| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,443,086 | C→T | intergenic (‑24835/‑48449) | unknown ← / → unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑Ser‑GGA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,443,086 | 0 | C | T | 100.0% | 142.8 / NA | 51 | intergenic (‑24835/‑48449) | unknown/unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑Ser‑GGA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (22/29); total (22/29) | |||||||||||
ATCAATGATAAGTTTACTTTAGGTGCGGGAATGAATGTTAACTTTGGTTTAAAGAGTGAATATTCCCGCGATTATGATGCCGGTATTTTT‑GGCGG‑TATAACGGATTTAACCGCCATTAGTCTGAATCTTAGTGGGTCATACCGTATTACTAATAATTTAACTGCCGGTTTCGGTTTAAATGGTGTCTATGCGAAAGCAGAACTTGATCGCACTGCCGGTATCGCCATTACCGGCGTCAAAAATGCACTGAATTCTATGGGTGAGGACAATGTAAAAAGATTATTAAGCGCGAGAATAAGAGCCAAAAATCCGACAATTCCGCAGGCTATTGCTGACGGTTTAGCACAAAGAACTATCAATAATTTAAAAAATCTGGATAAAGCAGATTCGCTTGTACACCTAAGAGACAATGCTTGGGGATTCGGTTGGAATACAGGTTTGGTTTACGAGTTTGATCAAGATAA > 1/1442853‑1443316 | aTCAATGAAAATTTTATTTTGGGTGGGGAAATGATTGTTATCTTTGTTTAAAAGAGTGAATATCCCCGCGATTATGATG‑CGGTTTTTTTGGGCGG‑TATACCGGTTTAAACCGCCATTAGTCTGAATCTTAGTGGGTCATACCGTATTACTAATAATTTAACTGCCGGTTTCGGTTTAAATGGTGTCTATGCGAAAGCAGAACTTGATCGCACTGCCGGTATCGCCATTACCGGTGTCAAAAAt < 1:820643/243‑1 (MQ=255) 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1:559315/250‑1 (MQ=255) cTATGCGAAAGCAGAACTTGATCGCACTGCCGGTATCGCCATTACCGGTGTCAAAAATGCACTGAATTCTATGGGTGAGGACAATGTAAAAAGATTATTAAGCGCGAGAATAAGAGCCAAAAATCCGACAATTCCGCAg > 1:489583/1‑139 (MQ=255) tATGCGAAAGCAGAACTTGATCGCACTGCCGGTATCGCCATTACCGGTGTCAAAAATGCACTGAATTCTATGGGTGAGGACAATGTAAAAAGATTATTAAGCGCGAGAATAAGAGCCAAAAATCCGACAATTCCGCAGGCTATTGCTGACGGTTTAGCACAAAGAACTATCAATAATTTAAAAAATCTGGATAAAGCAGATTCGCTTGTACACCTAAGAGACAATGCTTGGGGATTCGGTTGGAATACAgg < 1:716328/251‑1 (MQ=255) aTGCGAAAGCAGAACTTGATCGCACTGCCGGTATCGCCATTACCGGTGTCAAAAATGCACTGAATTCTATGGGTGAGGACAATGTAAAAAGATTATTAAGCGCGAGAATAAGAGCCAAAAATCCGACAATTCCGCAGGCTATTGCTGACGGTTTAGCACAAAGAACTATCAATAATTTAAAAAATCTGGATAAAGCAGATTCGCTTGTACACCTAAGAGACAATGCTTGGGGATTCGGTTGGAATACAggt > 1:74247/1‑251 (MQ=255) aaaGCAGAACTTGATCGCACTGCCGGTATCGCCATTACCGGTGTCAAAAATGCACTGAATTCTATGGGTGAGGACAATGTAAAAAGATTATTAAGCGCGAGAATAAGAGCCAAAAATCCGACAATTCCGCAGGCTATTGc < 1:112827/140‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |