250‑1 (MQ=255) aTTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAATAGATTTTCTTGCTTATCCACTTCTTCTTCGCGCAAAGTTAGATATTCGCCATTTCTTCTGACTAAGGCAAGCCGTCCTTTTTTCGAACGTTTTTCCGCACCGGTAACGGGATCTTTATATACATc < 1:3483/249‑1 (MQ=255) aTTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAATAGATTTTCTTGCTTATCCACTTCTTCTTCGCGCAAAGTTAGATATTCGCCATTTCTTCTGACTAAGGCAAGCCGTCCTTTTTTCGAACGTTTTTCCGCACCGGTAACGGGATCTTTATATACATc < 1:747069/249‑1 (MQ=255) tATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAATAGATTTTCTTGCTTATCCACTTCTTCTTCGCGCAAAGTTAGATATTCGCCATTTCTTCTGACTAAGGCAAGCCGTCCTTTTTTCGAACGTTTTTCCGCACCGGTAACGGGATCTTTATATACATCACGCCATTTg < 1:896487/251‑1 (MQ=255) ttttttGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAATAGATTTTCTTGCTTATCCACTTCTTCTTCGCGCAAAGTTAGATATTCGCCATTTCTTCTGACTAAGGCAAGCCGTCCTTTTTTCGAACGTTTTTCCGCACCGGTAACGGGATCTTTATATACATCACGCCATTTGcc < 1:263810/251‑1 (MQ=255) tGCTGAACCAGCTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAATAGATTTTCTTGCTTATCCACTTCTTCTTCGCGCAAAGTTAGATATTCGCCATTTCTTCTGACTAAGGCAAGCCGTCCTTTTTTCGAACGTTTTTCCGCACCGGTAACGGGATCTTTATATACATCACGCCATTTGCCTGCaa < 1:61270/251‑1 (MQ=255) cTGTAAATTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAATAGATTTTCTTGCTTATCCACTTCTTCTTCGCGCAAAGTTAGATATTCGCCATTTCTTCTGACTAAGGCAAGCCGTCCTTTTTTCGAACGTTTTTCCGCACCGGTAACGGGATCTTTATATACATCACGCCATTTGCCTGCAACACTCACCGc < 1:543544/250‑1 (MQ=255) aaTTACGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAATAGATTTTCTTGCTTATCCACTTCTTCTTCGCGCAAAGTTAGATATTCGCCATTTCTTCTGACTAAGGCAAGCCGTCCTTTTTTCGAACGTTTTTCCGCACCGGTAACGGGATCTTTATATACATCACGCCATTTGCCTGCAACACTCACCGCACTTGc < 1:312834/251‑1 (MQ=255) | GATTGCAACGGGCCGATAAAATGCCATTCCAAGTTAATATTGTGCTGTTGGCAGAATTGAATTTTTTCCACTCCCTCCTGTACATAATTTTCTCCGAATGCCTCCTGTCCCGCTTCATACGCTGTTAAAATATCTTCAACGGGCTTGGTTTTAGAAACAGCCAGTAAAGTAACCGCACTTGGTGAGGACCCAATCATATGGCAGATTTGGGTTATTTTTTGCTGAACCAGCTGTAAATTATGTCGAATATTATCCATTGGTACGCCGCCTGATTTGTTCAAGTGTTTCAATATGTAATAGTTTTCCATTTAAATACACTGTACGCAATAGATTTTCTTGCTTATCCACTTCTTCTTCGCGCAAAGTTAGATATTCGCCATTTCTTCTGACTAAGGCAAGCCGTCCTTTTTTCGAACGTTTTTCCGCACCGGTAACGGGATCTTTATATACATCACGCCATTTGCCTGCAACACTCACCGCACTTGC > 1/1459871‑1460356 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |