| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,348,116 | T→C | intergenic (+208986/+45195) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Val‑GAC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,348,116 | 0 | T | C | 99.1% | 327.6 / ‑5.4 | 114 | intergenic (+208986/+45195) | unknown/unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Val‑GAC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (52/61); total (52/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.52e-01 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
CCGAATATTTAAAACTTGCTCACGATTTATCGTTTCAGTTGTTTTTACAACTTTTCCTAATCCGGTCACTTCATTGTCTTTCCGGTCTTTGATTTTTTCTGTAACGACATCGATGGTTTCAAGTTCTTCTTTTTTTGTATCGGCTGTAGCGGCATAGCCGACGTAGCTATAACAAGAAACGAAAAGGTAGGTTATGAGGTTAACACAAAATTTTGGTTGCTTTTTCATCAATTTTCCCTTTAGTAATGAGCAATAAAAACGGCGCTGTACTGTTTATCAAAAAACGAAATCAACGACGATTTTCATACTCAGCATCTTAAGCAGTATTTGTGTTGTTGATTTGATACCAACAACGAAGAAGCTCAACGCATTTTTAATCTATAAGTATTAATCAGCGAAAGCTATTATCAATAACACCGAATGATAATAGTTATCATTATATATCATTAAAGATACTTATCAAGTAACGTTATGCTTCACCGCACTTT > 1/1347870‑1348357 | ccGAATATTTAAAACTTGCTCACGATTTATCGTTTCAGTTGTTTTTACAACTTTTCCTAATCCGGTCACTTCATTGTCTTTCCGGTCTTTGATTTTTTCTGTAACGACATCGATGGTTTCAAGTTCTTCTTTTTTTGTATCGGCTGTAGCGGCATAGCCGACGTAGCTATAACAAGAAACGAAAAGGTAGGTTATGAGGTTAACACAAAATTTTGGTTGCTTTTTCATCAATTTTCCCTTTAGTAACGAGc < 1:896969/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |