| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,449,085 | A→C | intergenic (‑30834/‑42450) | unknown ← / → unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑Ser‑GGA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,449,085 | 0 | A | C | 100.0% | 123.1 / NA | 44 | intergenic (‑30834/‑42450) | unknown/unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑Ser‑GGA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base C (24/20); total (24/20) | |||||||||||
TCACAATATAAAAAATCAAAAACAACCTTATTCTTTATATACGCGTTATTTAATTTCATGAATCTTTAATGTGATCACGATCACCATTTTTGTCTCTTTTCTTCTGATTTCGTTCAAATTTTCCACCATTATTTAATAGCTGATCATGTTAAAACGTTGTATAATCTGCGACCTTCCGCCTTCCACAGGACAAAAGTGCGGTGGAAAAACACAGAATTTTTAACTCACTCCAAGAATTTTCAATGACAGATCAAATCGATATTAACAAATTACGCAACATCGCAATTATCGCGCATGTTGACCATGGCAAAACCACCTTAGTGGATAAATTATTACAACAATCCGGCACACTAGAAGCCTCCCGCAGTGGCGATGCCGATGAGCGTGTCATGGATTCCAACGATTTAGA > 1/1448915‑1449323 | tCACAATATAAAAAATCAAAAACAACCTTATTCTTTATATACGCGTTATTTAATTTCATGAATCTTTAATGTGATCACGATCACCATTTTTGTCTCTTTTCTTCTGATTTCGTTCAAATTTTCCACCATTATTTAATAGCTGATCATGTTAAAACGTTGTATAATCTGCGCCCTTCCGCCTTCCACAGGACAAAAGTGCGGTGGAAAAACACAGAATTTTTAACTCACTCCAAGAATTTTCAATGACAGAt > 1:630727/1‑251 (MQ=255) ataAAAAATCAAAAACAACCTTATTCTTTATATACGCGTTATTTAATTTCATGAATCTTTAATGTGATCACGATCACCATTTTTGTCTCTTTTCTTCTGATTTCGTTCAAATTTTCCACCATTATTTAATAGCTGATCATGTTAAAACGTTGTATAATCTGCGCCCTTCCGCCTTCCACAGGACAAAAGTGCGGTGGAAAAACACAGAATTTTTAACTCACTCCAAGAATTTTCAATGACAGATCAAATCg > 1:362911/1‑251 (MQ=255) 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< 1:810284/251‑1 (MQ=255) tGTTAAAACGTTGTATAATCTGCGCCCTTCCGCCTTCCACAGGACAAAAg > 1:88110/1‑50 (MQ=255) tGTTAAAACGTTGTATAATCTGCGCCCTTCCGCCTTCCACAGGACAAAAGTGCGGTGGAAAAACACAGAATTTTTAACTCACTCCAAGAATTTTCAATGACAGATCAAATCGATATTAACAAATTACGCAACAt > 1:506211/1‑134 (MQ=255) tGTTAAAACGTTGTATAATCTGCGCCCTTCCGCCTTCCACAGGACAAAAGTGCGGTGGAAAAACACAGAATTTTTAACTCACTCCAAGAATTTTCAATGACAGATCAAATCGATATTAACAAATTACGCAACATCGCAATTATCGCGCATGTTGACCATGGCAAAACCACCTTAGTGGATAAATTATTACAACAATCCGGCACACTAGAAGCCTCCCGCAGTGGCGATGCCGATGAGCGTGTCATGGAtt > 1:501683/1‑250 (MQ=255) gTTAAAACGTTGTATAATCTGCGCCCTTCCGCCTTCCACAGGACAAAAGTGCGGTGGAAAAACACAGAATTTTTAACTCACTCCAAGAATTTTCAATGACAGATCAAATCGATATTAACAAATTACGCAACATCGCAATTa < 1:524217/141‑1 (MQ=255) gTTAAAACGTTGTATAATCTGCGCCCTTCCGCCTTCCACAGGACAAAAGTGCGGTGGAAAAACACAGAATTTTTAACTCACTCCAAGAATTTTCAATGACAGATCAAATCGATATTAACAAATTACGCAACATCGCAATTATCGCGCATGTTGACCATGGCAAAACCACCTTAGTGGATAAATTATTACAACAATCCGGCACACTAGAAGCCTCCCGCAGTGGCGATGCCGATGAGCGTGTCATGGATTc > 1:336412/1‑250 (MQ=255) 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1:465995/1‑174 (MQ=255) gTATAATCTGCGCCCTTCCGCCTTCCACAGGACAAAAGTGCGGTGGAAAAACACAGAATTTTTAACTCACTCCAAGAATTTTCAATGACAGATCAAATCGATATTAACAAATTACGCAACATCGCAATTATCGCGCATGTTGACCATGGCAAAACCACCTTAGTGGATAAATTATTac < 1:740504/178‑1 (MQ=255) gTATAATCTGCGCCCTTCCGCCTTCCACAGGACAAAAGTGCGGTGGAAAAACACAGAATTTTTAACTCACTCCAAGAATTTTCAATGACAGATCAAATCGATATTAACAAATTACGCAACATCGCAATTATCGCGCATGTTGACCATGGCAAAACCACCTTAGTGGATAAATTATTACAACAATCCGGCACACTAGAAGCCTCCCGCAGTGGCGATGCCGATGAg > 1:139350/1‑225 (MQ=255) gTATAATCTGCGCCCTTCCGCCTTCCACAGGACAAAAGTGCGGTGGAAAAACACAGAATTTTTAACTCACTCCAAGAATTTTCAATGACAGATCAAATCGATATTAACAAATTACGCAACATCGCAATTATCGCGCATGTTGACCATGGCAAAACCACCTTAGTGGATAAATTATTACAACAATCCGGCACACTAGAAGCCTCCCGCAGTGGCGATGCCGATGAGCGTGTCATGGATTCCAACGATTTAGa > 1:779500/1‑251 (MQ=255) | TCACAATATAAAAAATCAAAAACAACCTTATTCTTTATATACGCGTTATTTAATTTCATGAATCTTTAATGTGATCACGATCACCATTTTTGTCTCTTTTCTTCTGATTTCGTTCAAATTTTCCACCATTATTTAATAGCTGATCATGTTAAAACGTTGTATAATCTGCGACCTTCCGCCTTCCACAGGACAAAAGTGCGGTGGAAAAACACAGAATTTTTAACTCACTCCAAGAATTTTCAATGACAGATCAAATCGATATTAACAAATTACGCAACATCGCAATTATCGCGCATGTTGACCATGGCAAAACCACCTTAGTGGATAAATTATTACAACAATCCGGCACACTAGAAGCCTCCCGCAGTGGCGATGCCGATGAGCGTGTCATGGATTCCAACGATTTAGA > 1/1448915‑1449323 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |